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トラブル・コントラクター（厄介ごと請負人）のケインは、広域犯罪組織デュゴール・コネクションが開催しているシークレットオークションから盗品の奪還を依頼される。本拠地の人工惑星に侵入したケインは、別のルートからデュゴール・コネクションを捜査していた探偵ミリィと出会うが…。

機体整備のため宇宙ドックに立ち寄ったケインの船ソードブレイカーに、「腐れ縁」の星間警察レイル警部から緊急連絡が入る。それは暴走したフェイズドライブの実験艦を止めてほしいという依頼だった。このままだと宇宙ドックに衝突!? しかも依頼料はタダというのだが…。

押しかけ乗員となったミリィは料理は得意だが、なぜか厨房施設をそのたび破壊してしまう。さらにレイルからの海賊絡みの裁判の仕事を勝手に引き受けてしまい、ケインとミリィは言い争いになってしまう。怒ったミリィは一人で証人の少女の護送に出かけてしまうのだが…。

ミリィの「栄光のミスコン百回参加」を達成するために、『ミスヤシガニコンテスト』が開かれる海洋惑星サンザニアに向かうことになったケインたち。予選を勝ち抜き、決勝に進んだミリィだが、その夜、泊まってる水上コテージをナイトメアの刺客が襲ってくる…!!

相変わらずミリィは厨房を破壊し続けたりしたため、お財布の中身が厳しくなってきたケインは、兵器工場惑星ロイデストの巡回警備する、簡単な仕事を受けることにした。だが止まっているはずの警備システムが動き、警備システムの管理する機械衛星ドルキバが落下し始めてしまった…！

宇宙軍所属の看護婦養成船ハイボールから、生徒たちの身辺養護の依頼が入る。女性だけの船であるのと、卒業演習が近い生徒たちへの影響も考慮し、警護員は女性限定という。キャナルの立体映像装置が故障のため、ミリィと女装したケインが新任の栄養士として乗り込むことになるが…。

連絡を断った考古学者を捜し出すという依頼を受けたケイン。捜索はキャナルとケイン＆ミリィチームに分かれて始められた。すると行方不明の考古学者は、犯罪帝国ナイトメアが進めていたロストシップの発掘に立ち会っていたらしい。その秘密を守るため戦闘チームがケインたちに襲い掛かるが…。

惑星チキンアースのトレビン国ブレンコ大臣を護衛する仕事が入る。この国では要人誘拐やテロが多発、さらに経済破綻などでかなり危険な状態だった。しかも依頼人であるレイルの代理で、初仕事だというニーナがやってくる。先行き不安の中、案の定、大臣を狙うテロリストが現われるのだが…。

なぜかトイレを使うパターンがかち合うケインとミリィ。キャナルはこれ以上トイレを船に増やすつもりはないし…。そんな時、救難信号がを出していた船から、とんでもない結晶を持ち帰ってしまう。それは、ランダムに船内の空間をいじりまわしてしまうという銀河前文明が作ったブービートラップだった…。

開発公社の移民局からの依頼で、大規模開拓移民船メイフラワーの護衛だという。だがその実情は、先の見えない開拓の旅に疲れた人たちが資源開発用のエネルギーである中性化反物質を盗み出して、武器商人に横流ししようとするのを防ぐのが一番の課題だったのだが…。

ラグルド社から貨物船の護衛を依頼される。出発時間の変更のために寄った酒場で、ケインは昔なじみのトラコン仲間のジェスと再会する。賭けでケインとジェスは警護する船を交換することに。警備当日、ケインたちは海賊に襲われるが撃退。だが、ジェスの船はなす術もなく撃墜されてしまったのだ…!!

続発するラグルド社の貨物船襲撃事件。ケインも友人ジェスの仇を取るために海賊を倒すことを決める。そんな時「恋人はラグルドに殺された」と言いふらす女性に会う。しかも、ラグルドの保安部長と海賊の密会を目撃したというのだ。ケインたちは海賊のアジトがあるヴィメス星系第6惑星に向かうのだが…。

祖母アリスのお墓参りに向うケイン。その惑星にはアリスの盟友だったというジルが墓守のように住んでいた。昔話を語ってジルは息を引き取る。そんな時、ケインの前に“闇を撒く者”が現れる。アリスの仇敵を目の前にしながらも、その圧倒的な実力差の前にケインは一歩も動くことが出来ず…。

“闇を撒く者”への恐怖に負けてしまったケインは酒場でなす術もなく酒を飲み続る。そこで3年前にコンビを組んでいた伝説のトラコン、アトラスと再会。彼は3年前に完遂できなかった仕事にもう一度ケインを誘う。それは自らの恐怖の原点である場所に赴き、恐怖を克服しようとしていたのだ…。

トアール社というベンチャー企業がフェイズ・ドライブの技術を応用した物質転送機を開発していた。これが完成するとサイ・バリアの防御を越えた攻撃が可能となってしまうため、開発阻止の依頼を受けるケインたち。だがナイトメアもこの物質転送機を狙っていた…。

武器の補充のために、エリアA-3衛星港に寄港するソードブレイカー。なじみの武器商人の店でミリィが試乗した武器から間違って弾が発射されてしまう。ケインと言い争いのあげくミリィは船を降りることになってしまう。偶然にもこの衛星の本星はミリィの故郷だったのだ…。

惑星エトナの建設現場でロストシップらしき巨大な宇宙船の一部が発見された。本物か確認するためにケインは発掘現場に赴く。そこへケインを狙いカーリーが現れ、戦闘が始まり大騒ぎに!! さらにレイルがロストシップに入り込んだとたん始動してしまい星間警察第13艦隊を一瞬のうちに壊滅させてしまう…!?

レイルのせいで第1級反逆罪の指名手配を受けたソードブレイカーは、船体識別コード、登録番号、乗員データを変更しないと装備品の補給さえ受けられないありさま。なんとか、警官の追撃を振り切ったところに今度はナイトメアの攻撃。さらには“闇を撒く者”の船、重砲撃艦ゴルンノヴァが突如現れて…。

ゴルンノヴァの戦いが始まった。“闇を撒く者”はサイ・エネルギー回路を通してケインの精神に干渉してきた。意識不明となったケインは精神世界の中で“闇を撒く者”からダークスターの洗礼を受けるか死を選ぶかを迫られる。一方、キャナルはケインを救うべく決死の精神サルベージを敢行するが…。

ついにナイトメアが銀河を闇の力で覆うために動き出した。まだ前回の戦いで修理中のソードブレイカーにもネザードを旗艦とする追撃艦隊が差し向けられ、徐々に追い詰められる。さらにレイルの駆るラグドメザギスまで出現し大ピンチ。そのころ、ミリィはニーナと再会し、ケインとレイルを探しに出るが…。

自己修復機能をフル回転させるためにはメインエネルギーを集中させるので、ソードブレイカーを制御するキャナルも消えてしまう。そんな時にナイトメアに場所をつきとめられてしまう。ケインはネザード率いる艦隊の攻撃を一人で防ごうとする。一方、ミリィたちはグドメゼギスの情報を入手して…。

レイルはラグドメゼギスにサイ・エネルギーの糧として取り込まれかけるが、ロストシップの思考をブロックするキーワード「韻音律」を使い脱出に成功し、ミリィとニーナ救出される。彼の意識内に植えつけられた情報からナイトメアの本部の場所を掴むミリイたち。そのころソードブレイカーも決戦の地へ…！

ナイトメアは徐々に勢力を伸ばし、全銀河支配まで時間の問題だった。ミリィとニーナは巡洋艦を盗み出し、ケインとレイルを探し始める。そのころ、ラグドメゼギスのマスターに指名されたカーリーから星間ネットを通じて挑戦状が届けられる。これに応じたケインだったが…。

ソードブレイカーの攻撃をラグドメゼギスは跳ね返した上、カーリーを同化したことにより、砲撃タイプから格闘タイプへ変化。格闘戦に向いていないソードブレイカーは徐々に追い込まれてしまう。怒りに身を任せたケインはサイ・コード・ファイナルを発動するが暴走してしまう。そこへミリィが船に戻ってきた…！

ミリィの帰還により、気分も高揚しているソードブレイカーはサイ・エネルギーを温存しながらもナイトメアの絶対防衛線を次々と打ち破っていく。だが待ち構えていたのは、“闇を撒く者”だった。ケインを負の状態に落とし、負のサイ・エネルギーの衝突によってダークスターを完全に目覚めさせようとしていた…。

“闇を撒く者”とケインはサイ・ブレードを取り、宇宙の運命をかけ対峙する。またダークスターは未覚醒状態のまま発動しようとしていた。そこへケインを助けるためにソードブレイカーがボロボロになりながらもかけつける。乗り込んだケインはサイ・コード・ファイナルを発動。空間は白い闇に包まれ、そして…。