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不破耕助は高校１年生。早くに両親を亡くし、父の親友・小早川順三郎のもと、その娘・冴子と姉弟のように育てられた。あるひ、耕助のクラスの力に脅迫状が届く。力をかばう親友の良とともに、呼び出し場所に向かう耕助。だが、２人の乗るバイクが何者かの仕掛けにはまり、激しく転倒。耕助は意識を失い、まもなく脳死状態に。誰もが絶望したその瞬間、奇跡的に脳波が蘇った！しかし、それは耕助ではなく、もう一つの脳による人格、超天才児・不破銀狼の誕生であった…。良の死をきっかけに、次々に起こる殺人事件。その犯人“首なしライダー”のトリックは？そして正体は？すべての謎に銀狼が立ち向かうが…。

野球部の部室で、コーチの西田が突然発火し、焼死する事件が起きた。１年前、練習中に死んだ部員・黒岩の呪いだとの噂の中、耕助らは、真相究明に乗り出す。だが、その後も次々と野球部員の焼死事件が起こり、学園内は騒然。そんな中、耕助は野球部を冷たく見つめる五代監督の妹・美香と出会い、何故か彼女のことが気にかかる。一方、調査が進む中、銀狼は人体発火のトリックを解明。屋外では起こり得ないという推理のもと、死亡予告を受けた野球部員がグランドで練習を始めたその時、グローブが発火、瞬く間に全身を燃やし尽くした！混乱する銀狼。本当に黒岩の呪いなのか!?

著名な画家・鴻上十三の絵『破壊の死神』がポルターガイスト現象を呼び、絵の中から死神が飛び出すとの噂が流れた。鴻上の遺児で美術部に所属する３姉妹を取材中の耕助、冴子らは、鴻上の養女であるあやかの協力で、調査を開始する。そんな中、三女の月子が彫刻の下敷きになり死亡する事件が発生。邸内のアトリエを調べた銀狼は、ポルターガイスト現象のトリックを解明する。だが、その後、『破壊の死神』の絵から本当に死神が飛び出し、二女の泉が襲われた！壁を抜けて、再び絵の中に戻る死神の正体は果たして——!?

天神学園校内で、工事現場から大量の動物の骨が発掘された。動物の祟りにあうという生物教師・水島の警告を無視して続行される工事。だが、しばらくして教師の藤森がネズミの大群に噛み殺される怪事件が発生。祟りが噂される中、耕助たちは水島が犯人ではないかと疑う。しかしその直後、水島も同様にネズミに殺される。銀狼は、ネズミの生態から、事件のトリックを解明。犯人を追いつめるが、この犯人も自ら仕掛けたトリックで何者かに殺されてしまう。一連の事件が解決し、平和を取り戻したかに思えた学園。だが、その工程に突然死亡予告が出現！しかもそれは金狼からのものだった—。

金狼から耕助に、メッセージを完成させるために６人を犠牲にするという殺人ゲームの予告が届く。それは、金狼から耕助＝銀狼への最終決戦の挑戦であった。そして、第１の殺人事件が発生。現場には、女子学生のミイラ死体と“KILL”の血文字が彩られた羊のジオラマが残されていた。その後、次々と起こる殺人に、苛立つ耕助。そんな中、顧問の大林が、顔を包帯で覆った不審なミイラ男を見たと証言。１年前にイジメを苦に自殺未遂をした天才少年・川上トオルが金狼ではないかとの疑いの中、再び金狼から殺人通知が。そこで耕助達が見たものは、なんと力のミイラだった！驚愕し、絶叫する耕助に銀狼が現れ、川上の病院に乗り込むが…。

金狼から耕助に、メッセージを完成させるために６人を犠牲にするという殺人ゲームの予告が届く。それは、金狼から耕助＝銀狼への最終決戦の挑戦であった。そして、第１の殺人事件が発生。現場には、女子学生のミイラ死体と“KILL”の血文字が彩られた羊のジオラマが残されていた。その後、次々と起こる殺人に、苛立つ耕助。そんな中、顧問の大林が、顔を包帯で覆った不審なミイラ男を見たと証言。１年前にイジメを苦に自殺未遂をした天才少年・川上トオルが金狼ではないかとの疑いの中、再び金狼から殺人通知が。そこで耕助達が見たものは、なんと力のミイラだった！驚愕し、絶叫する耕助に銀狼が現れ、川上の病院に乗り込むが…。