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M・B・I主導による厳戒態勢が続く新東帝都。 灰翅に調べさせていた、旧懲罰部隊、謎のセキレイ「結女」の存在にイラつく紅翼。 秘密を知りながら、多くを語らない鴉羽。 鶺鴒紋が反応しながらも、皆人を見守り続ける風花。 千穂のため、ある決意を固めた鈿女。 セキレイの命運を見つめる美哉。 結たちとの平和な日々がずっと続くことを望む皆人。 それそれが想いを掛ける中、不気味な静けさの中で、鶺鴒計画は再び動き始める。 そして遂に、新たなステージの幕が上がろうとしていた――。

ある日の朝、いつものように出雲荘のみんなで朝食を食べていると、 神妙な顔をした松が突然、外出する際は十分に警戒するよう皆に伝えた。 現在の帝都は、今まで平和主義だった葦牙達も、 戦いに参加する程の不安定な状況なのだという。 そんな中、皆人の元に妹のユカリから久しぶりに連絡が入り、 外で一緒に夕飯を食べることに。 護衛を勤めると言ってついてきた月海と皆人、 そんな二人を不穏な姿が見つめていた――。

ユカリとの待ち合わせ場所に向かう途中、懲罰部隊の二人に襲われ、さらわれてしまった皆人。 月海は帝都を必死になって捜し回り、松は監視衛星へのハッキングにより皆人の探索をしていた。 そんな中、いち早く皆人達の居場所に気づき、皆人の元に駆けつけたナンバー03の風花。 そこで風花は、自分の置かれた状況を省みず、 自分のことを守ろうとする皆人の姿に、心打たれ――!?

怪我も順調に回復し、出雲荘へと帰ってきた皆人。 その無事を祝い、出雲荘では皆人のセキレイ達が楽しく宴会に興じていた。 そんな中、寂しげな表情を忍ばせながら、振り切るように出雲荘を後にする鈿女。 皆人のことが気になり、なぜか無性にイラつく篝。 それぞれの想いが揺れ動く中、『鶺鴒計画』を新たなステージへと移すため、御中はとある行動を起こす。

御中より全葦牙を煽るように送信された“羽化前最後の一羽”を知らせるメール。 その知らせが自分のことを記していると気付いた篝は、 危険を顧みず、御中を殺すためM・B・Iを目指して出雲荘を飛び出した。 篝が置いていった携帯の着信に気づいた皆人は、 電話の相手・高美より、篝をなんとしても止めるよう頼まれる。 突然の出来事に戸惑いながらも、皆人下した決断は──。

No.06焰を巡って戦闘状態に入った、 御子上のセキレイ・秋津と比礼のセキレイとして現れた鈿女。 一方、状況を見守る御子上と陸奥のもとには、 氷峨の命を受けた柿崎と複数のセキレイが現れた。 そんな中、徐々に力の安定を失い始めた焰は、 自らメルトダウンすることを選ぶ。 炎に包まれ、最期を覚悟した焰は──。

焰を無事に羽化させ、出雲荘へと連れ帰ることに成功した皆人達。 これまでの無理がたたり２日間眠り続けた焰だったが、その心と体は安定し、出雲荘はいつもの日常へと戻ったようであった。 だが皆人は、『鶺鴒計画』のことを何も知らずに大切なセキレイ達を戦わせている自らの未熟さを再確認し、『鶺鴒計画』について深く知る覚悟を決める。 そして、その決意を受け止めた松より語られたのは、“始まりの懲罰部隊”の存在、そして“鶺鴒計画”と“M・B・I”の深い繋がりを示すとある出来事だった──。

焰の羽化で108羽全ての羽化が完了したことにより、大きな進展を迎えた「鶺鴒計画」。 そんな状況下、御中より全葦牙に向け「未だに勝ち星のない葦牙は、２週間以内に勝ち星を得ない場合、 手持ちのセキレイを強制的に機能停止とさせる」といった文面のメールが送られる。 それを見た葦牙たちは、それぞれの思惑を胸に活動を活発化させるのだった――。

皆人とデートをした帰り道、草野は目の前に現われた猫を夢中で追いかけてしまい、皆人とはぐれてしまう。 迷い込んだ先は、とある病院の庭。 そこで草野は、名前も知らない一人の女性と出会う。 一方、月海は帰りの遅い皆人と草野に業を煮やし、二人を捜すべく出雲荘を飛び出した。 その途中、立ち寄った公園でセキレイ同士の戦闘に遭遇した月海だが、片方のセキレイは“戦わず”の姿勢で――。

草野が落としてしまったぬいぐるみを探しに出掛けた皆人、結、草野、月海の４人は、立ち寄った病院で出雲荘から姿を消していた鈿女と再会する。 しかし喜びも束の間、葦牙である千穂の命を守るため、鈿女は“比礼の鶺鴒”として結と月海に鶺鴒戦を申し込む。 互いに譲れぬ想いを持つ一進一退の激闘が繰り広げられる中、その闘いを監視する人物もまた、動き出し……？

容態が急変した千穂を心配し、病院に駆けつけた皆人。 そこで皆人は遂に、鈿女を操っていた張本人である東の氷峨と出会う。 氷峨は、皆人にとあるものを渡すと共に、千穂の病気が現代医学では治らないものであり、救うための選択肢はたった一つだと告げる。 その可能性を求め行動を起こそうとする皆人。 そんな折、M・B・I社長・御中の思惑により、皆人はとある提案をされるのだった――。

M・B・I社長、御中の待つ帝都タワーになんとか無事に辿り着いた皆人たち。安心したのも束の間、どこからともなく聞こえてきた御中の声は「ここから制限時間60分とする」と無情にも彼らに告げた。エレベーターが作動しない中、皆人たちは階段で頂上を目指すことに。 一方、皆人たちの支援をしようとサーバールームに乗り込んだ松たち。幾多の罠が待ち受ける帝都タワーの中、果たして皆人は頂上に辿り着くことができるのか──!?

帝都タワーに仕掛けた爆弾を起動させ、システムをロックした御中。サーバールームでは、そのロックの解除に奮闘する松と、松を守る草野にガードロボットが迫る。いよいよ二人が絶対の絶命のピンチを迎えた時、そこに意外な人物が現れる。 一方、結と共に頂上に到達した皆人は、御中より千穂の治療データを受け取ることに成功する。だが既にタワーは限界を迎え、倒壊を始めていた……！ 果たして彼らの運命は──!?