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アジアの小国ウディヤーナの内戦に和平の気運をもたらした一枚の写真「フラッグ」 。 そのカメラマン白州冴子は、 国連から極秘の依頼を受ける。 戦地で再会した先輩カメラマン赤城圭一に資料を託した後、 白州は独り特殊部隊シーダックの基地へと向かった。

奪われたフラッグを極秘裏に奪還するための特殊部隊シーダックの基地で、 取材を始める白州。 しかし、 ハーヴィックを投入した初の作戦行動で、 隊長のクリスから同行を拒否されてしまう。 帰投した隊員たちを待ち構え、 彼らの姿をカメラに収めようとした白州が、 そこに見たものは……。

フラッグが秘匿されたと思われる地域周辺の情報を得るべく、 シーダック隊は偵察任務を計画する。 同行を申し出て再び断られそうになる白州を支持したのはオロウカンディだった。 白州は無人偵察機を積んだヘリに同乗し、 武装された遺跡へ向かったが…。

武装勢力の拠点が想像以上の防御を固めていると判明し、 シーダック隊はフラッグ奪還を新月の夜に決めた。 作戦の成否を握るハーヴィックの準備は時間との戦いになり、 白州は夜を徹してその様子を取材する。 同じ夜、 赤城は転生女神クフラの少女の姿を追っていた。

新月の夜、 シーダック隊はフラッグ奪還作戦を開始し、 武装勢力の拠点である遺跡へと向かった。 同行した白州は交戦の様子を間近で見る。 同じ頃、 国連軍の不穏な動きを察知したスバシの記者たちは、 独自の調査で市街への空爆計画をつかむ。 その攻撃地点を知った赤城は…。

フラッグ奪回のため、 ついに武装勢力の集結する遺跡へ突入した一柳のハーヴィック。 しかしICタグの信号を頼りに進んだ先には、 意外なものが待っていた。 部隊は停戦を阻む黒幕の存在を知る。 敵の反撃に遭い、 退路を断たれた一柳は、 捨て身の突破を試みる。

フラッグの行方はつかめず、 ハーヴィック1機を失ったシーダック隊は、 作戦の仕切り直しを余儀なくされた。 白州は隊員たちの想いを記録していく。 一方、 メタゾン寺院での戦闘を知った赤城は、 そこに国連が進める極秘作戦の糸口を見つけようとしていた。

哨戒飛行で草原の遊牧民と羊に接し、 久しぶりに緊張を解く白州。 同じ頃赤城は、 謎めいた国連軍の動きを調べ、 その核心に近づきつつあった。 そんな折、 フラッグ探索で手薄だったシーダック基地の警戒線を越え、 突如侵入した武装ヘリから降り立ったのは、 ロボット兵器だった…。

ロボット兵器の戦闘に巻き込まれて負傷した遊牧民を、 家族の元へ搬送することになったシーダック隊。 同行した白州は、 独り残って現地の伝統医療師を一日取材する。 診療を手伝いながら、 遊牧民たち素顔に触れた白州は、 一瞬の出会いと永遠の別れを突きつけられる。

ハーヴィックを失った作戦の責任追及に調査官が派遣され、 ニッカネンは収監されてしまう。 フラッグはラ・ポー寺院にある可能性が高まるが、 慎重論に傾く国連本部は動かずにいた。 クリス隊長は独断で寺院への潜入を計画し、 白州は隊員達から全行動の記録を託される。

ゲルト派武装兵の襲撃により、 スバシの国連本部は占拠され指揮機能を失ってしまった。 フラッグが奪われこともラ・ポーに暴露され、 内戦に突入しかねぬ危機的状況のなか、 シーダック隊は本部解放のために奇襲攻撃を開始する。 現場へ駆けつけた赤城は、 そこに白州の姿を認めるが…。

停戦の調印式を目前に控え、 遂にラ・ポー寺院への出撃命令がシーダックに下された。 ロンクーや戦闘ヘリの激しい攻撃に応戦しながら、 フラッグを追うハーヴィック。 戦場に辿り着いた赤城は、 目の前で砲撃と爆風に晒されながら、 必死に写真を取り続ける白州を目撃する…。

停戦の調印式から1週間後、 白州と赤城は再会した。 取材の記録を全て軍に没収されてしまった白州だったが、 クリス隊長の機転で、 記録と共にシーダック隊員たちのメッセージが届く。 自分の写真にひとつの到達点を見出した白州は、 それを胸に旅立とうとしていた…。