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己の「将」としての力を高めるため、修行の旅に出ていた宗朗が柳生道場へ戻ると、道場は幸村の手によってメイド喫茶へと改修されていた。道場のメイド喫茶化に納得いかない宗朗は全力で阻止しようとするが…。

突如現れたダークサムライを名乗る四人組は、何者なのか？ そして、十兵衛は、なぜマスターサムライになれなくなったのか？ そんな話しをしながら風呂に入っていた幸村たちが風呂から出ると、なぜか幸村の下着だけ盗まれていた！ 宗朗が下着を盗んだのではないかと想像し、嬉しそうに余裕の態度を示す幸村を横に、それを信じられない千姫は、宗朗の身辺調査を始める。そんな千姫の努力も空しく、またしても幸村の下着が盗まれてしまう。犬並みの嗅覚を持つ又兵衛が下着の匂いを辿っていくとそこには、下着を握り締めた宗朗と猿？とおぼしき生物が…。

道場に新たに佐助が加わったことで、自分が道場を追い出されてしまうのではないかと危惧した兼続は、佐助を道場から追い出すため“ナンバーワンメイド決定戦”を企画。決定戦でビリになった者を道場から追い出すと宣言するのであった。だが、兼続の予想に反し、佐助は売り上げ一位をひた走り、兼続はドジの連続でビリを独走してしまう。より一層の危機を感じた兼続は、道場に残るためあの手、この手の作戦を実行に移し…。そんな中、幸村と千の話を盗み聞きしてしまった兼続は、自分のドジが原因で道場を手放さざるを得ない可能性があることを知ってしまう。責任を感じた兼続は、道場から去ろうとするが…。

順調な営業を続けるメイド喫茶“真陰（トゥルーシャドウ）”であったが、幸村はさらに売り上げを伸ばすため、メイドの増員を決める。しかし、そこに雇ってほしいと現れたのは…、先の戦いで消滅したはずの義仙であった!? 突然の義仙の来訪に驚きを隠せない宗朗たちが義仙の真意を問いただすと、義仙は宗朗と十兵衛を四剣鬼（ダークサムライ）たちの手に渡したくないのだと語る。そして、剣鬼に勝つための情報として、剣姫（マスターサムライ）以上の強力な力を手に入れることができる“剣妃（サムライブライド）”の存在を宗朗たちに伝えるのであった。しかし、剣妃になるための条件は、義仙も分からないのだという…。

順調な営業を続けるメイド喫茶“真陰（トゥルーシャドウ）”であったが、幸村はさらに売り上げを伸ばすため、メイドの増員を決める。しかし、そこに雇ってほしいと現れたのは…、先の戦いで消滅したはずの義仙であった!? 突然の義仙の来訪に驚きを隠せない宗朗たちが義仙の真意を問いただすと、義仙は宗朗と十兵衛を四剣鬼（ダークサムライ）たちの手に渡したくないのだと語る。そして、剣鬼に勝つための情報として、剣姫（マスターサムライ）以上の強力な力を手に入れることができる“剣妃（サムライブライド）”の存在を宗朗たちに伝えるのであった。しかし、剣妃になるための条件は、義仙も分からないのだという…。

『M-1グランプリ』に優勝したことで道場の借金を完済することに成功した宗朗たちは、四剣鬼との対決の準備を万全にするためにメイド喫茶を閉店。『M-1グランプリ』の映像から、四剣鬼の強さの理由が“氣”だと気がつくと、自分たちも“氣”を操るべく行動を開始する。だが、“氣”のなんたるかを知らない宗朗たちは、宗朗がかつて修行の旅で噂に聞いた氣の達人・前田慶次に稽古をつけてもらおうと、彼女の元へ又兵衛を送り出すのであった。そして、又兵衛が戻るまでの時間も惜しいと“氣”の修行を開始する。しかし、メイド喫茶の閉店に一人納得のいかない兼続は、修行に励む宗朗たちに“氣”修行だと称して様々な嫌がらせを仕掛け…。

剣姫から元の姿に戻れなくなってしまった十兵衛。慶次が言うには、元の姿に戻るためには氣の操り方を完全にマスターするほかに方法がない。慶次の直々の指導で、着実に氣の修行をこなしていく十兵衛たちだが…。

“剣妃（サムライブライド）”の情報を入手するため、徳川の別荘を訪れていた幸村と又兵衛は、その帰り道、通り魔に襲われて身動きが取れなくなってしまったが、気づくと通り魔の姿は無くなっていた。

通り魔の正体は、四剣鬼の一人、胤舜なのでは？ と疑い始める宗朗たち。だが、胤舜が犯人では無いと信じる十兵衛は、道場から走り去ってしまう。一方、半蔵と又兵衛は今度こそ剣姫となるべくキスの特訓に励むが…。

急遽、慶彦の下へと呼び出される宗朗たち。さっそく、鎮護石について教えるよう詰め寄る千姫に、慶彦は語る。鎮護石とは氣の流れを安定させるための強い霊力を持った石であること。だが、先の十兵衛と義仙との戦いで鎮護石を守っていた結界が破損してしまい、怨霊たちが復活してしまったのだと。さらに、結界の修復が終わるのが宗朗たちと四剣鬼との対決の翌日であり、大日本を救うためには、宗朗たちが四剣鬼に勝利し、結界修復の時間を稼ぐ必要があるのだと言う。そのための交換条件として剣妃（サムライブライド）の資料を手に入れた宗朗たちであったが、幸村が発見した剣妃の条件とは!?

剣妃（サムライブライド）を生み出すにはリスクが大きすぎると考え、剣妃をあきらめようとする幸村たち。だが、宗朗は試しもせずにあきらめるべきではないと主張する。そして、剣妃を生み出すために皆の氣を集める宗朗がそれに耐えられるのかを試すことに。しかし、十兵衛たちが宗朗に氣を注ぎ込むと、宗朗は苦しみ出し、ついには倒れてしまう。宗朗の体は、胤舜から受けた封印によって、皆の氣に耐えるどころか、命を落としかねない状態にまでなっていたのだ。一方、小次郎と又右衛門は、とうとう鎮護石の在り処を嗅ぎつけてしまう。二人は、さっそく鎮護石の破壊を試みるのだが…。

突如姿を現した怨霊“大剣鬼”は、鎮護石の結界を破壊しようと江戸城へと向かう。大剣鬼を止めるべく、宗朗と十兵衛は大剣鬼の体内に飛び込んで行くが…。大剣鬼の体内を突き進む宗朗と十兵衛の前に現れたモノとは!?