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日本を旅立ち、無事にアメリカに来た涼たちはブルーメンの連絡員との接触のため、ギャローズベルという町にたどり着く。絞首台の鐘という意味のこの町には、子供の姿しか見えない。唯一、出会った保安官は、涼達に夜９時以降は絶対に出歩くなと言って去る。アルはひとり町を調べに出る。

涼たちは二人の刺客に苦戦、一瞬の隙にユーゴーをさらわれてしまう。追う隼人も、配置されていた刺客達に襲われる。アルは敵の統率のとれた戦法を見て、エグリゴリの実験部隊・ハウンド部隊だと気付く。アルの前にオスカーをはじめ、かつての研究仲間のチャペルの子供たちが現れた。

涼と隼人の前に現れたキース・バイオレットは、自分達の過去を語り、ギャローズ・ベルにＡＲＭＳの謎を解く鍵があると言い、立ち去る。 一方、恵は仲間をさらわれた責任を感じ、手掛かりを探して荒野をひとり進んでいた。

スティンガー部隊に捕らえられた武士を助けるため、涼たちは恵を中心に、再度戦うことを決意する。 オスカーたちの研究所で「アザゼル」を見せられるアル。５万年前に地球に落下したシリコン生命体に付けられた名前だった。

チャペルの子供たち率いるスティンガー部隊との戦いを終えた涼たちは、研究所でＡＲＭＳの元となったシリコン生命の「アザゼル」を目の当たりにする。 そんな中、エグリゴリ直属部隊「イプシロンフォース」が、ギャローズ・ベルに総攻撃を仕掛けようとしていた。

「イプシロンフォース」により、ギャローズ・ベルは完全に包囲されてしまった。脱出を試みるが逃げ道が見つからない。 アザゼルを狙い研究所に侵入してきたイプシロンフォース。瀕死の危機におちいった涼を、ユーゴーが助けに行く。 涼の中のジャバウォックの共振が、仮死状態だったアザゼルを呼び覚ました。

「イプシロンフォース」の包囲を突破できる唯一の脱出路を発見した涼たち。 住人たちをすべて逃がすため、涼たちは敵の侵攻を食い止めることにする。だが、涼の前にキース・シルバーが立ちはだかる。 　

キース・シルバーのARMS「マッド・ハッター」が放つブリューナクの槍は、これまでのものとは比べ物にならないほどの威力で建物を破壊し、涼は大苦戦する。

エグリゴリの包囲網を突破した涼たちとギャローズ・ベルの住人たち。 だが、地下鍾乳洞の出口を探し延々と歩き続ける涼たちは、疲労の限界に達していた。

グランドキャニオンに抜け出した涼たちを待ちかまえていたのは、キース・グリーン率いるエグリゴリ部隊だった。 キース・グリーンらの強襲に、涼は激しい怒りと憎しみからジャバウォックに姿を変える。

恵の「クイーン・オブ・ハート」が覚醒し、「プログラム・ジャバウォック」は回避された。 キース・バイオレットが現れ、負傷者たちの救助を申し出てきた。恵はこれを受け入れる。

エグリゴリの頭脳といわれる存在のDr.ティリングハーストを拉致することに成功した涼たち。 キース・グリーンは、エグリゴリ特殊実験体収容施設、通称「アサイラム」のコウ・カルナギを涼たちのもとへ差し向ける。

コウ・カルナギとの戦闘で、武士は昏睡状態になってしまう。 涼たちから離れた隼人はダウンタウンにやって来た。そこで数人のストリートギャングにからまれた隼人を救ってくれたのは、涼の父、巖だった。

武士は昏睡状態、隼人は姿を消し、涼と恵は不安を隠しきれない。 アルは、Dr.ティリングハーストと最強の頭脳を賭けてチェス対決をする。

涼たちが滞在するセーフハウスが突然砲撃に襲われる。 襲ってきたのは元ブルーメン特殊作戦チーム「ドラッケン部隊」だった。

ドクター・ティリングハーストがついにARMS誕生の秘密を語りだした。 トクターは、当時のエグリゴリの最高幹部キース・ホワイトと出会い、アリスという少女を誕生させたのだ。

エグリゴリの中枢でもあるカリヨンフォートレスに向かうことを決めた涼たち。 そしてプログラムジャバウォックの全貌を知ったキース・グリーンはカツミを連れて脱出しようとする。

キース・バイオレットと戦うことになってしまった涼たち。 バイオレットはARMS「マーチヘア」に変化。「バロールの魔眼」に飲み込まれた涼たちは窮地に追い込まれる。

涼たちを追って眠りから覚めた武士、そしてブルーメンもカリヨン・フォートレスに向かう。エグリゴリとの全面対決がいよいよ始まる…！

ついにカリヨン・フォートレスの建物の内部へと侵入した涼たち。だが涼と隼人の前に、究極のサイボーグ部隊『ネクスト』リーダーのヒューイ・グラハムが立ちはだかった！

涼と隼人の前に立ちはだかるヒューイ。その冷徹な攻撃に涼の怒りが増幅しジャバウォックが発動。その力に飲み込まれそうになる。

カリヨンフォートレスの自壊機能が作動。涼たちはキース・ブラックとカツミが待っているアリスの間へ辿り着けるのだろうか。

ついに『アリスの間』にたどりついた涼は、カツミの目の前でキース・ブラックと激突。キース・ブラックのARMS「ハンプティ・ダンプティ」を引き裂くが、キースシリーズの生みの親であるキース・ホワイトが復活してしまう。

キース・ホワイトの策略により、自らの手でカツミを殺してしまった涼。プログラム・ジャバウォックがついに発動してしまう。隼人たちは涼を救うことができるのか…！

アリスの憎悪によって破壊を繰り広げるジャバウォック。涼を助けるためにジャバウォックの中に入ったユーゴーは、自分の身と共にジャバウォックの憎悪を焼き払う…。

ユーゴーの命と引き替えに涼たちは、アリスの作り出した世界からの脱出に成功し、カツミの救出に成功する。ARMSの力を失った涼たちは、自分たちが帰るべき場所である『現実』に帰ることができたのだった。