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浅間山に謎の巨大宇宙生命体が現れ、日本軍は壊滅的打撃を受けていた。死んだはずの早乙女の下、集結するドラゴン軍団。それを迎え撃つBT-23だったが、力の差は歴然としていた。武蔵と弁慶、そして早乙女殺しの容疑で投獄されていた竜馬は、自らの目で早乙女博士の復活を確かめ、その野望を阻止しようと立ち上がる。

遂に完成した早乙女の野望・真ドラゴン。2号機、3号機を失った竜馬は、残った1号機を自爆させ早乙女を殺そうと試みるが、早乙女の乗るドラゴンにそれを阻まれてしまう。絶体絶命の竜馬は、その時地中から現われたゲッター2とゲッター3に助けられる。ところが、逃げだす早乙女ドラゴンにインベーダーが食らいつき…。

異常なゲッターエネルギーに反応し、国際機密連合より発射された巨大ミサイル。インベーダーの襲来や早乙女の陰謀、巨大恐竜の出現の全てを知っているようなコーウェンとスティンガー。全てが彼らの仕組んだ罠の如く、浅間山には重陽子ミサイルが迫っていた。竜馬たちは真ゲッターでミサイルの爆破を阻もうとするが…。

真ドラゴンが崩壊し、世界全土がゲッター線に汚染されてから13年。生き残った人々は地下で生活をしていた。そして今、弁慶とケイたちの出現で時が動き始める。地上に出た彼らの眼前では、インベーダーとスーパーロボットの戦いが繰り広げられていた。自分たちの他に生き残った人類が奮戦していた事に驚くケイたちは…。

突然、ランバートがインベーダーへ変体した。対処する間もなく、刺される弁慶。一方、戦い続けていた隼人率いる反乱軍は、余りのインベーダーの強さに撤退を余儀なくされる。そして今度は、BT−23で偵察に出ていたガイたちがインベーダーに襲われる。その時、ゴウ、ケイ、弁慶の乗った真ゲットマシンが駆け付ける。

隼人の指揮する反乱軍のスーパーロボットたちは、メタルビースト・バロゾフを前に苦戦していた。そこに真ゲッター1、そして真ゲッター3で応戦し、メタルビーストを倒すゴウ、ケイ、ガイ。一方、その真ゲッターのパワーにほくそ笑むコーウェンとスティンガーたち。そしてその後ろには早乙女の姿が!!

早乙女に立ち向かったケイの真ジャガー号は、バランスを崩しそのまま落下。真イーグル号との合体でケイを救ったゴウだったが、突如起動した真ドラゴンの中へ取り込まれてしまう。エネルギーを集約し、内部変体するかの様な真ドラゴン。その時隼人は、一時的に弱まった真ドラゴンを破壊すべく戦闘隊を出撃させるが…。

地中に潜った真ドラゴンを追跡中の飛行基地・クジラに、北極でSOSをキャッチしたという隼人からの通信が入る。弁慶と、真ゲッターに乗ったゴウ、ケイ、ガイが向かった先では、メタルビーストと戦う村人たちがいた。インベーダーの猛攻に手も足も出ない真ゲッター。そこへ突然、漆黒のゲッターが出現し…。

飛行基地クジラで真ドラゴンの探索中、ニューヨークからのSOSをキャッチした弁慶たち。だがその信号はインベーダーの罠で、廃墟と化したニューヨークにはメタルビーストが待ち受けていた。戦闘中、再び謎のブラックゲッターに助けられたケイたち。そのブラックゲッターに乗っていたのは、あの流竜馬であった。

敢然と早乙女に挑んだ真ゲッターとブラックゲッターだが、逆に早乙女の陽動作戦にはまり、ピンチに陥ってしまった。その頃、太平洋上の孤島で遂に真ドラゴンが出現する。早乙女の下、孤島に集結する全メタルビースト。事態を察知したスーパーロボット軍も孤島に向かう。しかし、早乙女は真ドラゴンと融合してしまい…。

真ドラゴンに融合した早乙女は、無限の力を手に入れてしまった。一方、真ドラゴンに感応し、ゴウの生体活動は止まってしまった。弁慶とともに真ゲッターで戦いを挑む竜馬だったが、覚醒した真ドラゴン相手に全く歯が立たない。そして、隼人は死を覚悟の上、タワーごと真ドラゴンに体当たりするのだった。

ストナーサンシャインの閃光一発、崩れていく邪神・真ドラゴン。再起したゴウは、ケイ、ガイと共に真ドラゴンに乗り込み、シンクロを始める。巨大インベーダーと戦う竜馬たちが苦戦を強いられる中、真ドラゴンからすさまじい量のエネルギーが放出された。地球上を覆ったそれは、ゲッターエネルギーを吸収していき…。

木星をゲッター太陽化してしまったコーウェンとスティンガー。木星の軌道を離れた小惑星・ガニメデは、インベーダーの大群と共に地球に落ち始める。出撃する初代Gチームだが、強力なインベーダーに苦戦を強いられてしまう。その時、復活したゴウと共に超巨大な真ドラゴンが現われ、真ゲッターとタッグを組んだ！