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暗黒街で相次いだマフィア幹部の暗殺事件。その影で囁かれるのは謎の組織『インフェルノ』と最強の暗殺者『ファントム』の噂。一方、一人旅でアメリカを訪れた玲二は、偶然にもファントムの暗殺現場を目撃してしまう。だがその姿は自分と歳の変わらない少女であり、玲二とアインの数奇な運命の始まりの瞬間でもあった…。

数々のミッションを重ね、評価の高まるアインとツヴァイ。そんな折、ある組織のボスをショッピングモールで暗殺する指令が下る。二人はカップルを装い、襲撃のチャンスを狙うことに。アインは傷を負ったものの、ツヴァイとの連携によって成功。お互いの存在が大切に思えてきた時、再び『インフェルノ』の手が迫る…!!

最強の称号“ファントム”と呼ばれる少女、アインに鍛えられ、暗殺者として共に実績を積んでいくツヴァイ。激しい戦いの最中、惹かれあっていく二人だったが、ある日、科学者サイス＝マスターは組織を裏切り、アインと立ち去ってしまう。そのことで、ツヴァイは組織から尋問され、サイスとアインの追撃を命じられる…！