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新米教師が赴任したのは、なんと突撃小銃《アサルト・ライフル》が通う特殊な学園だった--!? ベルギー生まれでお人好しの《ふんこ》ことFNCと、勝ち気で姉御肌の《いちろく》ことM16A4、しっかり者のお嬢様の《しぐ》ことSG550に、ちょっぴり(？)虚弱な《える》ことL85A1??突撃小銃娘たちが繰り広げる学園ミリタリーコメディがここに開戦！！

遠方射撃の授業をサボったふんこたちは、補修免除を賭けてふんこの姉であるFAL L1A1《ふぁる》、いちろくの姉であるM14《いちよん》と校内バトルをすることに。 突撃小銃《アサルト・ライフル》のふんこたちは、射程距離に優れる自動小銃《バトル・ライフル》のふぁるたちに勝つことが出来るのか！？　 勝負の行方は――！？

立派な突撃小銃《アサルト・ライフル》を目指して日々奮闘するふんこたち。短機関銃《サブマシンガン》の初等部生徒たちと清掃ボランティアを行うことになったふんこたちだったが、突撃小銃《アサルト・ライフル》に負けず劣らず個性的な後輩面々に、先輩であるふんこたちもたじたじで……。

チーム対抗戦を行うことになったふんこたち突撃小銃《アサルト・ライフル》。チーム対抗戦は己の性能をアピールする絶好のチャンスだ。虚弱体質のえるとチームを組むことになったいちろくは、些細なことでえるを責め、仲間割れをしてしまう。２人を心配するふんこ。そんなふんこたちの前に不穏な影が現れた

チーム対抗戦当日――ふんこたちが訪れた戦いの場は、草木が鬱蒼と茂る熱帯雨林だった。しかし、そこにえるの姿はない。たった１人で戦うことになったいちろく。対戦相手のSteyr AUG A1《あぐ》とT91の《てい》は、いちろくやえると深い因縁を持つ銃だった。一方、ふんこといちはちの対戦相手は、先日いちろくに宣戦布告をした謎の転校生、SAKO Rk95《サコ》とGALIL AR《ガリル》だった。

えると共に、次の対戦相手であるサコとガリルに立ち向かういちろく。そんな中、監視塔でスパイを見つけたしぐがサコに銃撃される。チーム対抗戦に勝負をかけるサコの目的は「学園の支配」。目的のためならば手段を選ばないサコに、いちろくとえるはどう立ち向かっていくのか――！？

やってきましたお正月。雪のなか大はしゃぎのふんこ、しぐ、えるに対して、頑なにこたつから出ないいちろく。そんないちろくを焚きつけて雪合戦を始めるしぐ。たまたま通りかかった現国も巻き込まれ大盛り上がりとなるが、後日、生身の人間である現国だけが風邪を引いてしまう。現国のお見舞いへ行くことにしたふんこたちだったが――。

なんでもありの学園祭が翌日と迫り、大賑わいの青錆学園中等部。ふんこたちのクラスもメイド喫茶開店へ向けて準備を進めるが、勿論一筋縄ではいかない。軍資金を持ったいちろくはレアアイテムの誘惑に駆られ、当のふんこも他のクラスの模擬店で遊びほうける始末。果たしてふんこたち突撃小銃娘は、無事メイド喫茶を開くことが出来るのか！？

臨海学校にやってきたふんこたち御一行。輝く海を前に水着ではしゃぐも束の間、ふんこたちは伝説の『イカジョッキ』を求めて走り出すのだった。 ――一方、そんなふんこたちの様子を伺っていた人影が遂に行動を起こす。

臨海学校に訪れたふんこたちは、謎のキツネ面たちから思わぬ襲撃を受ける。現国の制止を振り切り、犯人を追ってホテルを飛び出すふんこたち。 そんな中、ピンチに直面したふんこたちを助けたのは、あの意外な人物だった……！ キツネ面の正体は誰なのか？ ふんこたち突撃小銃娘は、どうやってこの危機を乗り越えるのか――!?