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新体制になった“HERO TV”に新ヒーローが登場し、ワイルドタイガーとバーナビーは先輩バディーヒーローとしての実力を発揮する。

人を救いたい気持ちはあるものの、デビューから半月がたっても目立った活躍ができていない新人ヒーローの昴(すばる)は、焦りからあるミスを起こしてしまう。

カリーナの手元に病弱な少女からのファンレターが届く。そこで2番目に好きと書いてあるワイルドタイガーと彼女のお見舞いに行くことに。

ヒーローランキング首位をひた走るファイヤーエンブレムとスカイハイ。新人ヒーローにも慕われ、申し分ないように見えていたが、とある悩みを抱えるネイサンは虎徹、バーナビーに相談を持ち掛ける。

虎徹はイワンを何気ない一言で怒らせてしまったアントニオから相談を持ち掛けられる。一方のバーナビーもイワンから遠回りのメッセージを託される。

仲が良く、何の問題もないように見えていたパオリンとラーラの関係は、とある事をきっかけにしてゆがみが生じてしまう。

虎徹の娘・楓が学校の宿題を理由に友達のサロジャを連れ、突然シュテルンビルトに訪ねて来る。戸惑いつつもうれしい虎徹は、珍しく褒められ喜んでいた。

犯人に対し過剰防衛をしてしまったことを受け、司法局はトーマスを謹慎処分にする。彼はヒーローミュージアムに行き、ヒーローを志したきっかけとなった “LL.オードゥン”の展示棚の前で自分の信条を再確認する。

虎徹はヒーローに捜査権がないのを知りつつ逃げた犯人・ビンセントを必死に捜し回る。一方、マッティアが研究し偶然できた薬品が思わぬ効果を生み出す。

ついに犯人のビンセントが逮捕され、不本意ながらも爆弾事件は解決する。そんな中、何者かに襲われて体が硬直した状態のファイヤーエンブレムとスカイハイが発見される。そして二人を襲った“NEXT”らしき二人組は「これから街のヒーローたちを倒していく」という宣言をする。

“ヒーロー狩り”をするフガンとムガンに対抗すべく、残されたヒーローたちは単独行動を避けて行動する。しかし、そんなヒーローたちにさらなる危機が迫っていた。

虎徹たちはフガンとムガン確保のためにも「自分たちが動くしかない」とヒーロー管理官のユーリに直談判する。猛威を振るう二人を止めるべく、力を結集したヒーローたちはある作戦を開始する。

とある理由のためにヒーロー狩りをするフガンとムガンに何度倒されてもヒーローたちは立ち上がり、死力を尽くして二人に立ち向かう。彼らとヒーローたちとの激闘が繰り広げられる。

初代キングオブバディーヒーローが決まるまで残りひと月となり、アニエスは今シーズン最後となるファンミーティングに意気込む。一方、虎徹は楓相手に何やら練習をし始める。

暴動を起こした“NEXT”たちの症状は原因不明で、さまざまな憶測が飛び交う。距離感が近くなったカリーナと虎徹の様子にヒーローたちが沸き立つ中、再び暴動事件が発生し、虎徹らがその対処に向かう。

昴がフォートレスタワービルで、“とある女性”と待ち合わせをしていると、そこで暴走NEXT、通称“X”による事件に巻き込まれてしまう。“X”がNEXTのみに発症する感染症ではないかという意見もあり、世間はNEXT差別に傾いていく。

市長は、NEXTの感染症によるものと思われる“X”のさらなる増加に、一般市民の安全を守るため対応の決断を迫られる。そんな中、NEXTでもあるヒーローたちは、“ヒーローとして出来る事”を模索していく。

昴は突然のトーマスの告白に戸惑う。そんな中、NEXT市民に避難指示を出した避難施設にも“X”が出現し、市長が責められてしまう。 NEXTと非NEXTの分断が激しくなり、ヒーローたちはビル破壊事件の目撃者からの情報を元に“真犯人探し”を始める。

真犯人を突き止め、内通者の存在も明らかになる中、内通者の言った「ミッションA」という言葉からフガン・ムガンとの接点がある事が判明する。一方、街では凶悪事件が起こり始め、虎徹、バーナビーは“ある決断”をする。

ユーリの前にMr．レジェンドの亡霊が再び現れる。そんな中、虎徹とバーナビーは“ある決断”をした事により警察から厳重注意を受け、新たな契約を結ばされてしまう。二人はヒーローとしての思いを吐露するがユーリから“意外な話”を聞かされる。

NEXT市民の希望の星、リトルアウロラが“X”の原因究明のためにシュテルンビルトの地に降り立つ。一方、虎徹は朝早くにバーナビーの電話で起こされ、アニエスから急きょスタジオ収録の呼び出しがあったと連絡を受ける。

刑務所では手引きされた真犯人が次々と“X”を作り出していた。“X”と化した凶悪犯が街に大挙し、たいじする事になるヒーローたちだったが、警察からも取り囲まれてしまう。そんな中、バーナビーは“ある覚悟”を持って挑んでいた。

真犯人は、刑務所の奥で“ある男”を見つけ、彼に「ヒーローが結託して街の平和を乱している」と吹き込む。自分が正義の味方だと思い込んでいるその男はヒーローを成敗しようと動き始める。

ワイルドタイガーは、敵の陰謀を食い止めようと必死に身をていする。街にあふれる暴走“X”の存在に、二次被害も起こりはじめ、各地で人命救護が必要な状態になっていく。

ヒーローたちは、人々の助けを求める声に耳を傾け、市民を守るために満身そういで立ち向かう。そんな中、“X”が感染症ではなく、真犯人によって生み出されているものだと証明される。