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世界連覇を成し遂げたタカオは今、「ベイブレード教室」の先生として少年たちと共にバトルを楽しんでいた。その時、自分を日本一と言い、タカオに突然勝負を挑んできた少年がいた。

大地に続いてタカオへ挑戦状を突き付ける疾風のジン。だが大地も勝負を諦めず、3人のバトルロイヤルへ。止めようとレイも割って入り、収拾がつかないところへマックスがニュースを持って来た！

朝も早くから大地の「勝負！」に追い回されるタカオ。キョウジュの誘いでプールに行くが、ここでも大地のおかげで一騒ぎに。

カイの前に姿を見せるジン。挑発とも取れるその行動の意図は…？ 一方、キョウジュもブレーダーとして参加すべくベイの開発に余念がない。

いよいよ始まった予選大会。Aブロックにはタカオとキョウジュ。Bブロックにはカイと大地がエントリーしていた。状況を見守る大転寺会長とジン。予想通りタカオは順調に勝ち上がっていく。

タカオの勝利に沸くAブロックへ姿を現す疾風のジン。そして「ベイはブレーダーの気持ち次第で強くも弱くもなる」と言い残し、去って行く。

世界戦に向けて各地でも試合が進む中、アメリカ地区予選もいよいよ決勝を迎えていた。Aブロックはマックスvsエミリー。そしてBブロックはマイケルvsリック。

日本代表となったタカオたちは、新チームBBAレボリューションとして大会に向けて合宿に入った。だが、何とカイが代表を辞退したことが監督のヒトシから告げられる。

大会会場のあるアメリカについたタカオたち。飛行機の苦手な大地も足が地に付いてようやく一安心だ。しかし、油断した所で何とタカオも大地もベイを盗まれてしまった！

ついに始まった世界大会。集まった精鋭の6チームが一同に揃う。だが、タカオの視線はロシアのネオボーグに移籍したカイに釘付けだった。

カイの件と敗戦のショックでタカオは荒れていた。しかしその原因が自分にあると認められず大地とケンカ別れをして外に飛び出してしまう。

ユーロチームを破り代表となったバルテズソルダ。そこには不明瞭な点も多い。が、練習場へ入った取材からは爽やかな一面が見えるのみだった。

対ネオボーグ戦から外され、怒るタカオ。困惑するキョウジュ。だがヒトシは決定を翻さなかった。再び控え室を飛び出したタカオは、そこで1人の老人と出会う。

気迫を込めてユーリのウルボーグに向かって行くキョウジュのアインシュタイン。予想外の反撃に焦れるユーリ。後ろにはカイがいる。無様な真似は見せられないのだ。

毎夜毎練習に励むライ。しかし度を越えた練習は体調を悪化させていく。そんな時、バイフーズは散歩に出た先でベイを使ったジャグラーの曲芸に出会う。

新ベイ、ドラシエル・グラビティを手に次の試合に臨むマックス。対戦相手は強敵ネオボーグだ。バルテズソルダ戦以来、悪役扱いのPPBオールスターズ。

バルテズソルダに破れ、ユーロ地区代表の座を奪われたラルフ。彼はバルテズの卑劣な手段をタカオたちに伝えた。だがタカオはそれを訴えず、真っ向勝負を決める。

バルテズの作戦に従わなかったミハエルは次の対ネオボーグ戦から外されてしまった。だが、彼はタカオとの戦いで掴み取った思いをメンバーたちに伝える。

未だに連携の取れないPPBオールスターズ。リックはマックスの戦い方を認められず、とうとう1人出て行ってしまった。

カイやレイ、マックスの熱い戦いに触発されて次の試合に闘志を燃やすタカオ。しかしそこには罠が潜んでいた。試合前日の練習で大地と絶妙な連携を見せるタカオ。

チャンピオンという称号に縛られ、その重圧で思うように戦えないタカオ。そんな中でテレビ局の密着取材が始まる。

決勝戦進出への最後の戦いが始まろうとしていた。既に進出が決定しているネオボーグを除けば何と5チームが横並びしているだけにどのチームも負けられない。

カイとレイ。タカオと戦うには互いに譲れない試合が始まる。ユーリとライの先鋒対決はユーリが勝利し、追い詰められるバイフーズ。レイは修行を省みてライたちの思いと共に戦うことを心に決めた。

タカオとマックスの勝負が近づいていた。意気上がるタカオ。だが、大地は何やら機嫌が悪い。皆がタカオに注目しているからというだけではないようだが…。

タカオvsマックス。仲間でありライバルでもある2人の対決が遂に始まる。攻撃型のドラグーンと防御型のドラシエルはその性格ゆえに戦い方はシンプルだ。

決勝戦会場の日本へと戻ったタカオたち。しかし勝ち残った3チームで試合をどう組むかが決まらず、選手たちはしばしの休息を取ることに。

BBAレボリューションvsＦサングレの火蓋が遂に切って落とされた。先手はBBA。ドラグーンGTのパワー、そしてタカオと大地の連携がＦサングレの意表を突く！

Ｆサングレとの戦いに勝利を収めたBBAは次なる試合に向けて意気も上がっていた。が、対するネオボーグは全くの無傷。

激しい戦いの末、力尽き果てた大地とユーリに大転寺会長は正式に引き分けの裁定を下し、第2試合の勝負で優勝を決すると発表する。

ドラグーンとドランザー。タカオとカイの想いを乗せたベイのぶつかり合いは何とスタジアムさえも破壊する。倒れ伏す2人。ここで大転寺会長はこれ以上の危険を憂慮し、両者優勝にしようとする。

世界大会に優勝したタカオたち。しかし雑誌などで取り上げられるのはタカオばかりで大地は面白くない。このままパートナーで終わるつもりのない大地は書置きをすると修行の旅に出た！

ある朝、その事件は突然ニュースで知らされた。何と大転寺会長が辞職し、BBAは新たにプロリーグを立ち上げるための組織へと生まれ変わるというのだ。

かつてロシア代表としてボーグ軍団を率いて聖獣兵器による世界征服を目論んだ男、ヴォルコフ。BBAを乗っ取りBEGAを立ち上げたのはこの男だった。

中国は白虎族の村。そこでは不思議な現象が起きていた。マオやライ、キキ、ガオウたちの前にふわりと姿を現し、そして消えた少年。鳥のように空を舞う彼は？

果たしてBEGAに参加するべきか否か、ヴォルコフを信じていいのか悩むタカオ。それは以前のヴォルコフを知る者に共通する悩みでもあった。

BEGAのブレーダーの１人であるガーランドとユーリの戦いはヴォルコフの周到な手配により瞬時に世間に広まり、公開試合となってしまった。

BEGAに挑戦を突き付けたタカオに対しヴォルコフは5対5のチーム戦で決着を付けようと申し出た。タカオは当然受けて立つ構えだが、カイが敵に回った今、メンバーは4人しかいない。

ヴォルコフがBEGAの秘密兵器と呼ぶ少年、ブルックリン。ヒトシは彼のコーチに付くことに。タカオたちはベイを極限まで酷使したために、キョウジュによる新たなベイの開発を待つ状態だった。

BEGAのID登録作戦によりパーツを入手できないタカオたちは、新ベイの開発に行き詰っていた。そこへ現れる世界大会で戦ったライバルたち。

あまりの扱い難さに新ベイをまともに回すこともままならないタカオたち。一方、ヴォルコフは情報をうまく操作してマスコミにアピールすることでタカオたちを悪役に仕立て挙げる。

まだ完全ではないが、ヘヴィメタルシステムの扱いを習得しつつあるタカオたち。だが今度の対BEGA戦の登録選手は5名でメンバーが足りていない。

激しくブルックリンに仕掛けるカイ。しかしブルックリンはそれをことごとく避け、カイを追い詰めていく。持って生まれた天性の才能はカイのこれまでの努力を容易く上回り、奮戦空しく倒れるカイ。

いよいよ始まった「ジャスティス5」。ミンミンのアイドル然とした所が気に食わない大地は始めから全力で攻め立てる！ が何とミンミンはそれを真っ向から受け止めた。驚くタカオたち。

ジャスティス5第2試合はレイvsモーゼス。妹モニカの手術が行われるのと同じ日に試合とあってモーゼスのテンションは最高に高まっている。

2連敗で後がなくなったGレボリューションズ。次はマックスの番だが防御を主体とするマックスに対し変幻自在の攻撃を持つミステルが有利というのが概ねの予想だ。

BEGAとの勝負は5戦中で既に2敗1引き分けとなり、後がなくなったタカオたちGレボリューションズ。タカオは河原でレイやマックス、大地を相手に特訓を続けていた。

遂に始まる第4試合。余裕のブルックリンはガーランドに試合を任せて、自分は一休みという状態だ。しかし決意の表情で現れたタカオは、改めて第4試合の選手を呼び出す。

生まれ持った才能ゆえに努力することなく全てにおいて頂点を極めるブルックリン。彼の力とはまさにブラックホールのようなものだった。だが、カイは己の全てを掛けて神をも超える領域に挑戦する。

BEGA最後の戦士ガーランド。スポーツの世界をことごとく制覇する彼らの一族、ツェットバルト家には勝つための家訓がある。家の名誉のため戦うというガーランド。

波乱を呼んだジャスティス5は2勝2敗の1引き分けという互角に終わり、決着の第6試合を行うことに。BEGAはブルックリンを選手に選び、再び戦わせようとするが…。

長い戦いに遂に終止符が打たれるその日がやってきた。BBAレボリューションからはタカオが、BEGAからはブルックリンがスタジアムに立った。

天才ゆえに孤独だったブルックリンは真正面からぶつかってくるタカオに対して拒絶反応を見せ、それは強烈な攻撃となってタカオに襲い掛かり、その余波は観客たちにさえ及んでいた。