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時は現代。突如、邪悪なる者・妖邪帝王アラゴ率いる「妖邪兵」が大都会・新宿に出現し、街を破壊！　絶体絶命のピンチを迎えたその時、近代的な鎧をまとった五人の少年が現われた!?　「サムライトルーパー」と名乗る彼らの正体は？　人間対妖邪の戦いの幕が、今開かれる！

新宿に取り残された、五人のサムライトルーパーと純、そしてナスティに、妖邪四天王の一人、鬼魔将・シュテンの魔の手が迫る！　サムライトルーパーはナスティと純を守るため、ヨロイギアへの武装と引き換えに全員で結界を張るが…。絶体絶命の危機が一同を苦しめる！

アラゴとの戦いで、サムライトルーパーたちは日本各地に飛ばされてしまう。新宿に残されたナスティは、リョウの武器「烈火剣」を発見。リョウの相棒で白虎の「白炎」の力を借りリョウを見つけ出し、サムライトルーパーの合流を計るが、そんな二人にシュテンの魔の手が襲いかかる！

残りの四人の居場所のヒントを求め、リョウたちはナスティの祖父がいる千石大学を目指した。しかし、大学の研究室に潜んでいた妖邪兵に襲われる！　毒魔将・ナアザに操られ、リョウやナスティを手にかけようとする柳生博士…。柳生博士の遺した短歌に秘められた秘密とは？

短歌から、光輪のセイジが山口県の秋芳洞にいると知ったリョウたち。しかし、先回りをしたナアザがリョウに襲いかかり、毒を使ってリョウを失明させてしまう！　氷柱の中に眠るセイジは、リョウの想いを受け取り、覚醒できるのか？　そして、リョウの運命は？

シンは鳴門海峡、シュウは大雪山にいることをつき止めた一同は、二手に別れることに。リョウと純の白炎チームはシンの元に急ぐが、そこにはナアザの攻撃が待っていた。戦いを好まないシンの心がピンチを招き、絶体絶命の状況を呼んでしまう！　水滸の鎧パワーは覚醒するのか？

セイジとナスティは、大雪山へシュウの救出に向かう。しかし、罠にはまり、シュウが封印されている場所まで闇魔将・アヌビスを導いてしまう。激しく剣を交えるセイジとアヌビス。セイジはシュウを覚醒させようとするが…。雪深い山中で熱い戦いが展開！

烈火のリョウ、水滸のシン、光輪のセイジ、金剛のシュウの四人が復活した今、残りは天空のトウマだけ。幻魔将・ラジュラは、トウマを餌にリョウとシンを天橋立に誘い出すが…。ラジュラの幻術にかかり、サムライトルーパーたちは同士討ちをしてしまう！

トウマは衛星軌道上を漂っていた。サムライトルーパーたちはナスティの提案で夜明けを待って新宿に偵察に出かけることにしたが、気が焦るリョウはシュウと共に、ナスティらには内緒で新宿へと向かう。一方、トウマの居所をつきとめた妖邪は、次なる一手をすでに打っていた！

衛星軌道上のトウマを狙う妖邪弾は、内部から、リョウが渾身の力で放った双炎斬で消滅。しかし、リョウは戦闘不能に陥ってしまう。一方、正々堂々とリョウとの決着を望むシュテンは、勇んでリョウとトウマの討伐に向かうが、戦いの中、シュテンの正体が明らかに!?

ついにサムライトルーパーが集結し、アラゴの城に通じる唯一の扉「妖邪門」を目指す。リョウは、純とナスティの身を案じ二人を追い返すが…。妖邪門に突入したサムライトルーパーたちに、地霊衆の妖邪力を集めたラジュラが襲いかかる！　ナスティたちは、彼らを救うべく走る。

目指すアラゴ城を間近に、リョウはナスティたちを危険に巻き込むまいと考えていた。しかし、「彼女たちが足かせになるのではないか？」というセイジの考えが的中。ナスティと純を守ろうとした彼らは妖邪兵の罠に無意識のうちにはまり、バラバラに分散させられてしまう！

ナスティたちとはぐれたシュウは地下鉄の中でトウマと合流。しかし妖邪の襲撃で再びトウマを見失ってしまう。襲われて気を失ったシュウが目覚めると、そこは戦国時代の合戦場だった!?　そこに現われたラジュラは「金剛の鎧こそ妖邪と同様の破壊の権化だ」と言い放つが…。

一同は、遊園地でようやく合流する。しかしシュウは鎧に対する不信感から手放しで喜べる状態にはなかった。一方、先の戦いから本来の「忠」の心に目覚めつつあったシュテンは、アラゴの指示で徹底的な洗脳処理を受けさせられ…。金剛に武装できないシュウにピンチが訪れる！

カオスは、自分を取り戻したシュテンとサムライトルーパーたちに鎧の真実を語る。シュテンはカオスの癒しに心を開くが、アラゴの放った三魔将により連れ去られてしまう。残された一同は、シュテン救出のためアラゴ城への突入を決意するが…。カオス決死の戦いに注目！

ナスティと純をその場に残し、カオスが遺した光の架け橋を渡りサムライトルーパーたちはアラゴ城へと乗り込む。それを待ち受けるのは、パワーアップしたアヌビス、ナアザ、ラジュラの三魔将！　リョウたちは、天守閣で待ち受けるアラゴの元へ辿り着けるのか？　そしてシュテンは？

壮絶な戦いが続く中、アラゴは三魔将を吸収し、実体化を開始。さらに、強大な力でサムライトルーパーたちを倒し吸収していく。リョウは「自分が無力で、仲間が犠牲になった」と自責の念に駆られるが、同じ志を持つ鎧戦士として目覚めたシュテンと共に、アラゴに戦いを挑む！

最後の鎧「烈火」を取り込もうと、リョウを追い詰めるアラゴ。しかし、取り込んだサムライトルーパーたちの意思は、リョウへの攻撃を阻もうともがく。四人が生きていると知ったリョウは、攻撃を避け続けるが…。そんなリョウにアラゴはサムライトルーパーたちの必殺技を放つ！

アラゴに取り込まれたリョウは、その体内で不思議な幻を見る。それは一千年の昔、まだ人間界にいた頃のアラゴと、鎧武者姿のカオスとの戦いだった。そこで明かされるヨロイギア誕生の秘密とは？　リョウと四人の仲間の心が一つになるとき、烈火の鎧に新たな力がみなぎる！

アラゴとの戦いが終わり、白い鎧「輝煌帝」の正体を調査するナスティ。一方、体力の戻り切らないリョウは、アラゴとの決戦の悪夢にうなされていた。セイジとトウマは、妖邪の脅威が消えたのかを確認するために新宿を訪れ、その帰り沙嵐坊と名乗る妖邪が二人の前に現れる！

仲間たちが傷ついたのは自分のせいだと己を責めるリョウは、沙嵐坊との一騎討ちに臨む。しかし動きを封じられ、必殺技を食らったリョウは意識を失い、ついに白い鎧・輝煌帝の装着者であることを知られてしまう…。

ナスティが輝煌帝の新しい武器「剛烈剣」の存在を発見。リョウは希望を見いだす。しかし、剛烈剣の持ち主は、鎧をまとった黒虎を従える、妖邪剣士・剣舞卿だった。剣舞卿は、リョウに「自分に勝てたらこの剛烈剣を渡す」と挑戦状をたたき付けるが…。

かつてアラゴと対決し、余命幾許もないことを知った剣舞卿は、遺志を伝えられる人物を探していた。リョウは、烈火剣を失い、白炎が生死の境をさまよっていることに激しい自責の念に駆られる。その心を察した白炎は、重傷を圧して、剛烈剣を守護する黒炎王に立ち向かう！

富士山のマグマの中で、リョウたちは烈火剣の復活を果たす。安堵の帰路に就くリョウたちの前に、新たな妖邪、黒陽炎が立ちふさがった！　黒陽炎の目的とは？　そして、突然、彼等の眼前に現れる妖邪門…。呆然とする一同の耳に、倒したはずのアラゴの声が響く！

輝煌帝の力に妖邪と同じ性質を感じたサムライトルーパーたち。そんな彼らの夢に現れたカオスは、「力を過信せず心眼を持て」と伝える。五人は啓示に従い、それぞれかつて封じられた場所へと赴く。鳴門海峡で偽水滸と戦うシンは、戦いの中でその極意を見つける！

カオスの言葉に従い、秋芳台にやってきたセイジは、アヌビスに心の曇りを指摘される。最善の方法を模索するために瞑想に入るセイジ。一方、セイジをおびき出そうとするアヌビスは、森に生きるすべての生命を凍結させてしまう。この所業を許せないセイジは怒りを爆発させ…。

大雪山を目指すシュウが見たものは、妖邪・砂竜人により、砂と岩に化した無残な景色だった。怒りにまかせ岩鉄砕を放つシュウ。しかし、砂竜人の攻撃についに倒れてしまう。その時、彼の脳裏にカオスが夢の中で言っていた「砂の目を読め」という言葉が浮かび…。

トウマとリョウの前に、新たな妖邪、カユラが姿を現す。シンら三人の仲間はすでにカユラに捕われたという。強行突破の救出を主張するリョウと、冷静に考えようとするトウマ。焦る二人を更に追い込むように、彼らの前にアラゴ城の幻影が現れ…。

錫杖の正体を探っていたカユラは、カオスを連想させる雲水に接触した。一方、リョウたちは、自分たちの力で妖邪界に侵入できないかと考えていた。かつてアラゴ城が現れた新宿に残る空間の歪みを発見し、そこから強引に侵入しようと決めたリョウとトウマは…。かの雲水の正体は？

シュテンを味方だと認めるナスティと純に、シュテンは過去の過ちを告白する。鎧を脱ぎ捨て、人の心を取り戻し罪を償う戦いに身を投じる決意をしたシュテンに対し、アラゴは、ラジュラを刺客として放つ！　一方、妖邪界で目覚めたリョウとトウマは、その光景に驚いていた…。

堕羅率いる妖邪軍団に包囲されたリョウとトウマは、強行突破を試みるが、水滸、光輪、金剛のパワーを吸収した堕羅の青竜刀の前に追い詰められていく。輝煌帝を発動しようにも、捕らえられた仲間たちから更にパワーを吸収すれば命が危うい。一計を案じたトウマは…。

リョウとトウマは煩悩京に侵入を果たす。迎え撃つのは、芭陀悶とカユラ。芭陀悶は、サムライトルーパーたちと同じ鎧戦士である三魔将の精神をリョウに乗り移らせ、輝煌帝を操ろうと画策。輝煌帝を発動させられてしまうリョウは、妖邪に取り憑かれて苦しむ！

リョウとトウマは一時避難し、体力の回復を待っていた。カユラに襲われた時の三魔将の援護から、リョウたちは、三魔将の鎧も自分たちと同じだと実感。一方、人間界では、ナスティがアラゴ城の調査を進め、輝煌帝や剛烈剣と並ぶ対妖邪の神器「命の勾玉」の在りかをつき止める。

人間界では人柱用の人間狩りが続いていた。ナスティたちは勾玉を手に入れたとは言え、その使い方が解らず、今は妖邪界突入のタイミングを伺うことしか出来なかった。一方、妖邪界で捕われの仲間たちの救出を急ぐリョウとトウマは、カユラの罠で亜空間に閉じ込められてしまう！

妖邪の軍勢に強行突破をかけるリョウ、トウマ、シュテン、ナスティ、純。しかし、妖邪の数とカユラの猛攻にピンチに陥る。仲間の力が必要だと悟ったトウマは、カユラに敗れたふりをして鬼面堂に捕らわれている仲間たちの元へ案内させ、救出しようと目論むが…。

サムライトルーパーたちが集結したのもつかの間、トウマとセイジはカユラと対決、残る三人は三魔将と一対一の戦いを強いられる。アヌビスとシン、ラジュラとシュウが戦う裏でナアザとの戦いに挑むリョウ。そこにシュテンが駆けつけ…。カユラの謎が明らかに？

カユラへの疑問を拭えぬシュテンは、最期の戦いを決意。サムライトルーパーたちもアラゴとの決戦に出陣する。一方、封印が解けたカユラは、自分がカオス一族だったときのことを思い出しはじめていた。それを知った芭陀悶は、彼女に憑依し操ろうとする。

鬼魔将として戦うシュテンと、カユラの身体の中でそれを受けて立つバダモン。だがその間にアラゴはサムライトルーパーたちと、三魔将の鎧を手中に収めていた。アラゴの本心を知り、手先となっていたことを激しく後悔するラジュラ、ナアザ、アヌビスは、鎧の心を取り戻すが…。

烈火のリョウ、天空のトウマ、水滸のシン、光輪のセイジ、金剛のシュウ、薬師のナアザ、漆黒のアヌビス、夢幻のラジュラ、貴力の鎧を受け継いだカユラ…ここにすべての鎧が集結。戦いの場を人間界に移し、一同は力を併せアラゴに最終決戦を挑む！　人間対妖邪の戦いの結末は？