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高校３年の春を目前にした主人公・草薙結衣は、ある日、自宅である神社の蔵の中から 彼女を呼ぶ声を聞く。導かれるまま蔵に足を踏み入れ、光を放つ剣を見つけた結衣。 剣にふれた瞬間、強い衝撃と共に結衣は意識を失い――目覚めた先は、 神々により創られた「箱庭」だった！

箱庭に召喚された結衣は、アポロンと名乗る青年に導かれた先で「箱庭」が閉ざされた場所だと知る。驚き、呆然とする結衣。 そんな中、箱庭の創造主であるゼウスが現れる。 ゼウスは、アポロンを始め各神話の神々に人の心を教えるため、彼らと共に学園生活を送るよう 結衣に命じた――！

ゼウスの命令により始まった学園生活。 命令に従わず、教室に姿を見せない神々の登校を促すため、結衣は臨海学校を提案する。 臨海学校当日、アポロンや月人、バルドルの協力の下、ハデス、尊、ロキも集まった。 海に着き、盛り上がる一同。いざ泳ごうと神々が水着に着替えると――！？

人間の心を理解するため、神々は部活動を行うことに。 皆が様々な部活を選ぶ中、冥府の神・ハデスだけが参加しない。 人との交わりを避けるハデスに結衣は悩む。 ある夜、ハデスと一緒に天体観測に行くことになったが、突然の雨に降られてしまう。 自分のせいで不幸になると離れるハデスを、結衣は追いかけるが――！？

神々は皆、部活動を始めたが、日本神話の海の神・尊だけが頑なに部活を拒んでいた。 結衣は心配し、説得しようとするが上手くいかない。そんな中、結衣は剣の稽古をする 尊を見かける。居合を長く続けている結衣との共通点から、 尊は「剣の勝負で結衣が勝ったら部活に入る」と言い出して――！？

秋のある日、お月見を計画した神々と結衣。準備を引き受けた日本神話の月の神・月人は、 お月見の当日、無理がたたって倒れてしまう。心配する尊の言葉も聞かず起き上がろうとする 月人に、トトは「今のままでは卒業できない」と告げる。自分に何が足りないのかと困惑する月人。 そこにロキが現れ、足りないのは『愛』だと言うと――！？

季節は突然、秋から冬へ。クリスマスマーケットをして神話の国ごとに屋台を出そうと決まり、 イベントに盛り上がる神々だが、北欧神話の光の神・バルドルは結衣と違う屋台になってしまい 沈んでいた。離れてしまった代わりに、毎日夕食を一緒に食べることを結衣に約束させたバルドル。 しかし幼馴染であるロキはそれを快く思わず――！

クリスマスマーケットの最中、結衣を前に対峙したバルドルとロキ。 困惑し、心配する結衣に、ロキは、バルドルにこれ以上近づかないように告げる。 このままだと、ふたりとも傷ついてしまうと。驚いた結衣がロキに尋ねようとした矢先、 ロキが自分の邪魔をしていると憤ったバルドルが神の力を使ってしまい――！？

学園が始まって半年が過ぎた。トトは中間テストの実施を宣言し、ショックを受ける結衣。 しかし一緒に勉強会をして頑張ろうと、半年の間に絆を深めた神々は前向きだ。 そんな中、アポロンは居眠りをしたり沈み込んだり、いつもと様子が違っていた。 心配する神々と結衣。その心配が当たったように、結衣は不思議な夢をみて――。

中間テストでの健闘が認められ、ゼウスから褒美が与えられた。それは『演劇』。 明日全校生徒の前で演劇を披露するよう命じるトトに皆驚くが、アポロンは 皆でやれば出来ると明るい。題目はシンデレラに決まり、結衣は神々の推薦でシンデレラ役に。 シンデレラと結ばれるのは、一体だれに――！？

演劇祭が終わり、突然倒れてしまったバルドル。心配したアポロンと結衣はお見舞いに行こうと するが、その途中、バルドルと同じ北欧神話の神であるロキとトールの会話を聞いてしまう。 「バルドルは——俺がこの手で殺す」決意をこめたロキの言葉に動揺するアポロンと結衣。 ついにロキはバルドルに秘められた事実を明かす——！

世界のため海に身を投げたバルドル。沈んでいくバルドルをロキは追うが、 その瞬間、まばゆい光の柱が立ち上った。辺りは不気味な暗さに覆われる。 ――ついに破壊の神と化してしまったバルドル。しかし、まだ僅かに自我は 残っていた。バルドルを助ける気持ちから、本来の力を取り戻していく神々。 そして結衣は、草薙の剣を手に駈け出した――！！