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閑静な住宅街で起こった元暴力団員・畠山（池田成志）の殺人事件。事件の担当となった捜査一課七係の合田雄一郎警部補（上川隆也）は、生前の畠山の足取りを追うが、なかなか糸口が掴めずにいた。時を置かずして、法務省官僚である松井（矢島健一）が殺されるという事件が起こるが、その傷口は畠山の事件のものと酷似しており、事件は連続殺人へと発展したかに見えた。 だが警察上層部から「合同捜査はなし」という不可解な命令が下る。合田の大学時代の同期であり元妻の兄である東京地検検事加納（石黒賢）に事情を求めるが「上の命令に従え」と拒まれ、合田たちの捜査は困難を極めていく。 一方、「週刊潮流」の記者である根来（小西真奈美）は、建設会社社長の佐伯（佐野史郎）の贈賄容疑を取材していたが、編集長の滝沢（相島一之）から畠山の殺害事件を追いかけるよう命令を受ける。 そして、行き詰まる捜査の中で浮上した参考人の中には、畠山の前科事件の公判を担当した弁護士の林原（小日向文世）もいた…。

マークスを名乗って、林原（小日向文世）に電話をしていた水沢（高良健吾）は、出所後、恋人であり看護師の真知子（戸田菜穂）の家で同棲生活を送っていた。水沢はマークスと名乗って根来（小西真奈美）にも接触を試みるなど、犯罪者としての一面を色濃くしていく。 一方、上司の小杉（嶋田久作）から松井殺害事件の情報提供の進言を却下された加納（石黒賢）は、密かに合田（上川隆也）に松井の葬儀の式次第を渡す。そして合田は松井の事件を担当している十係の須崎（小木茂光）にもその情報を伝える。 山梨県警では、南アルプス山麓で発見された白骨死体事件を追いかけていた佐野（大杉漣）の元に、遺留品である腕時計の持ち主が判明したとの報告が入る。持ち主は、佐野が20年前に北岳で起きた母子心中未遂事件の目撃者として事情聴取を行っていた岩田（石橋蓮司）のものだった…。

「星霜山岳会」を調べていた十係の須崎（小木茂光）が何者かに刺された。根来（小西真奈美）から、須崎は刺される前に佐伯（佐野史郎）に事情聴取を行っていたと聞かされ動揺する合田（上川隆也）。その夜、警察の面子にかけても佐伯に任意同行をかけるという合田に対し、あくまで特捜部の贈賄事件の容疑で佐伯を立件したいという加納（石黒賢）は激しく衝突する。 捜査本部では、森（袴田吉彦）が山小屋から見つけてきた過去の登山記録から、殺害された松井（矢島健一）と林原（小日向文世）、佐伯（佐野史郎）たちが頻繁に山に登っていたことを掴む。徐々に明らかになる20年前の関係に色めきだつ捜査本部。そんな中で、水沢（高良健吾）からの脅迫に業を煮やした林原は、ある行動に出る…。

林原（小日向文世）たち５人の名前の頭文字を取ってMARKS（マークス）。そしてマークスと名乗る人物は、彼らの過去の秘密を握り、それをネタに五人を脅迫していた…。ようやく事件の全貌を掴み始めた合田（上川隆也）の元に、看護師の真知子（戸田菜穂）が撃たれて重体との知らせが入る。 一方、真知子への急襲に居合わせた水沢（高良健吾）は、そのまま行方をくらましてしまう。 同じ頃、加納（石黒賢）も検察内部の不正を暴くべく、上司の小杉（嶋田久作）に対して、小杉自身が暁成大ネットワークに加担していることをほのめかし、ゆさぶりをかけ始める。 そして、独自取材によって真実に辿り着こうと奮闘する根来（小西真奈美）の元には、驚くべき人物からの連絡が入ったのだった…。