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大物代議士のパーティーが行われた豪華客船。不審な人物を匂いで嗅ぎ当てた男がいる。特殊な嗅覚で事件を解決するコンサルタント・華岡信一郎（阿部 寛）、アメリカではスニッファーと呼ばれていた。一方、警視庁の特別捜査支援室では、人情派刑事の小向達郎（香川照之）が着任早々、華岡との事件捜査を命ぜられる。正体不明の凶器で要人たちが次々と狙われる難事件。華岡は現場に残されたわずかな匂いから、犯人像をあぶりだす……。

白昼オフィス街で起きた連続狙撃事件。遠く離れたビルの屋上から、ライフル銃で狙ったプロのスナイパーによる犯行だった。特殊嗅覚を持つ華岡信一郎（阿部寛）は、射撃現場の匂いから犯人は日本人と推定した。そしてわずかに残された花と土の香りから、事件の真相を探る。一方、小向刑事（香川照之）は聞き込みを続ける中、競技射撃の選手時代にチームメイトだった仙崎（トータス松本）が、渡米したまま行方不明であることを知る…。

天才画家・佐伯雲天の名画がドイツから返還されることになった。報道陣への公開の場に居合わせた華岡（阿部寛）は、絵の匂いから、これがニセ物だと主張する。文科省を巻き込んだ大騒動になるが、科学鑑定の結果、絵は本物と証明され、華岡は窮地に立たされる。華岡は美術館の館長・塔子（川原亜矢子）がニセ物作りに関わっていると疑い、達郎（香川照之）と捜査を進める。そんな矢先、華岡は何者かに襲撃を受け、嗅覚が使えなくなる…。

ある宗教施設の中で、教団の女性幹部が殺される事件が起きた。教祖の徳大寺照子（黒木瞳）は、旧知だった華岡を呼び出し、教団に潜む裏切り者を嗅覚で捜し出すように依頼する。そんな中、さらなる事件が教団の内部で起き、達郎たち警察も本格的な捜査に乗り出す。どの殺人現場にも残されている謎の植物の香り、その正体を突き止めようとする華岡だが、何者かに命を狙われる…。

人気キャスター鹿島吾郎（原田泰造）の隠し子が誘拐された。犯人の要求は一億円。さらに今晩のニュース番組で、不倫を告白しろと言う。華岡（阿部寛）は誘拐現場に残された匂いから、犯人像を分析。さらに達郎（香川照之）とテレビ局に潜入、鹿島に恨みを抱く人物を極秘に探り始める。そんな中、新たな脅迫状がテレビ局あてに送られてくる。鹿島は華岡に、夜十時の生放送までに犯人を捜し出せと厳命。残された時間はわずかだった…。

華岡（阿部寛）の娘・美里（水谷果穂）が殺人容疑で逮捕された。華岡は恵美（板谷由夏）と警察に行くが、担当の鬼島刑事（尾美としのり）は事件について一切話さない。不審に思う華岡は、達郎（香川照之）と犯行現場に潜入、匂いを調べると、美里が違法薬物の取引に巻き込まれていたことがわかる。そんな中、華岡の家にも捜査が及ぶ。帰る場所を失った華岡は小向家に世話になり、達郎の母（吉行和子）から思わぬ歓迎を受ける…。

華岡（阿部寛）は女医の由紀（井川遥）に思いを打ち明け、自宅に誘う。しかし約束の時間になっても、彼女は来ない。その頃、由紀は夫・桐生（戸田昌宏）と刑務所で会っていた。桐生はある事件で有罪判決を受けていた。一方、華岡には差出人不明の荷物が届けられる。中身は多発する失踪事件の手掛かり、そして犯人からの無臭の挑戦状だった。華岡は達郎（香川照之）と捜査に乗り出すが、その後も次々とメッセージが送りつけられる…。