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故郷・空守村を出て、枸雅匡平は東京で平凡な大学生活を送っていた。 同じ学部の史場日々乃に告白をしようとするが、上手くいかずに酔いつぶれてしまう匡平。 その帰りに、二人はエレベーターで残虐な死体を発見してしまう・・・ 一方、ある事件を起こし村に幽閉されていた阿幾は、匡平が村から出た事を知り脱走していた。 そして、案山子という神の人形を操る匡平の妹・詩緒も、阿幾を追う為に上京してくる。

川岸には玖吼理（ククリ）という案山子の操縦訓練をする詩緒達の姿が。 同じ頃、大学の真・科学部部室で爆発事件を起こし、気を失ってしまう空張久羽子と部員。 爆発音に気付き、玖吼理を操縦して二人の救助作業をする詩緒。 久羽子は、案山子の事件を追う刑事・恭助の娘であった。

阿幾を拘束し村に帰る工作員。 しかし阿幾は再び逃走してしまう…。 日々乃に連れられ街に出掛けた詩緒は、玖吼理でまたひと騒動。 一方、逃げ出した阿幾は匡平と会っていた。 日々乃を引き合いに、匡平の気持ちを逆なでる阿幾。 そして、日向家の勾司朗もまた、阿幾を捕らえる為にやってきていた。

勾司朗と阿幾の戦闘に巻き込まれた久羽子は、案山子のことを聞き出そうと倒れている阿幾を自分の家に連れて帰る。 久羽子の部屋で阿幾と鉢合わせた匡平は、過去の出来事に触れられ、日々乃の前で怒りをあらわにする。 その場から姿を消した阿幾を追う途中、詩緒にそっくりな男の子が現れ…

街中で戦う玖吼理と武未禍槌（タケミカヅチ）。 激闘により、二体の案山子は大きな損傷を負ってしまう。 案山子は空守村でしか修理が出来ない為、玖吼理を連れ匡平達は村へ向かう。 一方、詩緒にそっくりな男の子・桐生も日向家に戻り、武未禍槌を壊した事をお館様に厳しく叱責されていた。

案山子を修理する器師（うつわし）・靄子の元には、玖吼理と同じく武未禍槌も修理に出されていた。 詩緒は枸雅家のお館様から、桐生が双子の弟だということを明かされる。 日向家で虐待を受けていた桐生は、勾司朗の元に相棒として引き取られていく。 弟・桐生と仲良くする為に、姉としてどうしたらいいのかを考える詩緒であった。

日々乃に空守村の過去を語り出す匡平…。 村へ赴任してきた女教師・千波野（ちはや）は、孤独な阿幾と親しくなる。 だが腹違いの兄弟・篤史が執拗に千波野に絡んでいた。 村の掟に逆らう者として孤立する千波野。 ある日、篤史が操る暗密刀（クラミツハ）の攻撃から千波野は命をかけて阿幾をかばう。 暗密刀はかつて阿幾が操っており、それを我が手に取り戻した瞬間、悲劇が…

初めての海を楽しみにペンションに出掛ける詩緒達。 しかし、あいにくの嵐でペンションは雨漏りしたり、建物が崩れたりで、結局、玖吼理を操って救助活動をする羽目に・・・。 ある日、図書館で日々乃は阿幾に遭遇する。 その現場を見つけた詩緒が、玖吼理を使って攻撃する。 「俺達の神様にできるのは破壊と殺戮だけ」と言う阿幾の言葉に、詩緒は神様の存在の意味を考える。

靄子が案山子のメンテナンスをしに東京にやって来た。 一方、久羽子は案山子を調べているうちに空守村へと辿り着き同居中の阿幾を問い質す。 匡平は詩緒と桐生のことを考え、勾司朗を通して仲直りを画策する。 詩緒と桐生が対面しうまくいくと思われたが・・・

詩緒と桐生の仲直りの場に、まひるが禍津妃（マガツヒ）を操り乱入してきた。 匡平と会うために村から出てきたまひるは、匡平以外を敵視し傍若無人に振舞う。 まひるとの関係を勾司朗から聞かれた匡平は、過去に阿幾、まひると3人で謎の案山子に遭遇した出来事を話す。

阿幾から日々乃が匡平の彼女だと聞かされ激昂するまひる。 何も知らない日々乃は、靄子との買い物途中、突然まひるにさらわれてしまう。 あわてる匡平たちの前にまひるが現れ、匡平に村へ一緒に帰るよう嘆願するが・・・。

久羽子は日々乃の誘拐に気づき、助けに来る。 しかし、その場にいた平城との過剰なやり取りで銃を撃ってしまい、そのまま現場から逃走する久羽子。 再び日々乃の前にまひるが現れる。

日々乃を助けようと、暴走する禍津妃（マガツヒ）に飛び移った匡平。 戦いの中、玖吼理が突然詩緒の命令を聞かなくなる。 今まで圧倒されていた禍津妃を玖吼理が追い込んでいく。