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辺境の地に住む少女レパードは、海峡を隔てた国、ヤッター・キングダムを統治するヤッターマンに恨みを抱き、復讐（デコピン）しようと決起。先祖の大泥棒ドロンボー一味のリーダーだった“ドロンジョ”を名乗り、同じく先祖がドロンボーだったヴォルトカッツェとエレパントゥスを手下として新生ドロンボーとして立ち上がったレパードは、海の彼方を目指す……！

ヤッター・キングダムが支配するでっかいどうに上陸したドロンボーだが、そこに待っていたのはヤッターマンではなく、ヤッターマンの姿を模した機械兵だった!?　デコピンどころか逆に追われる身となってしまう。そんなドロンジョたちは、偶然に逃げ込んだ山小屋で盲目の少女アルエットと出会うことに……。

アルエットは、突然現れたドロンジョを自分の願いを叶えに来てくれた天使だと思い込んでしまう。アルエットと同様に、両親を奪われたことからヤッターマンに恨みを抱く幼なじみのガリナは、ドロンジョたちと共にヤッターマンにデコピンを食らわすことを決意。一同はヤッターマンがいるという首都ヤッター・メトロポリスに向けて旅立つ。

妊婦のミッちゃんと出会うドロンジョたち。ところが、彼女の夫ビーネが強制労働の人員としてキングダムの兵士に連行されてしまう。そこでビーネの奪還に立ち上がるドロンジョたち。作戦は成功するが、ドロンジョたちはヤッターマンを恐れるビーネに密告され、ヤッターマンの部下・ゴロー将軍の襲撃を受けることに……。

雪祭りで賑わうサッパリ市を訪れたドロンジョたちは翌日、相撲とボクシングとレスリングの大会が開催され、優勝者に賞金と賞品の羊が贈られることを知る。そこで金と羊を手に入れるため、ガリナが相撲大会に出場することに。ところが街で出会った少年タケシが、病気の母親の医者代を稼ぐため相撲大会に出場することを知って戸惑うドロンジョたち。

ゴロー将軍の度重なる追撃により、一時撤退を提案するボヤッキーたち。しかし、ドロンジョは反発。そんな一行が将軍の襲撃を受け、ガリナは捕らえられ、ドロンジョは一人ぼっちになってしまう。離れ離れになって初めて仲間のことに思いを馳せるドロンジョとボヤッキーたち。再会を果たして団結したドロンボーは、ガリナ救出のために奮闘することに。

外洋と内洋を隔てる堤防のような高い壁がそびえるトマケ地方の海。その海岸でヤッター兵に襲われていた漁師リュウを救う。飢えて朦朧としたドロンジョたちは、“浦島太郎”を模したゴロー将軍の罠にはまり、海中発電所の一室に閉じ込められてしまう。そこで壁を越えて外洋へ行きたいというリュウの夢を聞いたガリナは、その夢を実現するために協力する。

クッシャロデッシャロ湖に棲むという伝説の生物クッシーを利用して一儲けを企むボヤッキーとトンズラー。本当にいるのか？　という疑問は、幼いクッシーの登場であっさりと解決。風邪をひいてガリナに甘えていたドロンジョは、母を恋しがるクッシーに同情し、危険を顧みず彼を母親の元に送り届けようとするが、そのせいでゴロー将軍と衝突することに。

本気モードに突入したゴロー将軍によってドロンジョたちが捕まり、アバレシ大監獄に送られることになった。運良く難を逃れたガリナは、今度こそ自分がみんなを助ける番だと奮起。救出のチャンスは、護送車が監獄に到着するまでだ。チンパンジーのサンピーが守るレーシングカーに飛び乗ったガリナは、ゴロー将軍のメカと激しいカーチェイスを繰り広げる。

そりゃそうや岬にあるキングダムの首都、ヤッター・メトロポリスに潜入するドロンボー。両親と愛犬・ワンちゃんとの再会に期待に胸を躍らせるアルエットだが、ドロンジョたちは強制労働の惨状を目の当たりにする。そんな一行の前に立ち塞がるヤッター十二神将。捕らえられ連行されたドロンジョたちの前に、ついに宿敵ヤッターマンがその姿を現す!!

悪の元凶がヤッターマンではなく、ドクロベエだったという真相を知らされるドロンジョたち。キングダムの住人に知らされていない裏の歴史があったのだ。一方、アバレシの戦いで敗北したゴロー将軍は独房に収監されていたが、そんな彼のいる牢獄にドロンジョたちが入れられたことから、過去の記憶を取り戻しつつあった…

打倒ドクロベエを宣言して行動を開始するドロンボー。しかし、人々が求めているのはヒーローだと気づいたガリナは、家族の死を受け入れたアルエットと共に新世代のヤッターマン１号＆２号を襲名!!　……だがそれは、同時にドロンボーとの別れを意味していた。ドクロベエを倒し、世界に夜明けをもたらす最終決戦の幕が切って落とされる!!