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ソーシャルゲーム「魔法少女育成計画」には、何万人かに一人の割合で本物の魔法少女になれるという噂が存在していた。幼い頃から魔法少女に憧れていた中学生、姫河小雪もゲームをプレイするひとり。ある日、いつものようにゲームをプレイしていると、マスコットキャラクターのファヴが突然、小雪に語り掛け、本物の魔法少女に選ばれたことを告げる。

マジカルキャンディー獲得数の少ない者は一週間に一人ずつ魔法少女の資格をはく奪される。突然のファヴの発表に動揺を隠せない魔法少女たち。リップルこと細波華乃も自称"相棒"のトップスピードとともに人に役立つことを必死で捜す。そんな中、夢の中でしか活躍できない"ねむりん"だけはマイペースに過ごしていた。そして、ついに最初の脱落者が発表された。

なんとか脱落を免れようと魔法少女達が奔走するなか、ファヴとクラムベリーとの会話記録を偶然発見するシスターナナ。その会話内容によって脱落した魔法少女の処遇が明らかになる。魔法少女達に不安と動揺が広まる中、ファヴからゲームシステムのバージョンアップの知らせが入る。

マジカルキャンディーを奪うためスノーホワイトとラ・ピュセルに襲撃をかけるルーラとその配下達。必死に応戦するラ・ピュセルだが、あえなくキャンディーをルーラ達に奪われてしまい、打ちひしがれるスノーホワイト。二人目の脱落者の発表と時を同じくして、黒衣をまとった16番目の魔法少女が登場する。

平和的な解決を皆で考えようと魔法少女達に提案するシスターナナ。彼女のそんな偽善性に不愉快さを隠そうともしないリップル。挫けることなく活動を続けるシスターナナの元にクラムベリーから会いたいと連絡が入る。理解者が現れたと喜ぶシスターナナはウィンタープリズンと共に待ち合わせ場所へと赴くが―。

突如ラ・ピュセルに勝負を挑んでくるクラムベリー。意図がわからないまま挑戦を受けるラ・ピュセル。数日後、三人目の脱落者と新アイテムの追加がファブから発表される。コンビを組みたいと願い出るマジカロイド44に条件を提示するカラミティ・メアリ。その条件とは｢一人殺してこい｣というものであった。

唯一の理解者を失い傷心のスノーホワイトが、自分に執拗に接近をはかろうとするハードゴア・アリスの影に怯えている頃、カラミティ・メアリはファヴと個別交渉をはかってマジカロイド44を殺した者の名前を知る。混迷の状況の中でスイムスイム達もある作戦を決行しようとしていた。

同志を求め訪れてきたシスターナナとウィンタープリズンに奇襲をかけるスイムスイム達。シスターナナを庇い応戦するウィンタープリズン。一方、カラミティ・メアリに呼び出されるリップルとトップスピード。トップスピードから身の上話を聞かされるリップル。だがその姿を、何者かの銃の照準が狙いを定めていた。

リップルを挑発するため、無差別に国道の自動車を爆破炎上させていくカラミティ・メアリ。その光景を目の当たりにし、怒りに燃えるリップル。この惨劇に巻き込まれた人々を救うべく現場に向かうスノーホワイトとハードゴア・アリス。炎と銃声と悲鳴が交錯する中、別な者達も虎視眈々と獲物を狙っていた。

多数の犠牲者を出した国道の惨劇から数日後、失ったものを互いに埋め合わせるかのように心を通わせていくスノーホワイトとハードゴア・アリス。脱落者の発表と共にルール変更の発表がされる。それは残り人数を更に4人に減らすというものだった。ゲームが終わっていないことを知った魔法少女達はそれぞれの行動に出る。

次の標的をクラムベリーに決めたスイムスイムは、クラムベリーをおびき出して急襲するという作戦を実行に移す。だがクラムベリーこそ最強にして最凶の魔法少女であった。一方、トップスピードの仇を討つことを決意するリップルは、スイムスイムの情報を教えてほしいとスノーホワイトを呼び出す。

スノーホワイトの必死の説得もむなしく、スイムスイムとの命をかけた戦いに向かってしまうリップル。殺しあい死んでいく魔法少女達に、最後までなにもできなかった自分の無力に絶望する小雪。もう魔法少女にはなれない、とこぼす小雪に、ファブが｢魔法少女育成計画｣の真の目的を語り始める―。