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ある日、治安統制局から派遣されたイズル（平岡祐太）は、巨人の生態を研究しているハンジ（石原さとみ）と出会う。ハンジは自身の研究室で巨人の研究を密かに進めていた。そんなハンジに興味を持ったイズルは実験室に潜入し、捕獲に成功した巨人が隔離されている事を知り…。

弓矢を得意とするサシャ（桜庭ななみ）は、仲間たちと狩猟を行いながら生活していたが、巨人の襲撃により村を追われることに。巨人の襲撃をきっかけに、サシャは新人作業員となり日々訓練に励んでいた。ある夜、不審な少年を発見したことから事件が起こって…。

新人作業員の中でも特に優秀なフクシ（渡部秀）とリル（武田梨奈）。リルは巨人に両親を喰われた過去を持ち、いつか訪れる巨人との戦いに備え、誰よりも強くなる為に日々の訓練に取り組んでいた。フクシはそんなリルに魅かれ、密かに想いを募らせていた。ある日、それぞれの想いを抱えた二人が交錯し、激しいバトルへと発展していく…。