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警視庁捜査３課に配属された武田秋穂（榮倉奈々）の出勤初日、渋谷の宝石店で強盗事件が発生。もともと捜査１課志望の秋穂は気がはやるが、「強盗は１課の縄張り」と猪野勝也係長（山本龍二）から釘を刺される。しかし、秋穂がこっそり職場を抜け出し事件現場へと向かうと、野次馬の中に眼光鋭い１人の男がいることに気づく。その男こそ、秋穂の上司となる萩尾秀一（高橋克実）だった。萩尾は、捜査３課一筋のベテラン刑事。秋穂は萩尾の相棒となり、盗犯刑事としてのイロハを教え込まれることになる。後日、六本木の宝石店で金庫破りが発生。金庫破りは捜査３課の事案だ。萩尾と秋穂が現場に急行すると、暗証番号と最新式の指紋認証により護られていたはずの金庫が破られていた。現場を見た萩尾は、その手口を見て何か感じた様子。被害に遭った宝石は“クライダー家の三姉妹”と呼ばれる３粒のダイヤ“アニー”“ベス”“キャサリン”のうちのひとつ“ベス”だった。そして、前日に起こった渋谷の強盗事件で盗まれたのが“アニー”だったことが判明。同一犯による犯行ではないかという見方が出るが、萩尾は「強盗と金庫破りじゃ手口が違う」と渋い顔をする。さらに、この２つの事件が起こったのは「偶然じゃない、むしろ必然だと思う」と呟く。秋穂たちはその真意を問うが、「確証がない」とはぐらかされてしまう。そのとき鑑識の小渕貴大（柳下大）から、六本木の事件現場の指紋認証センサーに特殊な物質が付着していたと聞いた萩尾は、ある男に会いに行く…。

“クライダー家の三姉妹”と呼ばれる由緒ある３つのダイヤが立て続けに盗まれ、そのうちの１件で殺人事件も発生。連続強盗殺人事件として捜査１課を中心に捜査本部が立ち上がり、３課からも萩尾（高橋克実）と秋穂（榮倉奈々）が参加する。最初に起きた渋谷の宝石店の強盗事件は店長が殴打され、金庫が開けられるまで２分足らずの犯行で、被害総額は２億円。その１２時間後に、今度は六本木の宝石店で最新式の指紋認証装置の金庫を破る鮮やかな手口で窃盗事件が起きた。そして第３の事件では赤坂の宝石店で金庫が開けられ、宝飾品が盗まれただけでなく、店員まで殺されていた。萩尾は、３つの事件には“クライダー家の三姉妹”を盗む、という流れがあるが、最後の赤坂の事件だけは死体と金庫が浮いている、と発言し、捜査１課の刑事・菅井直隆（設楽統）と対立。そんな萩尾を、秋穂はハラハラと見守るばかりだ。しかし、田端守雄捜査１課長（角野卓造）に一任され、萩尾と秋穂は“金庫破りのテツ”こと迫田鉄男（近藤正臣）の周辺を洗うことにする。萩尾と秋穂は迫田が昔、町工場を経営していたときの従業員・本多稔（宮川一朗太）に話を聞きに行くと…。

とある町で、１週間で同じ手口の窃盗事件が２０件以上発生。最新式のピンシリンダー錠の家も被害に遭っている事件で、犯人は犯行後、全てのものをきちんと元の状態に戻し鍵も掛けて出て行くため、住人は泥棒に入られたことに気づくのが遅れるという。捜査３課ではこの窃盗事件の捜査本部を立ち上げ、捜査を開始。萩尾（高橋克実）は容疑者を前科のある金ヶ谷雅人（忍成修吾）に絞り、秋穂（榮倉奈々）や所轄の刑事らと調べ始める。すると、捜査１課が捜査している殺人事件のあった家に辿りつく。その事件はレストランオーナー・樋口守（ヨシダ朝）が自宅のワインセラーの中で殺害されていたというものだった。しかも自宅の鍵もワインセラーの鍵も施錠されており、二重の密室状態だったという。殺人事件の捜査本部を立ち上げた田端捜査１課長（角野卓造）は、年代物のワインセラーの特殊な鍵に着目。この鍵を開けられる犯人像について萩尾に尋ねると、萩尾は、殺人事件の起きた家に金ヶ谷も侵入した可能性があるが、人殺しはしていないだろうと推測する。田端がその根拠を聞くと、萩尾は密室が余計だと言い切った。金ヶ谷は、窃盗だけでなく殺人もしたのか？それとも別の犯人が存在するのか！？後日、萩尾と秋穂は金ヶ谷に関係のある女性・真田喜代（草村礼子）を訪ね…。

１週間の間に事務所荒らしが頻発。現場検証によると、換気扇のダクトなど、人間が通れるかどうかギリギリのスペースから屋内へ侵入したようで、その経路には何かが這って移動した痕跡と、微かなファンデーションが付着していた。その手口を見た萩尾（高橋克実）は、３年前に飲食店ばかり１００件以上も荒らし、捜査本部が立ち上がった途端になりを潜めた女泥棒を思い出す。相当な美人だと噂が立ったその泥棒は、狭い場所を移動して侵入する手口から「黒蛇」という二つ名で呼ばれていた。手がかりを求め、３年前の事件から辿り始めた萩尾と秋穂（榮倉奈々）。２人は当時被害に遭った飲食店を調べている中で秋穂のある言葉をきっかけに、グルメライター・工藤鏡子（青山倫子）を知る。グルメサイトの関係者によると、鏡子は３年前に男の子を持つバツイチのオーナーシェフ・工藤翔太（津田寛治）と結婚しており、今は専業主婦とのことだった。鏡子に関していくつか気になった萩尾は、秋穂と共に彼女の張り込みを開始。捜査を進めていくと、夫の連れ子の優馬（渡辺哲史）と鏡子の仲が上手くいかず、それがきっかけで夫婦仲もよくないことがわかり…。

ある日、銀行強盗が発生。その後、散り散りに逃走した犯人の１人が人質を取って民家に立てこもった。しかも、犯人は拳銃を所持している。それからすぐ、事件現場の近くに捜査指揮車が配備されると、捜査１課長の田端（角野卓造）をはじめ、特殊部隊のSATとSITも召集される。たまたま緊急速報のテレビ中継を見ていた萩尾（高橋克実）は、犯人が立てこもる民家の２階部分に注目していた。捜査３課に戻った萩尾は、捜査支援センターの弓田英子（飯沼千恵子）に協力してもらい、立てこもり事件現場の映像を確認する。そして、あることに確証を得た萩尾は、捜査１課に連絡を取る。ほどなく、田端から連絡が入り、萩尾は秋穂（榮倉奈々）と共に現場へ赴く。強盗犯は民家の住人・倉田和彦（遠山俊也）を人質にしている様子。交渉を行うと、その電話のやり取りから、萩尾は電話口で話しているのは空き巣専門の泥棒・安原圭太（滝藤賢一）だと確信する。そこで捜査本部は安原を犯人と断定しようとするが、萩尾は“安原は空き巣専門で、強盗はしない”と言い切る。それでは一体、立てこもり事件の発生した家で、安原は何をしているのか？銀行の強盗犯は一体誰なのか！？事件解決への方針の違いにより、捜査１課とSAT、SITそれぞれのプライドがぶつかり合う中、萩尾が安原との交渉に臨む…。

銀行強盗犯・庄司雅志（阿部亮平）が逃走中に民家に立てこもった。しかも、人質にとったのは家人ではなく、たまたま空き巣に入っていた窃盗犯・安原（滝藤賢一）だった。萩尾（高橋克実）が、交渉の電話のやり取りでそのことを見抜くと、捜査本部に驚きが広がる。さらに、屋根裏にはこの家に住む倉田（遠山俊也）の娘・清水晴菜（熊田聖亜）が隠れていた。両親が離婚し、離れて暮らす父親を驚かそうと、父親の留守中に屋根裏へ隠れていたところ、事件と遭遇してしまったのだ。しかも、晴菜には持病があり、一刻も早く救出する必要があった…。子供の命に関わると知り、気が気ではない秋穂（榮倉奈々）。一方の萩尾は強盗犯に悟られないよう、交渉用の電話で安原と会話を続け、中の様子を窺う。そんな中、安原を通じて強盗犯は逃走用の車を要求してくる。そんなとき、萩尾は「プロの空き巣は狙った家へ入る前、綿密な下調べをする」と言う。安原なら、なにか侵入ルートを知っているかもしれないと、萩尾がまた電話をかけると、世間話を装いあることを聞き出す。そして、安原の言葉を理解した萩尾は、ある人物を探すために、秋穂を鍵福（泉谷しげる）の下へと走らせ…。

民政党の次期総裁候補といわれる河合賢治幹事長（小木茂光）の個人事務所で窃盗事件が発生。萩尾（高橋克実）と秋穂（榮倉奈々）は現場に急行し、現場検証に立ち会う。金庫は破られていたが、秘書や事務員によると中には権利書や証券のたぐいしかなく、現金としての被害は、引き出しにあった３０万円が盗まれただけだという。また、なぜか現場には、飲み終わった缶ビールが１つ残されていた。ほどなく、萩尾たちが本格的に捜査を始めようとしたとき、捜査３課に東京地検特捜部の藤堂隆之（戸次重幸）が現れる。藤堂によると、２億円もの闇献金が河合の事務所に運ばれたという情報を得た特捜部が家宅捜査に入ろうとした矢先に、この窃盗事件が起こったという。しかし、事件現場には２億円など影も形もなかった。真相が葬られようとしていることを悔しがる藤堂に、萩尾と秋穂は捜査の進捗状況を報告すると約束する。そして、窃盗の手口や状況証拠から、容疑者を篠原道夫（三又又三）に絞る。ところが、篠原は窃盗の手口は自分のものだが、河合幹事長の個人事務所に関してはやっていないと言い張る。そんなとき、秋穂が、事件現場のあることに気づく…。

捜査３課と入国管理局の合同摘発が行われることになった。入管の目的は不法滞在の外国人労働者の摘発で、捜査３課の目的は、その外国人労働者を仕切る大久保英輔（橋本じゅん）の逮捕だ。大久保は盗難車を仕入れて解体し、闇ルートで海外へ売りさばいていた。ほどなく、萩尾（高橋克実）と秋穂（榮倉奈々）は逃げる大久保を追い詰め、確保する。もう１人の逃げる男（菊田大輔）に対して秋穂は拳銃を向け制止を促すが、男は無視して車道に飛び出し車にはねられてしまう。男は病院に搬送され、ICUに運び込まれるが危篤状態に。男に付き添う秋穂は、せめて家族に知らせたいと思うが、身元がわかるものは何もなかった。自分のせいで人が死ぬ…秋穂は病院から動けず自分を責め、秋穂を心配する萩尾の声も耳に入らない。一方、萩尾は闇ルートと危篤状態の男の身元を大久保に吐かせようとするが、そこで大久保は１つ条件を出す。男の身元を警察が調べることができれば、闇ルートをしゃべってもいいと言うのだ。「誰も信用しない」と暗い目をする大久保の様子を見た萩尾は、その取り引きに乗ってやると言い放つ。

ある日、同じような手口の窃盗事件が連続して３件発生した。被害に遭った部屋は素人による犯行を思わせる荒れようだったが、破られた金庫は鍵穴にはキズひとつなく、金庫破りの玄人による犯行だった。捜査３課は、素人と玄人が混じった窃盗団の仕業、と見当をつけるが、萩尾（高橋克実）は、その錠前破りの手口から鍵福（泉谷しげる）の仕事とにらむ。萩尾と秋穂（榮倉奈々）に問い詰められた鍵福は自分の仕事ではないと笑い飛ばすと、自分は病気であと１年の命だと２人に告げた。後日、また同様の事件が発生。窃盗団は盗みに入った先で警備員を殴打して逃走したが、被害現場の防犯カメラには、鍵福の姿が映っていた。捜査１課の菅井（設楽統）と苅田浩（松田悟志）が萩尾を呼び出すと、今回の事件は強盗に当たるので１課の事案だと主張する。しかし、萩尾は引退して自由気ままに暮らしていた鍵福が、１番嫌いな強盗をしてまで仕事を再開したのにはなにか訳があるはずだという。３課に捜査を続けさせてくれと菅井に頼み込むと、菅井は１週間だけ待つと萩尾に約束する。捜査を再開した萩尾と秋穂は、鍵福の行方とその周辺の情報を集めていた。そんなとき、鍵福から秋穂に連絡が…。

萩尾（高橋克実）と秋穂（榮倉奈々）は、車上荒らしに財布と仕事の資料を盗まれた男性・内丸博之（小市慢太郎）に遭遇する。財布の中には、それがなければ会社が立ち行かなくなるような、業務上の大事なデータを記録したメモリーカードが入っていたという。萩尾はその手口から、“気配りの泰司”と呼ばれる柳田泰司（井戸田潤）が犯人だと見当をつけると、ほどなく柳田を確保した。柳田は犯行を認めるが、財布は電車の中で女子高生にスられたと言い出す。警視庁へと戻った萩尾と秋穂は、スリ捜査を専門にする７係のベテラン刑事・槙原和重（菅原大吉）から、最近ある路線でスリ事件が多発しているという情報を聞いた。槙原はその手口からすると、常習犯とはまた違った犯人で、グループによる犯行ではないかという。と、そのとき、捜査資料を見ていた萩尾が、スリが発生したときに同時に痴漢騒ぎが起きていたことに注目。なにか引っかかる萩尾は秋穂を伴い、痴漢被害を訴えた瀬戸純（橋本楓）という女子高生を訪ねる。秋穂が被害届について確認すると、どうして今頃そんなことを聞くのか？と、同席した楓の友人が立ちはだかった。その友人とは、車上荒らしの被害に遭った内丸の娘・美晴（早見あかり）で…。

萩尾（高橋克実）の妻・ゆりこ（中嶋朋子）が入院先の病院から消えた。萩尾と秋穂（榮倉奈々）は病院内を探し回ると、「転院する」と言って看護婦が連れ出したという証言があった。２人が外へ出て探し続けると、ゆりこが乗せられていたストレッチャーが捨てられていて、そこにはコインが残されていた。コインを見た萩尾は、ゆりこを連れ出した看護婦が国際手配中の大泥棒“ファントムシャドウ”であるとにらむ。高額の報酬でアジア全域の国宝級の美術品を盗むファントムシャドウは、顔や体を整形し指紋さえも移植し、戸籍売買で実在の人物に成りすまし、仕事が終われば跡形もなく消え去るという。国籍も性別さえもわからないことから、その捜査筋では“百面相”、“ファントムシャドウ”と呼ばれていた。ゆりこは本当に、ファントムシャドウによって連れ去られてしまったのか？だとすると、なぜファントムシャドウはゆりこを狙ったのか？そんな中、頭を抱える萩尾に１本の電話が入る。それは過去に萩尾が逮捕した窃盗犯・川端良助（宇梶剛士）からの電話だった…。