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行方不明のハイエンシェントサーキットの一つ、『雷（いかずち）のマグダラ』。新たに華とパートナーとなったサーシャは、このサーキットの行方を探るべく、私立女子校『翠玲学園』へと女装して潜入する。華の手引きにより、学園中の女生徒のソーマを調べ始めるサーシャ。だがソロリティの会長、瀬田深雪がサーシャに疑いを抱き、決闘を申し込む。

決闘に敗れた深雪は、ソーマを吸われた罪悪感から幼馴染の天乃翼を避けるようになる。だが翼はそれが自分のせいではないかと思いこみ、2人の想いはすれ違い始める。一方、アトス同様にアデプトもまた学園へ12使徒を潜入させていた。ジータが仕組んだ決闘により、翼の隠された能力が発現。サーシャがついに敗れる。そして正体がサーシャとは知らないジータは、その毒牙をむき出しにする!!

翼に目をつけたサーシャと華だったが、時既に遅く汪震により翼を捕らえられてしまった。翼について調査を始めたサーシャたちの前に、怒りに燃えるジータが立ち塞がる。能力を過信するジータはサーシャの敵ではなかったが、クラフトをも操る汪震により追い込まれてしまう。だが、そのピンチを救ったのは意外な人物だった！

増援として送られてきたカーチャは、精神が捕われた華を救出するため新たな奴隷、あやめを従えて電脳空間へダイブする。一方、汪震は翼にウィッチクラフトのサーキットを刻みこみ、着実にを我が物ものにしようとしていた。ついに起動する雷のマグダラ。しかし翼の祖父、天乃晴之から全てを知らされていた深雪は、翼を守るために託された力を使用する。

シルバーナイトに姿を変えた深雪は、ウィッチクラフトとなった翼に立ち向かう。あやめと共に電脳空間にダイブしたカーチャは汪震の企みに気付くが、彼女の前に新たな敵が立ちふさがる。一方、ようやく目を覚ましたサーシャに、ユーリは総主教会議からの通達と神罰執行部隊＜メテオラ＞の派遣を伝える。サーシャはシルバーナイトと化した深雪と、汪震に操られる雷のマグダラの戦いに介入するが、双方の圧倒的な力を思い知らされることとなる。

窮地に追い込まれたサーシャの前に現れたのは、かつての大切な人だった。まふゆの持つ「剣のマリア」の力は今でも失われておらず、生神女となりその力を制御しようと修行していたのだった。身も心もボロボロのサーシャを優しく労わる彼女は、その力で共に戦うことを誓う。剣のマリアの加護を得たサーシャと、雷のマグダラを手中にした汪震との、熾烈な最終決戦が今始まろうとしていた――!?

クェイサーの能力を封じられ、アトスの捕虜となったジータ。久しぶりに燈と再会するも、己の境遇を喜ぶことはできずにいた。自分がここにいることの意味に苦悩するジータに、「運命の母」「星の宿主」「ミハイロフの救世主」ことマダム・リリィが救いの手を差し伸べる。脅威の的中率を誇るマダム・リリィの占いや、燈たちの献身的な姿を目の当たりにしたジータは、自分たちが戦っていた相手の真の姿に次々と衝撃を受けることとなる。

聖ミハイロフ学園へと戻ってきたサーシャとまふゆたちは、安息の日々に身を置くこととなる。一方、再会を喜ぶ史伽は未だにサーシャへの想いを胸に秘めていた。だが対立組織のメンバーが校内にいることに対し苛立ちを募らせているサーシャとジータ。そんな2人に今までと違う戦いを伝授される。それは――ボウリング。占いの館に設けられたレーン上で、遂にアトスとアデプトの雌雄を決する時が来た!?

年に一度の大イベント、「聖ミハイロフ学園創立祭」。前日の準備から、誰もが浮き足立っていた。そんななか、まふゆは、サーシャがジータからソーマを吸う場面を目撃してしまう。ニプロックの影響を無くす為とはいえ、他の人のソーマを吸うサーシャを見て動揺してしまうまふゆ。そして迎えた創立祭当日。悶々としたままのまふゆは、サーシャに誘われ秘宝館へと入る。二人きりの静かな空間で、二人きりの静かな空間で、まふゆとサーシャは……。

聖乳＜ソーマ＞。それはクェイサーが元素を操るために女性から得る聖なるエネルギー……。その神聖なる儀式に対しサーシャは少しずつ敬意を払わなくなりつつあった。ビッグマムはそんなサーシャに対してソーマ断ちを命じる。一方、貧乳に悩む乙女たちは、周りの巨乳に負けじと一致団結し、未来を信じて豊乳を目指す。彼女たちがたわわな胸を持てあませる日は来るのか!?

『万国乳房研究会』――万乳研。かつて一人の男が、全てのおっぱいを我が物にする為に立ち上げた組織である。しかし、その組織も官警と1人の少女の手によって壊滅させられてしまった。出所した男は今度こそ人として真っ当とされる道を歩もうとする。だが世間は彼にそれを許さなかった。だから彼は立ち上がった。彼を必要とする声に後押しされ、新たな門出をこの温泉で迎えることとなる。『宇宙乳房研究会』こと宇乳研の誕生である!!

今日もミハイロフ学園で平和な朝を迎えるサーシャ。だが彼はついに隠されていたハイエンシェント・サーキットの一つ、黄昏のノアの所在を知ることとなる。しかもサーキットの所在を突き止めたメテオラもまた、ミハイロフ学園に、その兵力を動かそうとしていた。聞く耳持たぬメテオラのクロフォードに対し対峙するユーリ神父。一方、既にミハイロフ学園に潜入していたメテオラの一員は、その毒牙をまふゆへと向ける！