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警視庁捜査一課の元刑事、織部透（通称：トカゲ）（松田翔太）は、超人的な映像記憶能力と身体能力で数々の難事件を解決してきた少々変わり者の男。2年前に警視庁を退職した後は、東京都・吉祥寺にある「ヤナギ探偵事務所」で調査員として働いている。ある日、トカゲに警視庁の刑事部長・岸森（遠藤憲一）から潜入捜査の依頼が舞い込む。検挙率が下がる一方の警視庁捜査一課は、その低下に歯止めをかけるべく、史上類をみない実験的密命を試みる決断を下したのだ。その密命とは…捜査に民間の捜査員を導入し、潜入探偵として活用する、というもの。そしてその第一号がトカゲに命じられたのだ。「ヤナギ探偵事務所」の所長・柳田（伊東四朗）は、トカゲの相棒として新米の香里（蓮佛美沙子）を任命。ところが、トカゲは全く興味を示さず、一人で任務を遂行しようとする。そんなトカゲの態度を香里は気にも留めず、ぐいぐい彼との距離を縮めていこうとするのだが…。一方、警視庁では匿名の通報により子どもの臓器が取引されるという情報を得た寺島（松岡昌宏）が、その取引を捜査しようと意気込んでいた。ところが、岸森から「現場には探偵を派遣する」と聞かされ、表情が険しくなる。かつての同僚だったトカゲが関った過去の事件にわだかまりを持つ寺島は、今も彼に異常なライバル心を抱いているのだった。そんな中、トカゲは臓器売買の取引現場に潜入する為、厚生労働大臣の秘書になりすまし、取引が行われる予定の大型フェリーに乗り込む。北海道・苫小牧港を出向し、東京へと向う船の中で取引が行われるというのだが…。

ある夜、撲殺された男性の遺体が公園で発見される。その男の名は、一之瀬克也（小西雄）。教材販売員をしていて、遺体が発見された公園と隣接する学校は、彼の出身母校である栄翔学園だった。しかも一之瀬には、教材を売るために栄翔学園に裏金を渡した疑惑があるという。この学校に狙いを定めた岸森（遠藤憲一）は、「ヤナギ探偵事務所」を訪れトカゲ（松田翔太）に栄翔学園への潜入捜査を依頼する。英語教師を装って学校に潜入し、贈収賄と殺人の全容を解明する。それが今回のトカゲの使命だ。学校に潜入したトカゲは、職員たちの着ている洋服や装飾品を細かくチェックし、三雲校長（岩松了）と二宮（笠原秀幸）の羽振りがよく、贈賄の可能性があるのはこの二人だと目星をつける。さらに教壇に立ったトカゲは、四条（西山潤）がクラスメイトからイジメにあっている現場を目撃する。その首謀者は志田花音（吉田里琴）。しかし、学校側は「学校内にイジメはない」と、その事実を隠そうとする。そんな中、四条が倒れて保健室に運ばれた。イジメのストレスによる過呼吸が原因だと校医の雨宮（西田尚美）は言う。そして雨宮は学校側がイジメを認めない理由をトカゲに話し始める…。さらにこの学校では10年前に屋上から生徒が落ちて亡くなるという事故が起きたことを知る。そのため、一之瀬の死は過去からの復讐では、とも囁かれているのだった。一方、警視庁では寺島（松岡昌宏）と洋子（ミムラ）が、一之瀬が勤務していた会社を訪れ、隠し帳簿について問い詰めていた。なかなか進まない潜入捜査に痺れを切らした寺島と洋子は、トカゲに内緒で二宮に揺さぶりをかけることに。しかし、トカゲはそれを見逃さなかった。動揺した二宮は、三雲の元を訪れた。屋根裏からその様子を覗いていたトカゲは、校長室にものものしい金庫が置かれていることに気付く。そして3つの数字をあぶりだしたトカゲは、その数字で完成する6桁の暗証番号を探すよう、助手の香里（蓮佛美沙子）に命令する。

ある日、トカゲ（松田翔太）に仕事が舞い込んだ。しかし今回の依頼は潜入ではなく、警視庁上層部への点数稼ぎをしたい岸森（遠藤憲一）から命じられた、人気上昇中モデルのボディガードだった。そのモデルとは、世界的ジュエリーブランドのイメージモデルに抜擢され、一週間後にはファッションイベント「東京ランウェイ」に出演するモデル・永田美月（大政絢）。執拗なストーカー行為に悩んでいた彼女を無事に「東京ランウェイ」のステージに立たせる為、トカゲはロンドンで活躍する売れっ子スタイリスト・サトルシマザキに扮し、警護することに。美月の撮影現場に潜入したトカゲは、美月が先輩モデルの波瑠（垣内彩未）にクレームをつける様子に出くわす。そこへシマザキのアシスタントに扮した香里（蓮佛美沙子）が現れた。トカゲが何を言おうとめげない香里は、今回も一人で張り切っている様子だ。一日の撮影が終わり、すっかり美月に気に入られたトカゲは、モデル事務所のマネージャー、鈴木玲奈（伊藤かずえ）からプライベートもなるべく美月と一緒にいて欲しいと依頼される。快諾したトカゲは、徐々に美月との距離を縮めていく。一方警視庁では、資産家・竹山（増山浩一）の殺人事件が起こり犯人逮捕に躍起になっていた。今回捜査を任されたのは、寺島（松岡昌宏）。ところがトカゲの代打と知った寺島は、それが面白くなく、早期決着を目指して苛立つ。そんな中、捜査聞き込み中の洋子（ミムラ）は香里と遭遇し、殺された資産家・竹山とトカゲがボディガードをしているモデル事務所に関係があることを知る。そして香里は、洋子から竹山殺しの容疑者として美月が挙がっていることを知る。ある夜、美月が何者かに襲われた。間一髪、トカゲに助けられた美月は、誰にも打ち明けられなかったある秘密を吐露。トカゲは、あることに気付くのだが…。

ある日、不正医療の告発記事を書いた医療ジャーナリスト・川野（梶浦政善）が遺体で発見された。彼の足元に注射器を見つけた寺島（松岡昌宏）ら捜査一課は、自殺に見せかけた殺人ではないかと疑う。そして川野が書いた医療ミスを隠蔽したと見られる医者に目をつける。医療ミス隠蔽のために川野を殺害したのではないかと警察が疑うのは、“ドクターパーフェクト”と呼ばれる天才外科医師・浜崎（北村有起哉）。神経質で無愛想。人付き合いは悪いが、天才的な記憶力を持ち、オペ成功率１００％を誇る天才外科医だ。今回、トカゲ（松田翔太）は浜崎が勤める駒場病院に研修医・榊として潜入し、彼の身元を探ることに。すっかり浜崎に気に入られたトカゲだが、なかなか医療ミスの証拠がみつからない。そんな中、トカゲは香里（蓮佛美沙子）に女性患者・美沙（市川由衣）に接近するよう命じる。そして三ヶ月前まで浜崎の助手を務めていた今は亡き1人の女の存在を知り…。

振り込め詐欺グループの一員が次々と殺される事件が発生。詐欺の被害に遭った老人・徳次郎（品川徹）の調査を担当した寺島（松岡昌宏）と洋子（ミムラ）は、徳次郎が金を渡した知世（小出ミカ）が詐欺グループの中で、お金を受け取る“受け子”と呼ばれる一員であったことを知る。しかし知世もまた遺体で発見されていたのだった。　ある日、寺島は殺された“受け子”の共通点が、六本木のホストクラブにある事を突き止める。岸森（遠藤憲一）は、警視庁の緊急課題である振り込め詐欺対策が前進する、と寺島を褒めるが、潜入捜査は別の人間に依頼すると言う。一方、「ヤナギ探偵事務所」では、柳田（伊東四朗）がトカゲ（松田翔太）に次の潜入先を伝えていた。今回トカゲが潜入するのは、六本木のホストクラブ「トップスターズ」。健吾と言う名で振り込め詐欺グループに潜り込み、首謀者を突き止めるのが使命だ。店の面接を受けたトカゲは、店長の須藤（市川猿之助）から「君には興味がある」と言葉をかけられる。どうやらトカゲの素質を見込んだ様だ。トカゲは、客として潜入してきた香里（蓮佛美沙子）から指名を受け、ナンバー１ホスト・星矢（徳山秀典）と共に香里のテーブルに着く。そんな中、星矢の客の梨奈（岡本杏理）が店にやって来た。そして梨奈が名門女子高の生徒で、学校の職員名簿やPTA名簿などを星矢に渡していることを知る。数日後、トカゲは星矢に連れられてとあるビルを訪れていた。その場所こそが、振り込め詐欺グループが集まる場所だった。さらにその中には、電話をかける梨奈の姿が…。ホストクラブに張り込んでいた寺島は、かつての相棒だった須藤がホストクラブの店長をしている事実を知り、驚く。寺島にとって須藤は“命の恩人”とも言える存在。いったい須藤に何があったというのか？

名門小学校への合格者を多数出している私立幼稚園に娘を通わせる母親が、毒入りのコーヒーを飲んで死亡する事件が発生した。被害者の工藤綾香（木下智恵）は、セレブ志向のお受験グループに属していたが、警察の捜査でママ友とのトラブルを抱えていた事が判明。そこで、トカゲ（松田翔太）が臨時教諭として幼稚園に潜入捜査することに。　一方、トカゲが関わった２年前の事件を追う寺島（松岡昌宏）は、岸森（遠藤憲一）から“クモ”の捜査に集中してほしいと命じられる。“クモ”とは、裏社会から権力者まで、あらゆる情報網を持つ男だが、その実態は謎に包まれている。幼稚園に潜り込んだトカゲは、綾香が属していたお受験グループのリーダー・雅美（小島聖）や、雅美に苛められながらも娘を塾に通わせる沙耶（奥菜恵）に接近。ある日、夫婦揃って雅美のホームパーティーに招かれたトカゲは、香里（蓮佛美沙子）を妻として紹介し、ママ友グループに潜入する。さらに、香里の協力を得て雅美の部屋を捜索し、綾香が小学校受験の入試問題売買に関与していた証拠をつかむのだが…。

ボクシングジムのトレーナー・小森（島津健太郎）が転落死した。小森は世界フェザー級チャンピオンの窪塚（石田卓也）と二人三脚で歩んできた彼の専属トレーナーで、絶大な信頼を得ていた。ところが、ジムの会長である益子（六平直政）とは時折意見の食い違いがあったことが、記者に扮した香里（蓮佛美沙子）の捜査で判明する。さらに、小森の死因に他殺の疑いを持った岸森（遠藤憲一）は、潜入捜査をトカゲ（松田翔太）に依頼する。ボクシングジムに臨時トレーナーとして潜入したトカゲは、二週間後に控えた世界戦に向けて窪塚とトレーニングを開始する。益子と共に練習に励む中、ジムに警察がやって来た。窪塚の練習パートナーである斉藤（太賀）が傷害事件を起こしたと言うのだが…。一方、茂手木（豊原功補）の死の真相を調べる寺島（松岡昌宏）は、クモと呼ばれる人物の実態に迫るため、ある人物を追っていた。そんな中、トカゲと寺島が遭遇。二人が追いかけていたそれぞれの人物が繋がっていたのだ。しかもその二人が向かった先には、二人がよく知る人物の姿が…。

トカゲ（松田翔太）と寺島（松岡昌宏）は、二年前、捜査の途中で何者かに海に沈められ命を落とした茂手木（豊原功補）の事件を捜査し直す中で、クモと呼ばれる人物が黒幕と睨み、それぞれがその正体を探ることに奔走していた。ある日、クモとの接触を計る寺島は、待ち合わせの場所に向かう。ところが、そこにはトカゲの姿が…。クモとの接触に失敗した寺島は、情報屋の篠崎（田中哲司）にクモの正体は誰か？と問い詰めるが、はぐらかされてしまう。そんな中、株式トレーダーが殺害される事件が発生。遺体が発見されたホテルは、著名人や政財界要人の利用が多く、ホテル側は利用客のプライバシー厳守を理由に警察の捜査にも非協力的だ。そこでトカゲに、ホテルマンとしてこのホテルに潜入し、殺人事件の真相を解明する任務が与えられる。支配人・関口（大和田獏）の元で、ＶＩＰフロアの対応を任されることになったトカゲは、関口から「お客様のプライバシー保護には特別な配慮が必要」と教えられる。そんな中、ホテルの清掃係として潜入した香里（蓮佛美沙子）が、このホテルに山根（吹越満）が極秘で滞在していることを知る。

クモに繋がる重要人物・小田桐元総理（小倉馨）が殺された。その容疑者・寺島（松岡昌宏）は指名手配されるが、行方は不明。警察内部では、クモに警察の捜査情報を流していたスパイも寺島と決定付けられ、山根（吹越満）は寺島の身柄確保に必死だ。しかし洋子（ミムラ）は、誰かが罪をなすりつけようとしているのかもしれないと独自で捜査を始める。一方、トカゲ（松田翔太）は岸森（遠藤憲一）から警視庁に呼びつけられる。岸森は「寺島に関する捜査報告書」を提出するよう依頼し、トカゲに警視庁への復帰を促す。そんな中、新たな殺人事件が発生する。殺されたのは警備会社の専務で、数日後に数億円の現金輸送を担当していた人物だ。輸送ルートを盗まれたことから、背後にクモの存在を感じた岸森は、トカゲに現金輸送車の運転手を依頼する。それは、まさしく命を賭けた任務だ。二年前の事件に決着をつけるため、トカゲは柳田（伊東四朗）と香里（蓮佛美沙子）の協力を得て、巨大な敵へと向かっていく。

現金輸送車を襲った犯人を追っていたトカゲ（松田翔太）と寺島（松岡昌宏）は、情報屋の篠崎（田中哲司）がクモだと知り驚愕。篠崎は、黒澤（鈴之助）を使って、茂手木（豊原功補）の息子・蒼太（君野夢真）を監視しているとトカゲを脅し、抵抗する隙を与えない。そんな篠崎の作戦通り、蒼太を守りたいトカゲと寺島は、銃を捨て丸腰に。あっという間に捕らえられてしまう。さらに、篠崎はトカゲになぜ防弾チョッキや銃を持っていたのかを問い詰める。もし答えなければ、二人を２年前の茂手木とトカゲにしたように海に沈めた後、さらに蒼太にも危害を加えるという。絶体絶命のトカゲは、篠崎にある取引を持ちかける。一方、クモとつながる警察内部のスパイを探っていた岸森（遠藤憲一）は、娘の愛梨（青山美郷）をクモの仲間に誘拐されてしまう。そして手段を選ばない篠崎の手は、ついに蒼太に及び…。