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コレンと共に旅を続けていたディアナは、カラモートの町に立ち寄る。その町では、地球人とムーンレィスが協力して祭りの準備を進めていた。祭りで使うホワイトドールに似せて作った張りぼてを見て、コレンはガンダムという“白い悪魔”が天国を壊しに来たと思い込む。

ロストマウンテンで発掘作業を進めていたゼノア隊が、核爆弾を発見。スエサイド部隊と鉢合わせしたゼノアは核の恐ろしさを知る故に戦闘を回避しようとするが、核爆弾を奪取しようとするスエサイド部隊とレット隊の間で戦闘が始まってしまう。

核兵器が使われてはならないと考えたゼノアはロランに核爆弾を処分するよう頼み、ソシエたちを伴ってディアナに直訴しようとする。一方、核兵器による地球制圧を主張するフィルは、ディアナの外交姿勢を弱腰だと批判し、公然と政権の委譲を求める。

ソレイユに残ったのが本物のディアナか確信が持てないフィルは、ポゥにハリーが連れ去った女を捕獲するよう命じる。一方、ハリーとともにウィルゲムに向かったキエルは、ディアナを演じてグエンとの面談を要求。グエンたちが宇宙へ行くのを思いとどまらせようとする。

ルジャーナ海軍の協力を得て、マニューピチを目指すウィルゲム。そこに核爆弾があるかもしれないと考えたレット隊のキャンサーは、ミリシャが核爆弾を使ってソレイユに攻撃を掛けるかもしれないと危惧し、ウィルゲムに襲撃をかける。

フィルは「ハリーが裏切ってディアナを地球人に売り渡した」と演説し、サンベルト共和国の建国を宣言した。フィルに報いて功を立てたいポゥは戦艦アルマイヤーで出撃し、マニューピチへ移動中のウィルゲムを追撃する。同じ頃、ディアナも船に乗せられマニューピチへ向かっていた。

マニューピチの町はディアナ・カウンターの部隊に占領されていた。マニューピチで暮らしていたアデスカの民の王、クワウトルと出会ったロランは、アデスカの民に伝わる、世界を破壊する白い悪魔の神話を聞く。

アデスカに災いが迫ったとき、新しき王が古き王を討ち取って代わるのがアデスカのしきたりだった。しかしクワウトル王は逃亡し、新王タルカが追っていた。一方、ロランたちはディアナ・カウンターの砲台を爆破しようとする。

ディアナを乗せたジャンダルムは、ハリーの追跡を振り切って宇宙へ。一方、マニューピチではウィルゲムを宇宙に上げる準備が進む。ミリシャにより月に最悪の事態がもたらされることを恐れたミランは、ポゥにウィルゲムの攻撃を命じる。

月に向けて宇宙船を打ち出す設備“ザックトレーガー”にたどり着いたウィルゲム。しかし、ドック内で船体を固定され、動けなくなってしまう。実は、ザックトレーガーのドックには、ジャンダルムも入っていた。それに気付いたハリーは、ディアナを救出しようとする。

宇宙に不慣れなミリシャ兵の間で不満が高まる。ついには、ミハエルたちがブリッジを占拠し、ウィルゲムを地球に戻すよう要求。ハリーの提案でブリッジの空気を抜き、酸欠状態となったミハエルたちは機械人形に乗り宇宙空間へ。ロランはミハエルたちを連れ戻そうと追う。

ディアナ暗殺の動きを知ったキャンサーとムロンは、ディアナを連れてジャンダルムから脱出、廃棄されたコロニー“ミスルトゥ”へと向かう。ディアナからの暗号通信でそれを知ったロランは救助に向かうが、月の武門を司るギンガナムの部隊もミスルトゥへと迫る。

キエルをさらったハリーはキエルをディアナに仕立て上げ、ウィルゲムから連れ戻したとギンガナムに報告。一方、ロランはミスルトゥ内でディアナやレット隊と合流し、ウィルゲムもマヒロー部隊の攻撃を避けてミスルトゥへ。ギンガナムはマヒロー部隊にミスルトゥの攻撃を命じる。

ステロのマヒロー部隊にディアナが乗ったシャトルの追撃を命じるギンガナム。ディアナたちは四散したミスルトゥの残骸に隠れていたが、その残骸が月面上の都市、フォン・シティを直撃することが判明。ロランは処分を託された核爆弾を使って、残骸を破壊しようとする。

月に到着したロランは、幼馴染みのドナやハメットたちと再会。ディアナは、月に戒厳令が敷かれ施政が悪い方向に傾いていることを知り、月の管理者アグリッパを問い質そうとする。そのために、ホワイトドールをクジラに偽装し、運河を使って月の首都ゲンガナムを目指す。

ゲンガナムに潜入したロランたちはウィルゲムに合流。ディアナはアグリッパとの会談に臨むグエンに同行し、白の宮殿へと向かう。会談が行われている最中、ウィルゲムをステロのマヒロー部隊が攻撃。ウィルゲムはマヒロー部隊の攻撃を避けるため白の宮殿へと移動する。

ステロはグエンたちを人質にして∀の引き渡しを要求。一方、ギンガナムはメリーベルに命じてターンＸを起動させ、アグリッパは月面における∀とターンＸの直接対決で決着をつけるよう提案する。事態を収拾するためディアナは“黒歴史”の封印を解く決断をし、冬の城へ向かう。

ギンガナムとの戦いの最中、ロランは∀が古代の文明を破壊したモビルスーツであることや、ターンＸとの因縁の関係を聞かされる。一方、冬の城にたどり着いたディアナは、黒歴史の封印を解き放つ。それは、かつての宇宙戦争を記録した膨大な映像資料だった。

黒歴史の映像に動揺した月の市民たちはパニックとなり、暴動状態に。闘争本能に目覚めた者は例外なく排除しようとするアグリッパをディアナとキエルは殺そうとするが、アグリッパはミドガルドの手により射殺される。さらにミドガルドは、新秩序を築くためディアナの命も狙う。

白の宮殿に戻ったディアナは、ターンＸをはじめとするモビルスーツの引き渡しをギンガナムに要求。ギンガナムは表向きそれに応じる姿勢を見せるが、裏では地球の文明開化を目論むグエンと手を組んでいた。グエンは黒歴史のデータと一部の人員だけ乗せて地球へ戻ろうとする。

ロランからの報告でグエンとギンガナムの結託を知ったディアナは、ギンガナムの暴挙を阻止するため地球へ行くことを許して欲しいと月の民に呼びかけ支持を得る。ギンガナムが追撃を避けようと戦艦を破壊していったため、ディアナは民間人の協力を得て予備の戦艦を整備し、地球を目指す。

ギンガナム軍はノース・アメリア各地のミリシャを攻撃。リリはルジャーナとディアナが盟約を結び、グエンとギンガナムに対抗する勢力を作り上げることを提案する。一方、中立地帯にあるキースのパン工場にはグエンが訪れ、工場で働くムーンレィスの技術者が欲しいと持ちかける。

∀の“月光蝶”システムにより地上に大きな被害が出たことでグエンは危機を感じ、∀の量産化を理由に機体の引き渡しをギンガナムに要求。一方、ディアナの元にはコレンが馳せ参じ、戦列に加わることを許可される。コレンは以前にも、月光蝶を見たことがあるようだった。

奪還した∀にはジョゼフが乗り込んでいた。ジョゼフはフランが自分の子を宿したと知り、父親として手柄を立てたかったのだ。ターンタイプはターンＸだけでよいと考えるギンガナムは、容赦なく攻撃。さらに、機械人形の量産化を目指すグエンにも矛先を向ける。

再び∀に乗り込んだロランは、ギンガナムのターンＸと対決。ターンタイプ同士の戦いにより月光蝶システムが作動し、ディアナはソレイユのバリアで月光蝶の被害を食い止めようとする。相討ちとなって動きを止めた2機から降りたロランとギンガナムは、生身で剣を交える。