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新選抜総選挙の途中経過の速報があり、研究生の一人が9位で発表された。 異例の研究生選抜入りの可能性に騒然となるファンとメンバーたち。 その頃、智恵理は何故か暗い表情で、仕事にも気合が入らない様子。 凪沙もまた、自分たちに順位がつけられてしまうことと、 それを競い合うことに後ろ向きな気持ちを抱いていた。 そんな中、握手会が開催され、その会場で智恵理が見たものは・・・！？

メンバーたちがそれぞれの想いと戦う中、いよいよ新選抜総選挙が開催された。 速報にはなかったメンバーの10位入りに沸く観客たち。 その声援に応えるべく明るく前向きな決意表明を見せるメンバー。 そして次々と順位が発表されてゆくバックステージでは、 父親に作られた自分の人気は嘘であると訴える智恵理が、 AKB0048を辞める決意をしていた。

新選抜総選挙の後、選抜入りしたメンバーたちが撮影、収録、取材と 多忙の日々を送る中、その差に気落ちする非選抜メンバーたち。 しかし、次の強襲ライブが決定し、 凪沙たち77期研究生にある重要な任務が与えられる。 それは、強制労働のために移送される少年たちの中に紛れ込み、 DGTO軍が造った軍事要塞・ベガスターの機密事項に迫ることだった。

異例の選抜入りをしたメンバーの襲名予想でファンたちのみならず、 ゼロゼロのメンバーたちの話題が盛り上がる中、 センターノヴァ宣言をしたゆうこは14代目前田敦子を予感させる 凪沙と智恵理の輝きを見極めようと躍起になっていた。 その頃、深秋葉原地下の洞窟では襲名キララたちがざわめき、 新しく襲名するメンバーの姿を映しだして・・・。

研究生の一人が新しい襲名メンバーになることが確定し、 襲名披露公演が決定した。 アキバスターの地下神殿で襲名の準備を進めてゆく研究生。 彼女が誰を襲名するのかの話題でファンやメンバーたちが盛り上がる中、 実際に『襲名』を目の当たりにするのが初めてとなる研究生メンバーたちの間には 期待と不安が入り混じっていた。 そして同じ研究生としてともに頑張ってきたメンバー達も嬉しさとともに 取り残される寂しさを抱えていて・・・。

8代目篠田麻里子となった美森に触発され、襲名メンバーも研究生たちも輝きを増していた。 「センターノヴァが生まれるときって、他のメンバーもみんなキラキラしてるもんねぇ」。 まるでセンターノヴァを肯定するかのようなみぃちゃんの言葉に、ツバサは違和感を覚える。 一方、優子はセンターノヴァを目指し、鬼気迫るほどの練習で自分を高めていた。 そんな優子にみぃちゃんは、ポジション・ゼロに立つ勇気はあるかと問いかける。

DES軍による秋葉星急襲の知らせは、遠く藍花星にも届いていた。心配する護。 時を同じくして、凪沙の父は芸能とはまったく関係のない部署に移動を命じられていた。辞令を出したのはゾディアック本社。はたしてその狙いとは……？ 一方、智恵理の父の元には、センターノヴァとして目覚めた9代目大島優子の報告が届いていた。 それを冷たい表情で聞きながら、彼は娘の可能性に思いをはせるのだった。

みぃちゃんの活躍によって、DES軍の追跡をかろうじてかわしたフライングゲットだったが、システムが大きく破損し、身動きが取れない状態に陥っていた。 不時着した惑星で、修復作業に入るツバサ。 凪沙たち研究生は周辺の偵察を行うことになった。 大切な人たちと引き離され、大切な場所を奪われ、それでも前に進もうとするメンバーたち。 そこへ、突然怪しい影が現れて！？

父親と対決することを決意した智恵理は、凪沙と一緒に射手座星へと向かっていた。 智恵理の生まれた星、智恵理の育った家……。 凪沙が初めて見るその風景は、綺麗だがどこか殺風景だった。 智恵理はこの場所で、寂しい少女時代を過ごしたのだという。 一方、フランイグゲットでは、ゾディアックの本拠地に乗り込んだ凪沙と智恵理を心配し、WOTAたちと協力して救出作戦を進めようとしていた。