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長野県松代にある私立ヴァルトシュタイン学院。通称「オカルト学院」。ある日、学長の一人娘である神代マヤという美少女が父親の葬儀に出席するために学院へやってくる。葬儀の途中、学長が生徒に残したメッセージが流れ始める。すると突然、棺のフタが開き、死霊に取りつかれた学長がマヤたちに襲いかかってきた…！

1999年7月、ノストラダムスの予言やスプーン曲げ少年のブンメー君の話題で持ちきりだ。オカルト嫌いを主張するマヤはオカルト学院の廃校を目論み、学長の座に着く。そこへ新任教師としてやってきたのは突如空から舞い降りた怪しい男、内田文明。彼は未来の地球を護るために過去からきたタイムエージェントだった…！

オカルト学院のまわりで、町の人々が次々に消えていく。神隠しは天狗の仕業だと聞きつけたマヤは「ノストラダムスの鍵」につながるかもしれないと文明をけしかける。二人の目的は、ノストラダムスの鍵を探して予言を食い止めること。だが、いまいち身が入らない文明。そんな文明に定食屋の看板娘である美風が微笑んで…。

マヤとこずえが神隠しにあった。松代の町総出で捜索が始まり、スマイルとJKはダウジングで、文明は美風とマヤたちの行方を追う。文明たちは、目撃情報をもとに皆神山を調査する。そこは日本のピラミッドと呼ばれるパワースポットだ。山の中腹にある横穴の神社へ入ると、さらに奥深くへと続く謎の洞窟が出現して…!?

皆神山の一件で、文明を見限ったマヤ。マヤは一人でも予言を止めてみせると決意し、文明はその冷たい態度に戸惑う。一方、こずえは今日も今日とてオカルト街道まっしぐら。いつか私も見てみたい…。学院でただ一人、オカルト現象を目にしたことがないこずえは心に誓う。そして、臨死体験の実験モニターに立候補して…!?

臨死体験の授業以来、こずえの様子がおかしい。マヤと亜美は色々なオカルトネタを出して見せるが、こずえは無反応。最後の手段で、文明にスプーン曲げを披露させるが、やはり効果は無い。マヤと亜美は、死後の世界へ元のこずえを取り戻しに行こうと決意する。スマイルやJKにも協力してもらい、夜の学院に潜入開始!!

亜美の父、茂と再会するマヤ。以前は楽しそうに聞いていたマヤがオカルト嫌いになってしまったことを心配する茂。翌日、マヤとこずえは亜美の家に遊びに行く。亜美が取り出したのは、小学校の文集。当時の作文を読まれ、赤面するマヤ。そこへ松代郊外でミステリーサークルが発見されたというニュースが飛び込んで…!?

仲違いしたマヤと亜美は学院にいる間、目を合わせず、そっぽを向き合っていた。放課後、マヤは文明とキャトルミューティレーションの現場へ調査に出かける。その牧場では何頭もの牛が血を抜かれて死んでいた。そして亜美に呼び出され、皆神神社へ駆けつけるマヤ。二人が口を開いた時、こずえの悲鳴が聞こえてきて…!?

マヤのクラスで、降霊術の授業が行われる。純一郎の霊を降ろすはずが、実際に現われたのは幼い少女、あかり。おうちに帰りたいと、しくしくと泣くあかりを見たマヤたちは彼女の家を探してあげることにする。文明も協力すると言い出すが、美風との約束が入ってしまう。そしてマヤたちはあかりを連れて町へ繰り出すが…。

あかりの父親、岡本健吾をつき止めたマヤたち。あかりのことを聞こうとするが、岡本は「帰れ」の一点張りで取りつく島もない。その帰り、マヤは一人、生家を訪れる。もうすぐ取り壊されてしまう家を見つめ、寂しげな表情を浮かべるマヤ。翌日、文明に呼び出されて行くと、彼が珍しく真剣な顔をして、マヤに告げてきて…。

ノストラダムスの鍵の調査のため、マヤと文明は市外へ出た。対となる二つの面がそろう時、皆神山が消滅するという言い伝えのある土偶の面。その一つと思われる土面が発掘された。その調査中、文明の脳裏に浮かぶのは、ある人物に告げられた神代マヤこそが魔界の扉を開ける全ての鍵という言葉だった。文明は意を決して…。

純一郎を手にかけ、マヤの命を狙い、そして今、魔界の扉を開かんとする人物が姿を現わす。しかし文明は為す術無く、身動き一つ出来ない。解き放たれるモスマンやチュパカブラ。町の上空では、魔術の閃光が激しくぶつかり合う。そんな中、亜美たちはマヤの魂を降霊しようと奮闘するが、その前に意外な人物が現われて…!?

ノストラダムスの予言を巡る戦いが終わり、学院は平和を取り戻した。使命を果たした文明は、未来へ帰ることを決める。そこへ市内のホテルに宿泊する彼の母から連絡が入る。終業式でブンメー君の講演会が開かれるというのだ。だが当時、学院へきた覚えは無い文明は未来に通信を入れる。そして恐るべき真実を明かされる…。