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6人が一つのチームとなって街中を駆け抜けるエクストリーム・スポーツ《ストライド》。全国的に人気を得つつある《ストライド》だったが、方南学園のストライド部は廃部寸前の状態だった。そんなストライド部にやってきた新入生の藤原尊と桜井奈々は、ストライド部を再始動させようと八神陸に声をかける。誘いを断る陸だったが、ストライド部の部室へと連れて行かれ、入部をかけたストライド勝負をすることになってしまう。

陸、尊、奈々、3人の新入部員を加え、試合をすることができる6人のメンバーが揃った方南学園ストライド部は活動を再開する。しかし長らく休部状態だったため、活動費を援助してくれる新たなスポンサーを探さなければ、満足に試合をすることもできない。スポンサーになってくれる良い当てが思いつかないヒースは、ファッションブランドを展開している姉のダイアンにスポンサーになって欲しいと頼みに行くのだが……。

ヒースの姉であるダイアンが方南学園ストライド部のスポンサーを引き受ける条件として提示したのは吉祥寺で行われるストライドフェスで勝利することだった。方南学園ストライド部を存続させるためにもこの試合に負けることはできない。しかし相手は男女を問わず幅広く人気を集めているアイドルグループ《ギャラクシー・スタンダード》、通称ギャラスタとしても活躍する諏訪怜治率いるストライドの強豪・西星学園で……。

高校ストライドの東日本大会である《エンド・オブ・サマー》へと続く戦いがついに幕を開ける。トライアル・ツアーの初戦が熱海で行われると聞き、陸は温泉に入れると喜ぶ。そんな陸に喝を入れる壇。3年のヒースにとってはこの戦いが《エンド・オブ・サマー》への最後の挑戦となる。重々しい空気を吹き飛ばすように楽しくやろうと笑うヒースの言葉に気合いを漲らせるのメンバーたち。しかし歩は上手く走ることのできない自分に思い悩んでいた。

三橋高校との試合で怪我をしてしまった歩。大事には至らなかったが、完治するまでにかなりの時間がかかることから、次の試合に出場することは絶望的な状況となってしまう。このまま方南学園ストライド部の夏を終わらせるわけにはいかないと新たなチームメンバーを探そうとする陸たち。しかし誰に声をかけてもその答えは芳しくない。どうやらその原因はかつて方南学園ストライド部にいた久我恭介が起こしたKGB事件にあるらしいのだが……。

怪我をしてしまった歩に代わる新たなチームメンバーが揃うことのないまま、ついに一条館高校との試合の日がやってくる。ウォーミングアップやストレッチをしながらも気持ちの落ち着かない陸たち。奈々のタブレットの上に置かれたオーダー表は白紙のまま、刻一刻と試合に出場する選手たちのエントリーの締め切り時間が近づいてくる。このまま棄権するほかないのかと思われたそのとき方南高校ストライド部の前に久我恭介が現れる。

陸やヒースにとっては辛く厳しかった期末テストが終わり、ついに《エンド・オブ・サマー》の頂点を決める決勝トーナメントが始まろうとしていた。そんなとき西星学園から合同合宿の誘いが舞い込んでくる。ストライドの強豪校として名高く、練習のための設備も充実しているといわれている西星学園と共に練習ができることに期待を膨らませる陸たち。西星学園ストライド部の合宿所に到着した陸たちが目にしたものは想像を超える光景で……。

西星学園との合同合宿を終えて、レベルアップを果たした方南学園ストライド部の面々。そしてついに《エンド・オブ・サマー》の頂点を決める決勝トーナメントが始まり、方南学園ストライド部は決勝トーナメントに進んだ４つの高校の組み合わせを決めるタイムトライアルに臨む。タイムの計測を目的としつつもレース形式で行われるタイムトライアル。陸たちの相手になるのは花京院高校という高校ストライドでは無名の学校だった。

タイムトライアルで花京院高校に大差をつけられて負けてしまった陸たち。暗いムードが漂う中、壇は方南学園ストライド部はまだまだ成長の余地を残しているのだから、一ヶ月後に迫るエンド・オブ・サマーの決勝戦トーナメントに向けてやるべきことに集中しろと喝を入れる。壇の言葉を受けて心機一転、練習に熱の入る方南ストライド部の面々だったが、些細なことから陸と尊が仲違いしてしまい……。

どんなに練習をしても良い結果を出すことのできない陸。焦りだけが募っていき、努力が空回りしていく。誰よりも才能があるのに誰よりも練習に打ち込む兄の姿を見ているうちに、どんなに頑張っても兄のようにはなれないと一度はあきらめてしまったストライド。また始めることができたのに再びくじけてしまいそうな心をどうにか立てなおそうとするが、気持ちはどんどん沈んでいってしまう。

ついに明日へと迫ったエンド・オブ・サマー決勝トーナメントの初戦。良きライバルとして互いに切磋琢磨してきた西星学園との試合を前に、陸は尊に感謝の気持ちを伝える。今ここにいることができるのは尊が無理矢理ストライド部に誘ってくれたからだと。しかし尊はその言葉に対して、自分が誘わなかったとしても陸と奈々、そして尊の三人は方南学園でストライドをすることになっていたと話す。

高校ストライド東日本大会《エンド・オブ・サマー》の頂点を決する戦いが始まろうとしている。試合の相手はタイムトライアルで大差をつけられ敗北を喫した花京院高校。陸たちは勝利を掴み取るために練習に励む。そんな中、尊は陸に花京院戦でアンカーとして走れと言う。花京院高校のアンカーは恐らく八神巴。相手が巴のとき、陸は一番速くなる。尊の言葉に陸もまたアンカーとして走らせて欲しいと頭を下げる。