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刑事事件を専門に扱う型破りな弁護士・深山（松本潤）らの活躍を描く第2弾。斑目法律事務所の刑事事件専門ルームでは、常識外れな調査を行う深山に不満を抱く弁護士が次々と辞めてしまい、室長も定着せずにいた。それを見かねた所長の斑目（岸部一徳）は、元室長の佐田（香川照之）を呼び戻す。

深山（松本潤）の父親・大介（首藤康之）は殺人容疑で逮捕され、本人否認のまま獄中死していた。斑目（岸部一徳）に協力を頼まれた舞子（木村文乃）は、深山のいる金沢へ。一方、深山は金沢地検に異動した丸川（青木崇高）を訪ねる。深山は丸川に、殺害現場に落ちていた第三者の遺留品を見せ、再調査を頼む。

ロック歌手のジョーカー茅ヶ崎（宇崎竜堂）が、殺人容疑で取り調べを受けているとの報道が流れる。深山（松本潤）らは、茅ヶ崎が行った記者会見に佐田（香川照之）が同席していたことから、佐田が茅ヶ崎の弁護を担当している事を知る。記者会見後、世間の流れが茅ヶ崎の潔白に傾く中、佐田の元にある情報が入る。

エンジン開発の下請け工場内で、元請けの専務が殺害される。犯人は下請け会社社長で、犯行後に自殺し、不起訴処分となっていた。被疑者の妻・梢（有森也実）は深山（松本潤）らに夫の無実の証明を依頼。また、遺書とされた夫のメールに違和感があると言う。梢は、被害者側から損害賠償請求をされていた。

少年事件の弁護をすることになった志賀（藤本隆宏）が、深山（松本潤）をまねて事件を再現しけがをする。動けない志賀に変わり、深山が強制わいせつ事件の容疑で逮捕された山崎（市川理矩）の接見へ。母子家庭の山崎は刑事に脅され自白してしまったと告白。深山は犯行時刻に山崎が飲食店にいたことを突き止める。

すし店店主・新井（竜雷太）が、不動産会社の平田（三又又三）の殺害容疑を掛けられていると相談に訪れる。深山（松本潤）と舞子（木村文乃）は、たばこ店店主・飯田（ダンカン）から、ある情報を聞き出す。そんな中、雄太（佐藤勝利）が平田殺害容疑で逮捕されたという報道が流れ、舞子はがくぜんとする。

佐田（香川照之）が裁判制度を批判し、話題に。そんな中、佐田が顧問弁護士を務める会社の社長・緒方(ヒャダイン)が3000万円を持ち逃げして行方不明に。検察庁に呼ばれた佐田は、緒方の失踪日に現金をやりとりしていたとして、業務上横領ほう助の容疑で逮捕される。深山（松本潤）は佐田の無実を証明するため調べ始める。

選挙を目前に控えた、元文部科学大臣・藤堂正彦（佐野史郎）議員の選挙事務所で、毒物による殺害事件が起きた。事務所に送られてきた羊羹ようかんを食べた、藤堂議員と妻の京子（森口瑤子）、後援会長の金子源助、第一秘書の上杉の4人のうち、上杉が死亡し、藤堂の妻・京子は意識不明の重体になった。事件後、羊羹の送り主である、ニシカワメッキ社長・西川五郎（おかやまはじめ）は逮捕・起訴されていた。羊羹に混入されていた毒物は鑑定の結果、依頼人の会社が保有するものと一致していた。しかも、新規事業のために西川は、藤堂議員に陳情に行き断られていたという動機まで発覚。絶対的不利な状況の中、別人のように乗り気な佐田（香川照之）。一方、深山（松本潤）はある矛盾に気付く。そこで、斑目所長（岸部一徳）の紹介で、個人で鑑定をやっている元科捜研・沢渡清志郎（白井晃）に鑑定を依頼し、重要な証拠を見つける。そんな中、舞子（木村文乃）は、この裁判の裁判長が川上（笑福亭鶴瓶）であることを知る…。不気味な笑顔を見せる川上。そして、川上から深山たちに予期せぬ判決が—

元大臣・藤堂（佐野史郎）の議員事務所に毒入りようかんが届き、それを食べた秘書が死亡。贈り主が逮捕され、佐田（香川照之）が依頼を受ける。そんな中、元科捜研で今は独自の手法で鑑定を行っている沢渡（白井晃）が毒物の再鑑定を申し出る。沢渡は2年前の事件と同一だと指摘し、深山（松本潤）が調べ始める。