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「ドラ●もんを作りたい！」。そんな小さい頃からの夢を実現させるため、早乙女和也は今日も自作のイカ型ロボット「イカリヤ」の完成を目指している。しかし完成はほど遠く失敗ばかりだ。そんなある日、和也の幼なじみの南原耕太郎からもらったＤＶＤをロードすると、なんと中には「南原ウイルス」が！　格闘の末、ウィルス侵攻を何とか阻止した和也だが、パソコンには謎のメッセージが映っていた……。翌日、和也の元に「サイバーダイン社」というところから、謎の包みが送られてくる。その中には身長約30センチ（1/6サイズ）のメイド型ロボット「サイバドール・メイ」が入っていた。この日から、和也とメイの共同生活が始まる…。

和也とメイの共同生活が始まって１週間。やっと生活にも慣れてきたメイだが、身長が約30センチしかないので、バックドロップでタマゴを割ったり、耳掻きでパソコンの掃除をしたりなど、家事をするのにもメイっぱい。ある日、メイはかすみから和也宛の荷物を預かる。和也に「外に出ちゃダメ」と言われているメイ。しかし和也のお役にたちたい一心で、言いつけを破り荷物を届けるために外の世界へ…。 そんな中、サイバーダイン社から「サラ」と言う名の女性がメイの前に現れる。彼女は和也が商品であるメイの料金を払わないためにメイを回収しに来たというのだが。

買い物帰りの和也とメイの前に「レナ」という名前の少女が現れた。レナは和也とメイの会話を聞いて、メイが人形ではないことを指摘する。 一方、メイの回収に失敗したサラは次なる回収者が和也の元に現れるとの連絡を受け、回収者を探すがいっこうに見つからない。いつまでたっても現れない回収者に業を煮やしたサラと南原はメイを連れて歩いているレナを発見する。 回収者を待っていられなくなったサラと南原は、自らメイを回収しようと、レナからメイを奪おうとするが、突然起こった交通渋滞でレナを捕まえることが出来ない。実は交通渋滞を起こしているのはレナで、レナはサイバドールだったのだ。

レナの次にメイの回収者としてサラの元を訪れたのは、あらゆる数学的、物理的情報がインプットされていて、なんとＩＱは５万というサイバドールケイ。ケイは回収者の事実を伏せ、和也とコンタクトを図る。 メイは和也とケイが仲良くするのが面白くない。そんなサイバドールではあり得ない行動を次々にとるメイに、ケイは興味をもち、もう少し時間が欲しいとサラにお願いする。 二度と和也に会わないという条件で、メイはのプログラムの解析をケイに了承した。そこでケイは「メイドシステム」が進化している事を発見するのだった。

回収期限が迫り、いよいよメイは和也の元から離れなければならなくなった。半ばあきらめの表情の和也。そんな和也にかすみは遊園地のチケットを差し出し、メイを連れて行っておいでと言う。かすみの言葉に甘え、遊園地で楽しいひとときを過ごした和也とメイ。しかし、無情にも時は過ぎ、メイは回収されてしまった。その後、和也の元にサイバーＸと名乗る人物が現れる。彼はサイバーダイン社につとめていて、和也に興味を持っているので、サイバドールをプレゼントすると持ちかける………。

近所の子供と仲良くなったメイ。和也が楽しみにしていた、もみじ山商店街の花火大会にいく約束をする。 等身大になったメイは、毎日メイっぱいに家事をこなしている。また、ケイやレナ、かすみと、和也の部屋は賑やかだ。 夜、前日まで降っていた雨も上がり、一同はかすみが持ってきた浴衣を着て花火大会に向かった。そこでハプニングが起きるのだが……。

和也の元に突然現れた女性マミ。彼女は和也の父親に頼まれて、家事を手伝いにきたという。そんな事を聞いていない和也は実家に電話して確認するが、父親は海外で暮らしているので、実家にも連絡はないという。メイが身の回りの世話をする前に、掃除、選択、食事の準備とすべてに置いて、完璧に仕上げてしまうマミ。後に、マミもサイバドールだったということがわかる。メイが家事を手伝おうとしたとき、マミはメイに「あまり時間がない」と謎の言葉を投げかけ、和也と一緒にいなさいという……。

台風がせまり、その準備に追われる和也達。しかし悪天候の中での台風対策の為、メイが梯子から落ちかけてしまう。それを見て、南原は梯子があるのがいけないと言いだすのだが、「あの梯子には色々あったからなぁ」と和也は言う。その和也とかすみの部屋をつなぐ梯子について、一同は興味津々。最初は断っていた和也だが、メイにも聞きたいと言われ、大事なところをはぐらかしながら梯子の話をするのだった。一方、かすみはメイの頼みならば、なんでも聞いてしまう和也にショックを受け、激しい雨の中、傘も差さずにでていってしまった。あの梯子にはかすみと和也の出会った頃からの想い出がたくさん詰まっていたのだ。

福引きで遊園地のチケットを当てたマミ。１枚を和也に渡し、もう１枚をめぐって女性陣による争奪戦が繰り広げられるのであった。チケットを獲得したのはメイ。まだ1/6サイズだったころに和也と行った遊園地を、もう一度楽しむことに……。そのころ、サイバドール達が次々と謎の高熱を出して倒れていった。サイバドールに感染するウイルスが発生したというのだ。そのウイルスから、サイバドールを救えるのは和也しかいないという。

突然の高熱で倒れていくサイバドール。彼女たちはウイルスに冒されているのだが、メイだけはなぜか無事。コマンドＺの話によると、彼女のプログラムが成長しているからではないかという。そこでコマンドＺは、メイの中にウイルスを取り込めばそのウィルスの解析ができ、他のサイバドールを救えるはずと提唱する。迷いながらもメイの中にウイルスを取り込むことを決意する和也。メイと和也、そしてサイバーＸの活躍により、無事にウイルスを退治することに成功！　未来のサイバドールもみな救われた。けれど目を覚ましたメイが口にした言葉は……。