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ジャンクショップ「平凡」でアルバイトをしながら、日々平穏に暮らしていた主人公・蒼葉。店長の羽賀から速達指定の荷物を頼まれ配達先に向かった。しかし、指定された場所には何も無い。その時！ 蒼葉は光に包まれ、目の前には不思議な空間が広がっている。蓮のオンラインモードによって、電脳オンラインゲーム「ライム」に巻き込まれてしまった事に気付く。ウサギの面を被った相手から一方的にライムを挑まれ、ログアウトを行うもログアウトができない！その時、蒼葉は・・・

防戦一方の戦いの中、一時は力尽きたと思われた蒼葉だったが、正体不明の力により窮地を脱し、気が付くと『平凡』の前で倒れていた。その日の夜、蒼葉は紅雀から、他人を強制的にライムへ参加させる『辻斬り』の噂を聞く。翌日、羽賀から配達物が悪戯だった事を告げられる。まるで自分を狙ったかのようなその悪戯を不審に思いながら店番をしていると、蒼葉のことを『マスター』と呼ぶ、謎の人物が現れ……。

不可思議な言動を残して去っていったクリアと名乗る人物に、戸惑いながらも店番へ戻った蒼葉。『平凡』での仕事を終えて帰宅すると、ピアスだらけの男が何故か我が物顔で座っていた。男は蒼葉に『ライム』での再戦を要求する。どこからともなく現れた紅雀とクリアを交え、一触即発の状況になるが、祖母であるタエの喝により事態は収束した。その翌日、一本の連絡が蒼葉に入る……。

タエの無事を確認し、安堵する蒼葉。 しかし安心したのも束の間、今度は紅雀から連絡が入り、ミズキがいなくなったと告げられる。 急いで紅雀の元へ向かうと、そこには書き換えられたタグと血痕だけが残されていた。 行方不明となったミズキを気にかけながら帰路へつく蒼葉達の元に、再びノイズが現れ、紅雀と闘いを始める。 喧騒を聞きつけた惡島から逃げ出し、蒼葉はその場を後にするが……。

謎の襲撃によって意識を失った蒼葉は、見知らぬ場所で目を覚ます。居なくなったタエの行方を問う蒼葉に、謎の大男はある交換条件を突きつける。連絡の取れなくなった蒼葉を心配して駆けつけた紅雀やクリアだけではなくノイズも巻き込み、一同は北地区にある鶏泉（けいせん）へ向かう事になり……。

タエとミズキを助け出した蒼葉達は、僅かな休息の後、タエから一連の事件についての詳細を伝えられた。絡みつく東江コンツェルンの思惑に怒りを露わにした一同は『プラチナ・ジェイル』へ乗り込もうとしたが、タエの進言により一時解散となる。そしてその夜、蒼葉はタエから衝撃の真実を聞かされ……。

プラチナ・ジェイルの内部へ入った蒼葉が見たのは、旧住民区とは明らかに違う煌びやかな街並みだった。情報を集めようとした矢先、紅雀が何かを追うようにして駆け出した。辿りついた先のクラブで瞬く光を目にし、意識を失う蒼葉。次に見たのは、青い着物姿の男だった……。

他人の頭の中へ入り込む能力『スクラップ』により、紅雀を過去の呪縛から解き放った蒼葉は、その日の深夜、グリッターでノイズと出会った。相変わらず無愛想な態度を取るノイズに、蒼葉は自身が記憶を失っていたことを告げる。その時、二人に怪しい影が忍び寄り……。

迫り来る追手を撃退したかに見えた蒼葉とノイズだったが、報復に現れた敵に囲まれてしまう。間一髪の状況の中、颯爽と現れたのは、クリアだった。傷ついた青葉を見て逆上したノイズが敵を退けるが、反撃を受けてしまう。治療の為にグリッターへ戻った蒼葉は、そこでクリアの素顔に触れる。その後、二人は『オーバルタワー』へ向かうことになるが……。

傷ついたクリアを連れ、グリッターへ戻った蒼葉。東江が自分に目を付けたことで、自身の周りの人たちを巻き込みたくないと、自室で悩んでいると、ミンクが現れる。蒼葉は、ミンクと共に東江の計画を阻止する為、再びオーバルタワーを目指すことになるが……。

オーバルタワーの内部を進む蒼葉とミンクは、潜り込んだ部屋で、東江の実験データを目にする。東江を殺すというミンクの目的を知った蒼葉は、しかし追っ手に追われる中、ミンクと二手に別れることになる。そんな蒼葉の目の前に突然姿を現したセイ。ずっと蒼葉に会いたかったという彼は果たして何者なのか……。

蓮に噛みつかれた蒼葉の中に、蓮の記憶が流れ込んでくる。蓮が自身の中にいることを感じた蒼葉は、自分自身に暴露（スクラップ）し、ボロボロになった蓮と対峙する。そんな蒼葉に対し、蓮は、自分は蒼葉の抑止力としての存在であり、蒼葉の中にいてはいけない存在だと語るのだった。