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歓楽街で男性の死体が発見される。検視の結果、自殺と判断されるが、疑問を抱く刑事・イクオ(生田斗真)は被害者家族の元へ。そんな中、被害者の勤務先の運輸会社が竜哉(小栗旬)が所属する松江組と敵対する坂田組の企業だったことが判明する。さらに、坂田組の組員・滝川(吉田メタル)が何者かに殺害される。

3年前のキャバクラ嬢殺人事件に動きがあり、イクオ（生田斗真）と美月（上野樹里）は、裏で竜哉（小栗旬）がオーナーを務めるキャバクラへ。一方、裏社会では20年前の事件の重要人物である“金時計の男”に関する重大な情報をつかんだ情報屋の男が殺される。竜哉は情報屋のメモから闇医者がいる場所へ向かう。

都内でホームレスが殺害される事件が相次ぐ。イクオ（生田斗真）と美月（上野樹里）は、捜査中に男性がホームレスを襲撃している現場に遭遇。犯人を取り押さえ、被害者に事情を聞こうとするが、既に姿を消していた。一方、20年前の事件の犯人“金時計の男”を捜す竜哉（小栗旬）は、闇医者からある情報を入手する。

捜査一課へ出向となったイクオ（生田斗真）は、警察官に変装した竜哉（小栗旬）と20年前の事件現場近くの会社に潜入する。竜哉が社長のパソコンから会社の実態を調べると、役員には共通点があると気付く。一方、第一署の蝶野（滝藤賢一）はイクオと竜哉の関係性に疑問を抱いていると美月（上野樹里）に告げる。

美月（上野樹里）に竜哉（小栗旬）との関係を問われたイクオ（生田斗真）はしらを切る。そのころ、ハイジマコーポレーションで桂田（デビット伊東）の部屋に侵入した竜哉は公安警察に遭遇し、襲われる。だが、竜哉を追っていた蝶野（滝藤賢一）に助けられる。そんな中、警視総監の北川（中村橋之助）が狙撃される。

無許可の発砲で査問にかけられていたイクオ（生田斗真）の処分は、日比野（光石研）の計らいで保留に。その時、日比野が腕に金時計をしているのを見てショックを受けたイクオは、日比野に探りを入れる。一方、竜哉（小栗旬）は、20年前の事件の情報を握る暴力団・山城会会長の息子の行方を追っていた。

公安から命を狙われる山城会会長の息子・隼人（中野裕太）を条件付きで助けたイクオ（生田斗真）と竜哉（小栗旬）だったが、逆に公安に狙撃されてしまう。イクオは重傷を負いながらも20年前の事件の記憶を取り戻していた。一方、三島（吉田鋼太郎）らは美月（上野樹里）に連絡を取り、イクオの居場所を聞き出すことに。

美月（上野樹里）は、イクオ（生田斗真）と竜哉（小栗旬）の二人が、20年前に結子（広末涼子）を殺した犯人を捜す結束をしていると知りぼうぜんとする。イクオは聖（野村将希）に「事件をもみ消したのはさらに上層部の警察関係者では？」と、詰め寄るが真相は得られない。一方、蝶野（滝藤賢一）は竜哉に接触する。

日比野（光石研）が児童養護施設「まほろば」の跡地で殺害され、事件の重要参考人として竜哉（小栗旬）の名が挙がる。イクオ（生田斗真）は現場から立ち去る竜哉の姿を目撃していたが、犯人は竜哉ではなく他にいると確信。一方、竜哉は日比野が残した「まほろば」に関するデータを見て、その内容にがくぜんとする。

イクオ（生田斗真）は、殺された結子（広末涼子）の敵を取るため黒幕と相対。だが、黒幕と自分の意外な関係を知ったイクオは、動揺し動けなくなってしまう。一方、三島（吉田鋼太郎）、蝶野（滝藤賢一）、都美子（吉田羊）は結子が残した資料により、「まほろば」が非合法な臓器売買を目的として設立された施設だと知る。