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ビッグウォーで破壊された世界･ガイアース。そこはコントロールを失った殺人マシン･ビーストが徘徊する無法の荒野になっていた。少年･イタルは、育ての親であるランディスの仇を倒そうと決意する。

地下から蘇った巨大なカンプドラケンを倒すため、メトロの町に立ち寄ったイタルたち。そこで彼らは、カンプドラケンがサクヤという不思議な少女を、目覚めの危機から守っていることを耳にする。

ビッグウォーで人類滅亡を画策したジェネラルが、巨大移動要塞･ジークフリートを擁して各都市に攻撃を開始した。ジェネラルに捕らえられたサクヤは、強制的に巨大要塞のパワーを増幅させるための道具にされていた。