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留学で日本にやってきているサルウィン時代の薫（寺脇康文）の教え子が、突然、会いたいと連絡してきた。右京（水谷豊）や美和子（鈴木砂羽）を同席させて近況を聞くと、軍事政権に戻ったサルウィンでは、母国の家族と連絡を取ることさえままならないという。ちなみに、薫の連絡先が分からなかったその教え子に、人探しアドバイスをしたのは、留学先の大学の研究室で助手を務め、プログラムやネットに詳しい光屋（木村了）という人物だった。 そんな中、都内の高級居酒屋で総理補佐官が刺殺される事件が発生。捜査に首を突っ込んだ右京は、被害者と親交が深かった現職の総理大臣・溝口（筒井道隆）から話を聞く。すると、被害者が国交大臣だった4年前、再開発事業を巡って逆恨みされていた可能性があることが分かる。同じ頃、美和子から聞き捨てならない情報が。週刊誌に匿名で「国民が仰天する総理の秘密をリークしたい」という電話があったというのだ。捜査一課が容疑者の行方を追ういっぽう、右京と薫は、薫の教え子から、ある相談を受けて…!? 政府要人は誰に、なぜ殺されたのか… 国民を驚かせる現職総理の秘密とは!? 点だった事件がやがて線へと繋がっていく！

「総理の秘密をリークする」と週刊誌に持ち掛けたとみられる大学研究室の助手・光屋 （木村了）が行方不明に。捜索に乗り出していた右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、差し押さえた光屋のパソコンを解析に回すが、総理に繋がるような情報は見当たらなかった。また、右京は“ある理由”から総理の溝口 （筒井道隆）と再び面会。様々な出来事が交錯する中、互いにけん制し合うが…!? その直後、右京のスマホに、光屋が拉致される場面を映した動画が届く。しかし、それはフェイク動画の可能性が高く、背後には何者かの意図が見え隠れしていた。いっぽう、捜査一課は総理補佐官殺害の容疑が掛かった男を確保。男は意外にも素直に犯行を認め、動機を語り出した。ただ、右京だけはその供述に違和感を覚え、薫と共に独自の捜査を続ける。 容疑者が語る動機に納得いかない右京 大学助手の行方不明とも繋がりが…!? 一連の事件には巨大な陰謀が隠されていた！

清水俊平（森永悠希）という男が自首してきた。しかし、取調べを始めると、なぜか黙秘。捜査一課は、“自首マニア”の類だろうと取り合わず、その後の処理を特命係に押し付ける。右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）が話を聞くと、清水は、「高い観察力と鋭い推理力を持っているかテストしたい」とうそぶき、職業を当てるよう促してきた。右京が即座に素性を言い当てると、清水はようやく事件のあらましを語り始めた。１年前、学校の屋上で同僚の教師を殺害し、遺体は薬品で溶かしたため、証拠が一切残らない“完全犯罪”を犯したという。病気で余命わずかの清水は、「生きているうちに罪をつぐないたい」という理由で自首してきたらしい。捜査に乗り出した右京と薫は、動機や証拠の積み重ねから立証を試みようとするが、被害者が遺したある手がかりについて問うと、清水は思わぬ新事実を口にする。