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時は壬辰倭乱で混乱した宣祖の時代。ある日、使臣団の宿営地に近くで見つかったという謎のミイラが運び込まれる。不吉な予感に包まれるイ・ドクヒョンとイ・ハンボク。一方、宮殿では光海君の世子冊封が明から再び拒否され、世継ぎを決められない宣祖は嘆く。光海君が嫡流でないことをなじり、いら立ちで声を荒げる宣祖の前でひたすら堪え忍ぶ光海君。張り詰めた空気が宮殿を覆おう中、それを破ったのは貞明王女だった。王女のあまりの愛くるしさに腹を立てていた宣祖も笑いだし、一瞬にして宮殿は明るいムードに一変する。王妃は幼い王女が光海君を“兄上”と呼ぶのをたしなめるが、王女の明るさに助けられた光海君は王女をかばう。旧正月後の満月の夜、テボルムの宴で、宣祖は“廃仮立真”を詩題として臣下たちの腹の底を探ろうとするのだが……。

朝鮮の将来を暗示する予言の凶書を見たイ・ドクヒョンは、ミイラが身につけていた腕輪を見て幼い頃に思いを巡らせる。一方、臣下イ・イチョムと王様付きの尚宮キム・ゲシの長期にわたる毒盛りが効いたのか、宣祖はある日突然崩御する。宣祖の最期を見守る光海君と王妃、そして幼い貞明王女と永昌王子。次々と王族が宮殿を訪れる中、宣祖に疎まれていた光海君の兄臨海君は、自分の存在を知らしめるために大きな声で大げさに泣き崩れる。世継ぎを決めないまま宣祖が崩御したことにより、朝廷では水面下の動きが活発になる。すでに永昌王子が刺客に狙われたことを王妃に伝える父延興府院君。２人は世子である光海君の仕業だと疑うが、王妃の手に御璽と教旨がある限り光海君は王位に就けない。王妃は嫡流の永昌王子をどんなことをしても守ると決心する。

貞明王女が持っていた腕輪を見た仁穆大妃は、腕輪の持ち主である南師古の予言にうなされて目を覚ます。お腹の子を守れという予言を思い出し不安に駆られる仁穆大妃。朝廷では壬辰倭乱の教訓で女真族に対抗して遷都すべきだと主張する光海君に反対する臣下たちが朝会を欠席、宴会まで拒否したために光海君の怒りを買う。腹を立てる光海君にそれでも諦めず臣下たちと相談しながら政を行うよう進言するイ･ドクヒョン。しかし光海君は世子の時代から自分を認めなかった西人が多くを占める朝廷で、自分の後ろ盾となる北人勢力が思いどおりに事を運べずいら立ちを覚える。一方、引っかかった凧を取るために木に登った貞明王女は、塀の向こうで行われているテボルムの祭りを夢中で見ている。そんな中、馬上で書物を読むホン･ジュウォンを新鮮な眼差しで見つめる。

キム･ゲシに頼まれた物を元尚宮から受け取った内人は、それを宣祖の最初の王妃であった懿仁王后の墓に埋めたことを報告する。ゲシは内人をねぎらい温かい清酒を与えて飲ませながら、自分が６歳の時に尚宮として宮殿に５両で売られたことを話す。一介の宮女としてそして書庫で世子と出会ったことを話す。清酒の毒が回り苦しみながら息を引き取った内人とともに家を燃やすゲシ。同じ頃、宮殿では大妃の命令により貞明王女の夫を決める駙馬選びが始まっていた。事前に提案を受けていたホン･ヨンとカン･ジュソンは、いずれも大妃の意志に従いどちらかの息子を駙馬にする覚悟する。カン･ジュンソンから話を聞いたイ･ドクヒョンは山城に出向き、荷車から火薬の成分である硫黄を見つける。ドクヒョンは光海君が国を守るために、秘密裏に武器と火薬の製造を行ってきたことろ知って驚く。

永昌が宮殿を追われたあと、残された片方の靴を持ち悲しみに暮れる貞明王女。宮殿では大臣たちが集まり王子を再び宮殿に戻してほしいと申し入れをする。しかし光海君はその意見に耳を貸さず、むしろ意見を述べた忠臣たちの官職を剥奪し追放することを命じる。雨の降る中、土下座したまま永昌を帰してほしいと涙ながらに訴える貞明。だが光海君は心を鬼にしてその訴えを退ける。思いどおりに事が運び意気揚々としている大北派の大臣たちは、白昼堂々と執務室に酒を運び込み祝杯を上げる。そして永昌王子にとどまらず邪魔者を次々に容赦なく廃除していこうと話し合う。朝廷を追われたイ・ドクヒョンが帰郷するために出発しようとした時、先王が毒殺されたことが記された内医院日誌が見つかる。

予言の内容を思い出した大妃は貞明王女を急いで逃がそうとするが、王女が逃げたことに気づいたキム尚宮がイ・イチョムに追わせる。男に変装して逃走する王女は、途中イ・ドクヒョンとホン・ジュウォンの助けで何とか渡しに到着するが、渡しには１人用の船しかなく１人で渡しを離れることになる。王女が渡しを離れたとたん爆発が起き、王女の目の前は一気に火の海と化す。一方、宮殿で永昌と貞明の殺害計画があることを知らされた光海は怒り心頭を発しキム尚宮を責めるが、爆音を聞いて馬を走らせる。火の海となった渡しを前に号泣する光海。永昌が酷い死に方をしたと知らされた大妃は、永昌の遺体が手に持っていたという玉佩を握りしめながら涙を流す。王女と王子の死を事故死として処理しようとするキム尚宮を見て怒りを露わにする光海だが、キム尚宮は光海がいつかすることを代わりにしただけだと居直る。

漢陰をお忍びで訪ねた光海は、そこで漢陰が追っている先王の毒殺について書かれた書物を目にすることになる。あまりの驚きに言葉を失う光海。一方、宮殿では毒殺に関わったイ・イチョムが漢陰に知られたのではないかと慌てふためき、毒殺の共犯者であるケシに漢陰を即座に消してしまおうと相談を持ちかける。しかし時すでに遅し。光海が漢陰を訪ねていったことを知るケシは無理だと話す。光海に知られる前に何とか火種を消したく知恵を絞るものの焦るばかりのイ・イチョム。日本に辿り着いた貞明は生きるために長崎の硫黄鉱山で働いているが、すぐ近くで火山が噴火し慌てふためく。逃げる途中、仲間のクボクが足を挫いて歩けなくなると、貞明は諦めずにクボクを支えて一緒に逃げようとする。だが噴火はますます勢いを増し、逃げ惑う２人を煙が飲み込んでしまう。

国境地帯に配属されて向かうジュウォン。女真族に襲われて荒れ果てた村に立ち入ったジュウォンはその悲惨さに言葉を失い、ただただため息をつく。一方、倭では再び火山が噴火する中、クボクを助け出しているファイが姿を現す。ファイとクボクを見たジャギョンはホッとするものの、いつもファイを頼り成長しないクボクにあきれ返る。ファイは鉱山では鉱山主に一目置かれる存在に成長し、硫黄の製造にも精通している。ある日、朝鮮との硫黄の取引を目前にした鉱山主は、約束の日時を目前にして硫黄が準備できないという窮地に立たされる。相手が朝鮮の商人と聞いたファイは鉱山主に入れ知恵をし、難を逃れさせる。　朝鮮との取引の場に立ち合ったファイは、硫黄に関する知識もなく、売り物にならない硫黄を引き取った相手に疑問を持ち続ける。

偶然同じ店に居合わせたジュウォンとファイ。ジュウォンがならず者に因縁をつけられ困っているところを見たファイは、相手が重犯罪者だと知り慌ててジュウォンを助ける。同じ朝鮮人だと知ったジュウォンはファイが長崎の硫黄鉱山にいたことを知ると、密輸業者で名の通っているイダチに会わせてくれと頼む。この機会に朝鮮通信使と一緒に朝鮮に帰りたいと思っているファイは、何としても帰るチャンスをつかみたいと思い、鉱山主に頼んでイダチにつないでもらう。しかしイダチはなかなかの商売人で、明への義理立てを理由に朝鮮側の破格の条件を受け入れようとしない。朝鮮をじらすイダチを見かねたファイは、回りくどい言い方をせずに条件を提示しろと詰め寄る。ジュウォンは持ち前の機転を利かせて、イダチの怒りを静めて一触即発の状況を回避するのだが……。

ジャギョンを呼び出したジュウォンはファイが捕らわれている獄舎の鍵を渡し、ファイを朝鮮に連れて行くので必ず連れ出してほしいと伝える。ジャギョンはジュウォンに約束を守るよう伝え、ファイを脱獄させに行く。ジュウォンは火事を装い硫黄を取り戻すことには成功するものの、ジュウォンの動きを察知したカン･ジュソン側は出航を急がせる。ファイは獄舎から出たものの追っ手に阻まれ渡しまで辿り着けない。死に物狂いで渡しに向かって走るファイ。そんなファイを追ってから守るジャギョン。そして船の上でファイを待つジュウォン。しかしようやく渡しの近くに辿り着いたファイの目に映ったのは遠くに去って行く通信使の船だった。ファイは絶望のあまり泣き叫ぶのだが……。

ジュウォンの家を訪ねた友人のイヌに女だと気づかれたファイ。家を出て独り暮らしを始めたのは女をかこうためだったのかとからかうイヌ。イヌの話に驚いたジュウォンはファイが男だと主張するものの、ファイはあっさり女だと認めてしまう。ファイの告白に慌てふためき怒りさえ覚える生真面目なジュウォン。一方、光海はホ･ギュンを使い、影の反対勢力を見つけようとする。早速ユン・ドハに近づくホ・ギュン。キム尚宮がユン・ドハを巡る人間関係を光海に告げると光海はカン・ジュソンを注視するようになる。ジュウォンがファイと一緒に家を出ると、イヌは怪しい男を待ち伏せて捕らえる。男の覆面を取ると見慣れた顔がそこにあった。父親のカン･ジュソンがジュウォンの家を探らせていたことを知り、イヌは疑問に思う。

火器都監のそばにいたファイは通行証もなく暗号も知らぬという理由で怪しい者と疑われ捕らわれてしまう。取り調べをしようとする兵曹判書イ・イチョムの前に現れた光海を見たファイは追及されて身分を明かそうとするが、そこに現れたジュウォンによって止められる。ジュウォンは光海に倭でファイが協力してくれたことを話し、火器都監には焼取法に詳しいファイが必要で、自分が全責任を取ると説得するジュウォンの話を聞いた光海はファイを火器都監の職人として受け入れることを承諾する。一方、光海はお忍びの途中、突然判尹の家を訪ねて、火器都監の提調を務めてほしいと頼む。硫黄の国内生産に反対している判尹は光海の本心が分からず途方に暮れる。

火器都監の事故によりジュウォンとファイは窮地に立たされる。火器都監に提調として突然姿を現したジュウォンの父ホン･ヨンは情け容赦なくジュウォンと倭の間者だと疑われたファイを捕らえる。一方、宮殿には明の顔色をうかがい火器都監の存在を疎ましく思っていた臣下たちが待っていたと言わんばかりに火器都監の撤廃を訴えて詰め寄る。興奮した臣下を突っぱねようとする光海の前に現れた梧里と鰲城。光海は２人の話を聞き重臣たちが一斉に投書をつけ取ったという話を聞き驚き、影の大物の罠にかかったことに気づく。火器都監の周辺一帯はパニック状態で、住民は役人の誘導に従い慌ただしく避難している。その様子を見てほくそ笑む判尹カン・ジュソンと手下のユン・ドハは火器都監の撤廃を確信するのだが……。

事故の原因を調べるためにファイを逃がしたジュウォンは王の尋問を受ける。ファイに頼まれたイヌはジュウォンを助けるために協力して何者かの仕業であったことを突き止めるが、硫黄の特性により証拠が立証できずもどかしい思いでいる。ジュウォンは父のホン・ヨンから追及され拷問を受けるが、ファイを倭から連れてきたことも都監に入れたことも自分が決めたことだったとしらを切る。その様子を見ていた光海は自分が関わっていたかどうかを直接尋問するが、ジュウォンは一貫して関与していないと告げ、自分を殺して事態を収拾してほしいと頼む。そこへ自首したファイが現れ事態は一変する。一方、ファイに証拠はなくても証人を捜し出せると助言を受けたイヌは都監の事故で被害を受けていない疑わしい男を突き止める。そしてその知らせを聞いた光海はユン･ドハの力で都監に入った男を捜し出すのだが……。

光海に呼ばれたファイは宮殿を訪れる。光海に命令されるがまま茶を、つぎ頭を下げて座っているファイに、光海はいきなり刀を向けて何者か正体を告げろとすごむ。茶のいれ方を見て、王族の作法を知っている者だと怪しむ光海に対してファイはあくまでも緊張していたからだと言い訳をし、自分を田舎の漁民の息子だと言い張る。刀を向けられても動じず殺せるなら殺せと居直るファイ。肝の据わったファイを見た光海は、さらに疑いを深めるがファイを火器都監に帰す。一方、漢方薬を運んできた女官がファイの腕輪を身につけているのを見つけた大妃は、貞明が死んだ時、爆発と同時に消えたはずの腕輪が存在することに疑問を持つ。女が訪ねてこなかったかと聞く大妃に兵士たちは火器都監から男が来たことを伝える。大妃の変化をいち早く察したキム尚宮は警戒を強める。

臣下たちの要請により明からの使臣団に自ら足を運び挨拶に行く光海。しかし、待てど暮らせど使臣団は約束の場所に現れず、下手に出た光海の気持ちを逆なでするように大妃が捕らわれている慶運宮へと足を運んでいた。その知らせを聞いた光海は憤りを露わにする。そして火器都監から忽然と姿を消したファイは、蛟山に誘拐されて倉庫の柱に縛りつけられていた。ファイを光海の手下だと疑う蛟山は、光海の目的と大妃の家の前にわざと落とした腕輪について問い詰める。ファイは自分も光海を引きずり下ろすことを目的とした同じ立場の人間だと伝え、蛟山の本心を探りながら巧妙に駆け引きを始める。ファイをどうすべきか迷う蛟山。明の非礼を目の当たりにした朝廷の臣下たちは動揺するが、光海は明の強引な手口に怯えて派兵するのは間違っていると主張する。

ファイを解放したホ・ギュンを問い詰めるイヌ。そしてホ・ギュンはイヌに、｢観音の目｣が貞明王女の物であることをファイから聞かされたことを話す。一方でジュウォンから、ファイが母親からもらった｢観音の目｣を捜していることを聞いていたイヌはファイが貞明王女であることに気づく。ファイは一切否定するものの確信するイヌ。ホ・ギュンの仕掛けた罠にはまり謀反の罪を着せられた大妃。大勢の兵士たちが押しかけてものものしい雰囲気に包まれた慶運宮に駆けつけたファイ。大妃を何とか助けようとするファイ。だが泣き叫ぶファイを制止したイヌは、今名乗り出るのはむしろ大妃を危険にさらすだけだと言う。そして、これからはどんなことがあっても王女を守ってみせると告げる。

ついに自分がファイではなく貞明だと打ち明ける貞明。そのことを貞明の口から聞いた光海とジュウォンは驚く。この状況で自分の存在を明かした貞明に、なぜ自分を倒したあとにしなかったのかと聞く。貞明はぬれ衣を着せられている大妃を救うためだと言いながら光海に取り引きを持ちかける。裏で事を操っているのはホ・ギュンであること知らせる代わりに大妃を救うことを条件に出す貞明。問題解決のために一刻を争う光海。貞明の存在を公にできない光海は、ジュウォンの申し出のおかげで貞明を保護することに成功する。誰も傷つけず、誰もケガをさせたくないと願う光海の思いを十分に汲み取り、ジュウォンは貞明を大妃のいる慶運宮に送り届けようとするのだが……。

貞明を消そうとするカン・ジュソンと貞明を捕らえようとするホ・ギュン。刺客に追われそうになった貞明をかばい、ジュウォンは背中と腕を切りつけられる。２人は窮地に追い込まれるが、そこに突如謎の男が現れる。笠をかぶったその男は２人を逃がし敵に立ち向かうが、義禁府の兵士たちに追われてその場を立ち去る。兵士をまいて身を隠す男は倭からやってきたジャギョンだった。ファイが襲われた様子を見てファイを案じるジャギョン。一方、瀕死の状態のジュウォンをやっと家に連れていった貞明は必死に介護する。またジュウォンが襲われた知らせを受けた光海は、すぐに御典医を連れてジュウォンの家に向かい治療させる。そんな光海の行動を監視させるキム尚宮。そしてファイを襲わせたカン・ジュソンは、ファイの殺害に失敗した部下をその場で無残に殺してしまう。

蛟山の陰謀により反逆者たちが火器都監に行ったことを知らされた光海とジュウォンの一行は急いで火器都監に向かう。蛟山の狙いが硫黄の倉庫だったことに気づいたファイは、すぐに提調ホン・ヨンにそのことを告げ村人を待避させると、すぐに硫黄倉庫へと向かう。倉庫に向かったファイは蛟山が仕掛けておいた導火線を見つけるが火の元は火薬のすぐそばまで近づいている。必死に消そうとするファイ。ちょうど火器都監に到着した光海とジュウォンは聞こえてきた轟音に驚く。爆発音とともに火を吹く火器都監。そして燃え上がる炎の中からファイが出てくる。火器都監は大丈夫だと言いながらその場で倒れてしまうファイを支えるジュウォン。そして光海はすぐに御典医を呼べと命令する。

貞明王女が生きていたことを光海から聞かされたキム尚宮。光海は、王女は女だから王座を揺るがす心配はないと、キム尚宮が貞明に危害を加えないように説得しようとするが、キム尚宮はナム・サゴの予言が民心を動揺させ、また第三者が王女を利用して王座に就くかもしれないと反論する。一方、貞明は毒入りの漢方薬を内医院の医官に持っていき、毒が入っていることを伝える。貞明に飲んでみろと言われて、しらを切りとおせず逃げようとする医官を捕まえて問い詰めるジュウォン。　別の医官が光海の前で、漢方薬に毒が入っていることを証明すると、光海はすぐにキム尚宮を捕まえるよう命じる。その知らせを聞いて妓楼から急いで立ち去るイ・イチョム。貞明は癸丑年のあの日、なぜ弟が殺され、自分が追われなければならなかったのか、事の真相を説明してほしいと光海に話す。

ついに明と後金の戦争が始まり不穏な空気に包まれる朝鮮。戦乱の様子を把握し、明への派兵を止めようとする光海だが、それとは反対に宮殿の前で明への派兵を願う王族が現れ光海を窮地に追い込む。王に土下座をして直訴するのは光海の弟、定遠君の息子、イ・ジョンであった。一方、女性であることを明かして火器都監に残った貞明は、明と後金の戦争の知らせを聞き政局を案じるが、ジュウォンは宮殿で様子を聞いてくると言い貞明を安心させる。宮殿では兵曹のイ・イチョムが外で土下座する綾陽君を追い払うよう指示し、兵士たちはその指示に従い綾陽君を引きずり出す。事の一部始終を聞いた光海は、綾陽君が反逆罪で死んだ綾昌君の兄で、以前も弟のために土下座をして直訴したことを思い出す。宮殿ではジュウォンをはじめとする重臣たちが綾陽君の行動に戸惑い難色を示す。

明と後金の戦況を調べてきたジュウォン。光海はジュウォンから明の目的が後金ではなく朝鮮だったことを知る。朝鮮が派兵しない場合、明は朝鮮に攻め入る予定であり、また後金は朝鮮の派兵を止めるためにそのことを黙っていた。光海はすぐさま葉赫那拉に相談を持ちかけ、最悪の場合は明と全面戦争も辞さないと言うのだが、そこに綾陽君を先頭に斧を持った一団が宮殿目掛けて行進し、持斧上疏を行うと公言したので街は騒然とする。綾陽君の脅しまがいの行動を民に紛れて見ている貞明。そしてさらに難局を迎えた光海は門を出て綾陽君の前に姿を現す。綾陽君を便殿に入れた光海は、綾陽君がどこで戦況の情報を仕入れたのかを聞く。だが綾陽君は光海の失政を厳しく追及し、光海をやりこめる。その知らせを聞いたカン・ジュソンはほくそえみ裏で事の準備を進める。

都監の一員として一緒に戦場に向かうという貞明。話を聞いた大妃は大反対するが、貞明は意志を曲げない。貞明の話を聞いたジュウォンは二度と貞明を失いたくないと止めようとする。その一方でイヌは、貞明を自分のものにするための方法を教えてほしいとキム尚宮を訪ねていく。イヌはその足でそのまま父のカン・ジュソンのところへ行き、父親の望みどおりの息子になるから後ろ盾になってほしいと伝える。頭を下げてきた息子を見て喜ぶジュソン。貞明は職人として戦場に向かいたいと光海に告げる。頑なな貞明に困り果てる光海。貞明がはめていた腕輪を見つけた光海はジュウォンを呼びつけ、国王ではなく兄として、貞明を守り通せるかを聞く。ジュウォンも臣下としてではなく１人の男として貞明を守り抜くと誓う。

将軍は朝鮮軍の退却を決める。将軍の決断に驚くホン・ヨンとジュウォン親子。しかしそれは、朝鮮軍が危険にさらされた場合は即時退却させろという光海の王命だった。どんな代償を払っても朝鮮の鳥銃部隊と火器都監の職人を失ってはならぬという光海の意志を聞かされたジュウォンは、そんなことをしたら今度は王様が政治的に窮地に追い込まれると反対する。だが将軍はすべてを覚悟の上で光海が決定したことだと話す。カン・ジュソンを訪ね、王位に就くたまなら、どんなことでもやってのけると息をまく綾陽君。そんな綾陽君を利用するために快く受け入れるカン・ジュソン。将軍たちの話を聞いた貞明は、国王が国民を守ろうとして下した決定ではあるが、国民として国王を守る必要があると意見し、軍を退却させずに王命に従う方法を探る。

戦況が悪化し、撤退を命じられる火器都監の一員たち。だがジュウォンは貞明をイヌに託し、皆が安全な場所に到着するまで、自分は陣地に残り時間を稼ごうとする。それが王命だと言うジュウォンに一緒でなければ行かないと言う貞明。だがジュウォンは約束どおり必ず生きてそばに戻ると誓う。だが明は惨敗し、朝鮮軍が後金に投降したことが光海に報告される。幸い貞明と火器都監の職人たちの無事を確認すると光海は胸をなで下ろすが、ホン校理が一緒でないことを聞き愕然とする。そしてジュウォンが追ってくるのをひたすら信じて待つ貞明。大国である明が戦に負け、さらには領土まで奪われたという知らせが朝廷にも届き、西人をはじめとする臣下たちは信じがたい現実に重く口を閉ざす。　イ・イチョムを訪ねたキム尚宮は、明が滅びるか、光海が王座を奪われるか、どちらかが先になるだろうと話し、イ・イチョムを驚かせる。

朝鮮軍を撤退させたことで窮地に陥る光海。そして戦で捕虜となり後金に捕らわれるジュウォン。負傷したジュウォンは瀕死の状態で生死をさまよいながらも貞明を案じる。一方、朝鮮に無事帰国した貞明は、ジュウォンの消息を待ちわびているのだが、そんな貞明にキム･ゲシは勢力を失った光海を助けるには、カン・ジュソンの息子イヌと結婚するしかないと頭を下げる。話を聞いた貞明は自分を利用することしか考えていないキム・ゲシに腹を立てる。綾陽君を次期王に立て反正をもくろむカン・ジュソンに、イヌは王女と結婚したいと申し入れる。カン・ジュソンは光海の味方である王女との結婚を反対するが、イヌは王女と結婚することで、光海を思いのままにできると言い、危険の伴う反正よりも王女との結婚のほうが安全だと父親を説得する。

光海を訪ねていき、カン・ジュソンの息子イヌと結婚させてほしいと申し出た貞明。貞明の話を聞いた光海は誰に会って何を言われたのか、誰が貞明を利用させようとしているのかと聞く。しかし貞明は王族の結婚には政治がつきまとうものであり、結婚は自分の意志だと告げる。光海は、ホン校理は生きて帰ってくる、自分が王座を守るために貞明の結婚を許すわけにはいかないと断固として反対する。そんな光海にどんな対価を支払ってでも王座を守るべきだとむしろ説得しようとする貞明。一方、後金の捕虜になったジュウォンと朝鮮軍の兵士たちは、突然外に連れ出され処刑場へと連れて行かれる。後金軍に扮装したジャギョンは、処刑場に連れ出されたジュウォンと朝鮮軍を見つけ、助けるタイミングを見計らっている。容赦のない後金の兵士は、みせしめにしようとジュウォンの首に縄をかけるのだが……。

カン・ジュソンを始めとする西人の重臣たちは貞明とカン・イヌの結婚を前提に勢力を固めようと動き出し、光海はついに後金との和親にこぎつける。だが承文院で作成された文書が宮殿を出た頃、光海は貞明とイヌの結婚は許さず、さらにはカン・ジュソンを謀反の首謀者として捕らえるよう命じる。光海の決断にあっけに取られる朝廷の重臣たち。しかし光海が朝廷の後ろ盾をなくすことを踏まえ、事を準備していた綾陽君とキム・ジャジョムは貞明を利用するために監禁する。そんな中、後金から解放されたジュウォンが帰ってくる。生きて帰ってきたジュウォンを光海は万感の思いで迎え入れるが、肝心の貞明が行方不明となり皆を心配させる。王座を守るための最後の機会を捨ててしまった光海を前に、イ・イチョムはどうすべきか悩む。キム・ゲシはヨジョンが宮殿から姿を消したことで、誰かの間者だったことに気づき光海に頭を下げに行く。

ついにキム・ジャジョムと謀反を起こす綾陽君。だがそれに先立ち光海は自分の大切な人たちを守るためにあらゆる手を尽くす。そして兵士を率いて意気揚々と宮殿に乗り込んだ綾陽君。しかしそこに光海の姿はなかった。空っぽの宮殿で兵士たちが反正の成功と勝利を祝う一方で、綾陽君とキム・ジャジョムは光海と貞明を探すのに血眼になる。人目を避けながら貞明に会いに来た光海に貞明は、なぜ王座を手放したのかと涙ながらに訴える。せめて火器都監と一緒に戦うべきだったのではないかと話す貞明だったが、光海は自分と一緒に戦ってしまったら火器都監を犠牲にし、それは結果的に国が力を失うことなる、今は不義が勝ってもそれが決して最後ではないから希望を捨てるなと言い残して去ってしまう。

光海の側近だった者が次々と処刑され、光海自身も貞明に国の将来を託し幽閉の地へと向かう。その様子を歯がゆい思いを抱きながらもじっと耐えて見守る貞明。一方、王座に就いた綾陽君の元には頻繁に謀反の告発が相次ぎ、綾陽君は頭を痛める。貞明を案じる大妃は宮殿に出入りすることを制止するが、貞明は聞く耳を持たず大妃を心配させる。そんな綾陽君の元に毎日挨拶を名目に通い詰める貞明は、民の負担を軽減させてほしいと申し出る。貞明の話を聞いた綾陽君は、王女の立場で政に関与するのは差し出がましいことだと非難するが貞明はいっこうに言うことを聞かず、いら立ちを我慢できない綾陽君はついには王になって解決しろと言い放つ。チョ・ヨジョンから話を聞いたキム・ジャジョムは自分が生意気な王女の口を封じてやると意気込むのだが……。

王女が農民の税金を免除しているという話を聞いた綾陽君は、またしても勝手なことをする貞明に腹を立てる。王様のお手つきになり意気揚々としているヨジョンは、いつも王様の先を越す貞明が生意気だと言い乗り込んでいく。しかしチョン尚宮に王女の不在をつげられると、チョン尚宮の態度をなじり暴力を振るう。事の一部始終を見ていた貞明はすぐに駆けつけ、ヨジョンに王室の掟を教え罰を与えると言う。騒ぎを聞いた王妃は内命婦で解決すると伝えものの綾陽君は反対に王女を追い出せとまくしたてる。しかし王妃は貞明に許可を与えたのは自分だとあくまでも貞明をかばう。話を聞いたキム・ジャジョムはいよいよ貞明との闘いが始まるのかと静観するのだが……。

捕盗庁に向かおうとする貞明に前を立ちはだかるヨジョン。ヨジョンは貞明が人を使って国王を呪おうとしたと言いその証拠を持ってくる。貞明に指示されたとぬれ衣を着せられ捕盗庁に捕らえられたウンソルとアンサン宅の親子。そして知らせを受けた王妃に報告を受け驚く大妃。ヨジョンの話を聞いた貞明は国王と一緒に自分をはめようとするヨジョンに、自分の使いの者を巻き込むなと話す。だがヨジョンは問答無用で待機させていた義禁府の兵士に貞明を逮捕させる。ちょうどそこに駆けつけたジュウォンは事の真相を必ず暴いてみせると貞明を勇気づける。大殿から呪いの物が出てきたことで朝廷では便殿会議が行われるほど大騒ぎになるが、朝廷の重臣たちはこれが捏造であることを知りながらも知らん顔をしようとする。ヨジョンの身勝手は行動を知ったジャジョムは腹を立てるのだが……。

ぬれ衣を着せられたウンソルとアンサン宅はついに拷問を受ける。ウンソルはそんな事実はなかったと訴えるがキム・ジャジョムは自白するまで刑罰を与えろと指示する。捕らわれている貞明の前に現れた国王は、貞明の目の前で彼らを殺してやると脅す。一方、都監の職人たちは貞明が罠にはめられたという証拠を探すために捕盗大将の家に忍び込むが、そのことを知ったイヌはすぐに捕盗大将の家に向かう。捕盗大将の家では煙硝長と硫黄長がヨジョンが送った手紙を見つけ帰ろうとするのだが執事に止められる。ちょうどそこに到着したイヌは３人の引き渡しを求める。ウンソルとアンサン宅は最後の機会を与えられるものの、ウンソルは頑固に応じようとしない。そんな２人の前に現れた貞明は自分が２人に指示したと告げる。

仁祖を訪ねた貞明に仁祖はぬれ衣が晴れてよかったと喜ぶが、貞明は捕盜大将に罪を着せて知らん顔をしようとする仁祖に、今回のことの背後にいるキム・ジャジョム、チョ内人らを差し出してほしいと伝える。領議政、チェ・ミョンギル、ホン・ヨンと次々に味方をつけ勢力を強める貞明は、善良な王になりたかったと言った仁祖に、もしそれが本当なのであれば、これは危機ではなく、いい機会なのだと進言する。自分をどこまでも王として認めないのかと詰め寄る仁祖に貞明は、先王と同じ道をたどらないでほしい、王の決断を鈍らせているキム・ジャジョムとチョ内人を遠ざけて朝廷の重臣たちに王としての決断を見せてほしいと訴える。一方、拷問を受けたあと生死をさまよっていたウンソルが意識を取り戻す。夜も眠らず看病していたアンサン宅と都監の職人たちは喜び、ホン校理にそのこと聞いた貞明は安堵する。

貞明の婚礼の日、仁祖をはじめとする重臣たちが式への参加を申し出ていた。仁祖はチョ内人とキム・ジャジョムを追放することを決心し、貞明の式に出席する準備をしていた。一方、花嫁衣装をまとい化粧を整えていた貞明の元へ遅川がやってきて式を挙げるのは不可能だと伝える。怒りを露わにした元捕盜大将のイ・グァルが軍事政変をもくろみ、兵士を引き連れて都へ向かっているという。突然の政変に驚く貞明。イ・グァルが率いる反正軍は猛烈な勢いで都へ突進する。窮地に追い込まれた仁祖に、この時とばかりに存在を見せつけるキム・ジャジョムは全権を握り解決しようとする。キム・ジャジョムの強い言葉に心が揺らぐ仁祖。一方、キム・ジャジョムは仁祖が自分とチョ内人を追放しようとしていたことを確信し、この機会に仁祖の気持ちを取り戻せとチョ内人にけしかける。　

イ・グァルの反乱軍が都へと押し進む中、身の危険を感じた仁祖は周囲の反対を押し切り都から離れることを決心する。民を捨てて宮殿を立ち去る仁祖に非難の声が高まる。そんな最中、貞明とジュウォンは別造庁の職人たちが見守る中、ひっそりと式を挙げる。幸せな雰囲気に包まれる２人だが、そんな思いも束の間、宮殿に落として意気揚々とするイ・グァルの反乱軍が別造庁にも押しかけ、別造庁はすぐに緊張感に包まれる。貞明を捜すイ・グァルはホン・ヨンとジュウォンに刀を向けるが、貞明は毅然とした対応でイ・グァルを止める。反正の名目と民心を得たいイ・グァルは貞明を利用しようとし、貞明もまたそのためにイ・グァルが訪ねていたことを予測していたが、貞明は簡単に協力するつもりはないと突っぱねる。

別造庁で襲撃を準備していたジュウォンと、将軍のもとで進撃を準備していたイヌ。双方の意見の食い違いを合わせる時間がないまま将軍は進撃を推し進める。命がけで将軍を止めるジュウォンにイヌもやはり志を同じくする。将軍を退かせた２人はすべてを終えてから話し合おうことを約束して互いの役目を果たしに向かう。ジュウォンたちの動きに気づいた反正軍は、兵士たちをムアクジェに向かわせる。反正軍を待ち伏せして襲撃する鳥銃部隊、一方イヌたち官軍はその隙を狙い宮殿を奪還しに向かう。反正軍が優勢になるもののジュウォンは撤退せず応戦して堪え忍ぶ。鳥銃部隊が反正軍に押され火薬も底をつく頃、業を煮やしたイヌは訓練都監の兵士を率いて宮殿に押し入ると告げる。ちょうどその時、のろしが上がり官軍は鳥銃部隊の援護し、宮殿を奪還しに向かう。　

貞明が宮殿をあとにした10年後。朝鮮と後金の国境地帯で警備の兵士たちは、後金から逃げてくる国民を目にする。緊迫した状況の中、後金の兵士に追われる国民を前にしながらも後金との条約のために致し方なく大勢の捕虜を犠牲にしようとするのだが……。一方、ホン・ヨンの家では貞明がお産を迎え陣痛で苦しんでいる。お産に立ち会っているアンサン宅とチョン尚宮は苦しむ貞明を見ながら、産婆が来るのを首を長くして待っている。同じ頃、宮殿でお産を迎えている世子嬪。蔵書閣で世子に学問を教えているジュウォンは、子供の誕生を心待ちにして落ち着かぬ世子をたしなめるものの、貞明の陣痛の知らせを聞くと落ち着かずそそくさと家に向かう。そんなジュウォンを世子は笑いながら見送るのだが……。　

後金から文書が届いたことで宮殿は再び大騒ぎになる。国名を清国にした後金は、朝鮮に明との関係を解消し、皇国と君臣の関係を求めてくる。一方的な文書を見て憤る国王。そして事実上の宣戦布告であることを感じ取った朝廷は対応に追われる。大陸の主が変わることを知ったカン・ジュソンも頭ごなしに朝鮮を支配しようとする後金の強引さに戸惑う。国王は後金からの使者を迎える用意はないと頑なに拒み、後金からの使者は迎えが出なければまっすぐ後金に帰ると一歩も許さない。世子は朝廷の成り行きを見て、自分が行くと申し出るが、その話を聞いた貞明は国王と世子の不和につながることを案じ、何とか止めようとする。　

朝鮮に君臣関係を求める清との調印式で、後金の圧力を突っぱねる仁祖。世子と王世嬪が貞明と内通していたことを知った仁祖はもはや誰も信じることができず、調印式の席を蹴って出ていってしまう。突然の仁祖の変貌ぶりに驚く世子と朝廷の臣下たち。世子を案じた貞明は王世嬪を訪ねて様子をうかがうが、淑媛の言動から事の背景には淑媛の企みがあったことを感じ取る。世子は仁祖を思い留まらせようとするが、貞明と世子夫婦が内通していたことを知った仁祖は憤りを抑えることができず考えを曲げようとはしない。すぐに都には清との戦が始まるという噂が流れ、民は動揺し混乱する。その様子を見たカン・ジュソンはほくそえみ、ジュウォンは追い詰められた世子を案じる。　

清が朝鮮に攻めてきたことが朝廷に伝わると、朝廷では仁祖を避難させるべきだという意見が持ち上がる。だが清陰は一国の国王が３度も宮殿をあけて逃げるのかと非難する。国の危機にもかかわらず自分の身だけを案じ、朝廷で言い争う臣下たちを見た仁祖は情けないと怒鳴りつけ、王族の女子供を江華に避難させたあと臣下たちは朝廷に残り一緒に戦えと命じる。だが清軍の勢いは予想以上にすさまじく、瞬く間に開城を通過して坡州に到着し、江華へと向かっていた。一方、江華に避難しようとしていた王世嬪の一行は船を横取りされ、渡しで足止めを喰らう。途方に暮れる一行の前に現れた大君は状況を説明し、楊花の渡しにある自分の船で渡るようにと助言する。

清との戦で完全に敗北した朝鮮。仁祖が清と君臣関係を結び清にひれ伏したあと世子と鳳林王子は朝鮮の地を去る。世子と王子が清に行くのを拒まなかったのは朝鮮の捕虜を１人残らず取り戻すためだった。一方、仁祖により遠方に送られていたキム・ジャジョムが戻り、再びカン・ジュソンと手を組む。それから８年経ったあと、朝鮮を離れていた世子と鳳林王子は朝鮮に戻ってくるのだが、ちょうどその日、仁祖はかねてから訴えていた体調不良により床につく。この日を心待ちにしていた貞明は２人が帰ってくるという知らせを聞いて心を躍らせる。そして別造庁をはじめ国民も２人の帰りを大歓迎する。神妙な面持ちで入宮する世子と王子は危篤状態に陥り、すでに目を開けることもできない仁祖に帰国の挨拶をする。世子は宮殿に戻るなり腐敗している朝廷を一掃することを決意する。貞明とジュウォンは世子の安全のためにも急ぐべきだと動き出す。

清のヨン将軍と世子の協力によってカン・ジュソンの一味が一斉に検挙される中、危篤で床に伏していた仁祖が目を覚ます。王座に固執し、世子に王座を取られることを恐れていた仁祖はものすごい剣幕で世子を呼んでこいとまくし立てる。事の重大さに気づいた鳳林王子は貞明にいきさつを話す。仁祖がただ怒って世子を捜していると聞いた貞明は訳が分からず、ジュウォンや王子もただ世子を案じるのだが……。ヨジョンを訪ねた左議政は、世子を信じられない仁祖と、どこまでも信じる息子の世子との間にこれから起こる悲劇を想像しながら、それを楽しもうと企む。仁祖は清にひれ伏した日のことを思い出しながら、世子が清と内通し味方につけ王座に就くために帰ってきたのだろうと世子をなじる。仁祖の言葉を否定する世子だが、その世子に仁祖は東宮殿から出てきた証拠の品を差し出す。だが世子がいくら否定しても仁祖は聞き入れず、自分が床についている間、王のように振る舞った世子が自分を見下していると判断し追放する。

頑なに世子を否定する仁祖に取り入った淑媛は、結局医師を抱き込み世子の暗殺を企てる。仁祖に直訴して東宮殿に入ろうとする貞明よりも先に東宮殿に向かったジュウォンとイヌは世子に危険が迫っているのを感じ警備の兵士たちといさかいを起こすものの、話を聞いた仁祖が駆けつけた時、世子はすでにこの世の人ではなかった。世子の死に直面した仁祖は言葉を失う。嬪宮は東宮殿から出てきた仁祖に、王様が息子を殺したのだと泣き叫ぶ。東宮殿から出てきたジュウォンは世子を殺した者を絶対に許さないとイヌに告げる。訃報を聞いた朝廷の役人たち、別造庁の職人たち、そして全国民は、国の希望を失ったと涙を流して悲しみに暮れる。仁祖は淑媛とジャジョムが世子を殺したことを察して問い詰めるのだが……。

左議政の命令で教旨を出すよう命じられていた都承旨は、王命ではないことを理由にそれを拒む。朝廷に呼び出されていた臣下たちは待ちわびていたのだが、そこに出かけたはずの仁祖が帰ってくる。突然宮殿に帰ってきた仁祖は朝廷で鳳林王子を世子に冊封すると告げる。仁祖の突然の変化に混乱する左議政と淑媛の一味。仁祖は勝手に事を進ませようとした左議政を一喝し、自分が承政院に告げると強気に出る。仁祖は貞明に助言された内容を深く考え、鳳林王子に早く王座に就き政に行うよう指示する。鳳林王子の冊封が決まり、その後ろ盾である貞明の安否が問われる。ジュウォンとイヌはジャギョンと一緒に貞明の護衛を徹底的に行うことを誓う。鳳林王子は世子に冊封されたあと朝廷の政に堂々と関わっていく。世子は過去の記録に洗いざらい目を通し、朝鮮が二度も清に取られた理由を重臣たちに告げる。そして朝廷の重臣たちは次々に罪に問われていくのだが……。

仁祖を廃して崇善君を次期王として擁立する、という文書を持ち左議政キム・ジャジョムの前に現れたジュウォン。謀反を企んでいたという証拠と証言をつきつけられたキム・ジャジョムはそれがカン・ジュソンの裏切りであると茫然とする。王女を陥れようとした罪を着せカン・ジュソンを失脚させたあと、鳳林にすりよることをもくろんでいたキム・ジャジョムとチョ昭容。一方、カン・ジュソンは自分を身代わりにキム・ジャジョムを差し出すことを考えていた。しかし、それよりも先に、鳳林と貞明たちはキム・ジャジョムとカン・ジュソンを対立させることに目を向ける。そしてキム・ジャジョムを追い込むことに成功したのだった。そしてキム・ジャジョムを差し出し、余裕満々のカン・ジュソン。鳳林と貞明の次の狙いはカン・ジュンソンなのだが……。

王が病に伏している中、都承旨は教旨の内容を発表するようにと言われる。一方王様の部屋に向かった御典医は王が姿を消したことを見て驚く。領議政に発表を迫られた都承旨がしぶしぶ開いてみると、それは白紙だった。白紙の教旨を見て動揺する臣下たちの前に現れた仁祖は、ふらついた足取りで便殿に入り、世子を引きずり下ろし、崇善君の擁立を計画していた反逆者たちを失脚させるのが最後の王命だと告げる。そして世子と王女に後の国政を託す。世子と国を思う仁祖の本心をようやく知った貞明。そしてさらに仁祖は世子に自分の思いを告げる。窮地においやられたカン・ジュソンとチョ昭容は命惜しさに逃亡を企てるが、官軍は清と接触する前に捕らえることにやっきになる。

イヌの後をつけてくる者たちに気付き、素早くイヌをかくまうジャギョン。得体の知れぬ刺客に追われていることを知ったジャギョンは、ジュウォンにも そのことを告げるが、それが誰か突き止めることができず戸惑う。窮地に追い込まれたカン・ジュソンは清の軍を動かし、王位に就いたばかりの 王の退位を要求する。翌日までに王が退位しなければ、清が国境を越え都に向かって進撃してくるという 話を聞いた貞明は驚き、キム･ジャジョムと面会して、そのいきさつを聞く。一方、護衛をまき単独行動をするイヌは、自分のあとをつけ殺そうとしている者が 誰の指示を受けたのかを突き止めようとする。イヌを見逃したことを聞いたジュウォンはイヌを探しに行こうとするが、幸いイヌは 平然とした表情で帰ってきて、カン・ジュソンの計画を告げる。だが実際には大怪我を追っていたのだが……。

銃でジュウォンを狙うカン・ジュソンを見たイヌは大声で止める。いったんは銃をおろしたカン・ジュソンは再び銃を持ちジュウォンを狙い引き金を引く。しかしその銃弾に倒れたのは、ジュウォンをかばったイヌだった。息子のイヌを撃ち捕らえられたカン・ジュソンは悔恨の涙を流す。その現場を見た王は全軍力を動員し、カン・ジュソンの一団を全員捕らえるよう命令する。カン・ジュソンの妻は財産を持ち逃げようとするが、逃げ遅れて官軍に捕らえられる。そして昭容チョ氏も同じように捕らえられ押送される。カン・ジュソンは事の黒幕がキム･ジャジョムだったことを知り臍を嚙む。イヌの手当のために医師がジュウォンの家に駆け込むのを見て、別造庁の職人たちは皆、胸を痛める。医師に手だてがないと言われたイヌと貞明は悲しみに暮れるのだが……。