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離島医療の現状を描くドラマの続編。志木那島診療所の看護師・彩佳（柴咲コウ）は、理学療法士学校の下見という口実で、東京の総合病院へ検診を受けにいく。帰路、フェリーで村長（坂本長利）が乗客とのいざこざで意識不明の重体に。彩佳は動揺するが、無線で医師・コトー（吉岡秀隆）の指示を受け処置を試みる。

彩佳（柴咲コウ）の病気を知ったコトー（吉岡秀隆）は、島で彩佳の病気を治そうと決意し、東京の病院から彩佳の資料を取り寄せた。コトーに治療方法を説明された彩佳には、島を出るか残るかで迷いが生じる。そんな中、新しい看護師・ミナ（蒼井優）が往診に行った直後、島民・左千夫（石橋蓮司）の家から火の手が上がる。

島で健康診断を行うことになった。採血の際、島民はミナ（蒼井優）の技術を疑問視し、コトー（吉岡秀隆）の方ばかりに並ぶ。そんな中、ひな（尾崎千瑛）だけはミナに採血をしてもらう。だが翌朝、ひなの腕にあざができ、口からは出血が。ひなの母・小百合（神野三鈴）は採血が悪かったことを理由に、ミナを責める。

島の豊漁祭が近づく。2年前の祭りの際、不注意で妻・昌代（朝加真由美）の病気に気付けなかった正一（小林薫）は落ち込む。重雄（泉谷しげる）は慰めようとするが、悲観的な正一にいら立ちケンカに。二人は、昌代の回復の見込みを聞くためコトー（吉岡秀隆）の元へ。一方、多額の借金を抱えた原（時任三郎）は悩んでいた。

夏休みを利用して、再会を果たした剛利（時任三郎）と剛洋（富岡涼）。剛利は剛洋にツライ現状を隠していたが、茉莉子（大塚寧々）が剛利の職場に所在を問い合わせたことで、多額の借金が発覚してしまう。重雄（泉谷しげる）をはじめ、かつての漁師仲間が剛利を助けようとするが、海を捨てた負い目のある剛利は意地になり、仲間に暴言を吐く。また、剛洋も進学校の授業についていけず苦悩。が、必死に働く父親を前に悩みを打ち明けることはできなかった。

原（時任三郎）は働くために本土へ戻った。剛洋（富岡涼）は、学費のことで父に苦労をかけていると知り、学校をやめて島に戻りたいとコトー（吉岡秀隆）に語る。一方、島では、家族が負担できない学費を島で補う奨学金制度を設けようという動きが。そんな中、剛洋の友人・邦夫（春山幹介）が命の危険を伴う腸閉塞で倒れる。

体調不良を訴えるゆかり（桜井幸子）に悪性腫瘍が見つかった。コトー（吉岡秀隆）はゆかりと、夫の坂野（大森南朋）を呼び、そのことを伝える。島の設備は限られていたが、ゆかりはコトーに手術の執刀を依頼。後日、コトーらは入念に準備をして手術に臨む。だが、コトーは開腹部を見て、手を止めてしまう。

原（時任三郎）は、剛洋（富岡涼）が東京で彩佳（柴咲コウ）に会ったと聞いた。彩佳の病気のことを知った原は、コトー（吉岡秀隆）に相談。だが、コトーは彩佳の気持ちを考えて、星野（小林薫）には黙っていてほしいと伝える。そんな中、コトーの力強い励ましの言葉を胸に、ゆかり（桜井幸子）は抗がん剤治療を開始する。

ミナ（蒼井優）の夫・知明（忍成修吾）が島を訪れた。その夜、茉莉子（大塚寧々）は体中あざだらけのミナを発見。ミナを診察したコトー（吉岡秀隆）は、知明にやられたと推測。コトーが聞くと、ミナは今まで何度も暴力を受けていたことを告白する。だが翌日、コトーは知明に「ミナには妄想癖（もうそうへき）がある」と告げられる。

正一（小林薫）は、コトー（吉岡秀隆）が彩佳（柴咲コウ）の病気を隠していたことに激怒した。後日、正一は彩佳を訪問。が、彩佳は正一を見ているとやるせなくなり、「放っておいて」と冷たく突き放す。一方、コトーは原（時任三郎）に、彩佳を東京に行かせたことと、正一に事実を隠していたことをずっと後悔していたと告げる。

彩佳（柴咲コウ）の手術が目前に迫っていた。コトー（吉岡秀隆）は彩佳の主治医・鳴海（堺雅人）から「会わせたい人がいる」と東京に呼び出される。そして手術当日、島民たちが心配する中、正一（小林薫）は昌代（朝加真由美）を連れて彩佳の元へ駆け付ける。