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3年後、アメリカ海軍は艦隊を再建し、海軍作戦部長となったスラッタリーが率いる。チャンドラーは士官学校で教鞭をとる。メイランを司令官とするメイポート海軍補給基地での艦隊お披露目の最中、基地と艦船のあらゆるコンピューターシステムがハッキングされて無能化され、周辺国を併合して大コロンビア復活を目指す指導者グスタボ主導による空襲が行われて、カーラ・グリーン艦長のネイサン・ジェームズを除く全艦船が破壊される。一方で秘密作戦を行うサーシャ、ウルフ、ダニー、アジマのデルタ・チームはパナマで大統領暗殺犯に仕立て上げられ、米海軍への攻撃はその報復だとされる。

パナマを大コロンビアに併合したグスタボはメキシコの併合を謀る。スラッタリーはネイサン・ジェームズに乗船し、燃料と弾薬が不足する中で敵艦と戦う。アメリカ軍の衛星もウイルスに感染して墜落する。メイポート基地ではチャンドラーがウイルス攻撃を予想していた学生のクレイトン・スウェインを少尉に登用し対策を検討させる。チャンドラーと他の軍幹部は防衛方針をめぐって対立する。デルタ・チームはパナマ軍から逃げてゲリラに加わり、グスタボ軍の北上阻止のために橋の爆破を目指す。

グスタボ軍はコスタリカを併合し、次はニカラグア、メキシコ、キューバを狙う。チャンドラーはネイサン・ジェームズに乗艦し、反目しあうメキシコとキューバの代表を招いて共同戦線に合意させ、ユカタン海峡を封鎖する。デルタ・チームは橋を爆破する。チャンドラーはメキシコおよびキューバと同盟したことを世界中に発信する。大統領はチャンドラーの専行を苦々しく思いながらも追認する。

ネイサン・ジェームズはキューバおよびメキシコと共同して、ユカタン海峡を封鎖しグスタボ軍の艦隊の北上を阻止しようとするが、キューバに裏切られて損傷する。デルタチームが帰国するための飛行機に向かう途中でウルフが負傷する。入構カードを用いてメイポート基地にウイルスを持ち込んだのは、グランダーソンの同性の恋人ケルシーであることが判明し、グランダーソンは刺される。

3か月後、戦線は北回帰線で膠着する。グランダーソンは死に、ウルフは治癒し、コンピューターウイルスは除去されている。大統領の反対を無視して、チャンドラーはダニー、ウルフ、ミラー、バークらを率いてジャマイカに行き、グスタボの戦争計画の立案者のモンタノを誘拐しようとする。チームは地下室に追い込まれ、チャンドラーは娘とのけんかを、ダニーは妻子とのひと時を、ミラーは出会った女性のことを思い出す。モンタノは死ぬが、キューバでグスタボに対抗するレジスタンスの情報を残し、チームはアメリカに帰還する。

アメリカ軍はキューバのレジスタンスを援助する計画を立て、ネイサン・ジェームズの援護のもとで飛行機から海兵隊とデルタチームが供与武器とともに降下する。作戦中に飛行機が撃墜されてチャンドラーは緊急脱出し、レジスタンスの指導者に会う。降下部隊はコースをそれて着地した武器を回収するためにハバナの街中に入り銃撃戦になるが、チャンドラーとレジスタンスに救われて武器は無事届けられる。グスタボは疑心暗鬼になって粛清を激化させる。グランダーソンを殺して逃亡するケルシーの位置をスウェインが突き止める。

キューバでアメリカ軍とレジスタンスの連合チームはグスタボ軍と戦うが膠着状態となる。ネイサン・ジェームズの援護のもとでチームは敵のキャンプに潜入する。戦闘でミラーは両足を失うが、チームはキャンプを制圧して指揮官のサラザールを捕える。チャンドラーとサーシャは、キャンプ内でメイポート基地内の司令部の模擬施設を発見する。ケルシーは他の工作員とともにメイポート基地に潜入する。

グスタボの部下たちはメイポート基地内の司令部を占領し、メイラン、スラッタリー、そして大統領を確保する。司令部からの生中継で大統領を脅迫してアメリカの陰謀を認めさせ、チャンドラーの投降を求める。チャンドラーは投降を装いボートで敵小型艦に接近し魚雷で破壊する。基地内に潜んでいたジーターとスウェインはグスタボの部下を襲って大統領ら人質を解放するが、メイランは死ぬ。

チャンドラー、スラッタリーが乗り込んだネイサン・ジェームズは、僚艦ミッチェナーを伴ってコロンビアのグスタボの本拠地を突く上陸作戦を実行する。スウェインの工夫で、敵艦のレーダーをかいくぐる。バークは戦死する。グスタボは妻のカード占いによって作戦を決め、これを嫌った右腕のヘクターと配下の将軍たちは反乱を企てるが露見して殺される。

アメリカ軍はコロンビア上陸作戦を成功させて上陸チームがグスタボの家に近づく中、ネイサン・ジェームズは敵戦艦の攻撃を受けて大破する。キューバのレジスタンスの助けでチームはグスタボを倒すが、ウルフは重傷を負う。カーラ艦長がネイサン・ジェームズの放棄を命じる中、チャンドラーは一人残って敵戦艦に衝突させる。戦艦とジェームズは轟沈する。死んだ多くの仲間たちの夢を見た後、チャンドラーは救助される。