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ひきこもりの少年・桜田ジュンの元に「まきますか まきませんか」とだけ書かれたダイレクトメールが届いた。《まくこと》を選択したジュンの元へ届けられたのは第５のローゼンメイデン真紅。 そしてジュンの前に次々と現われる個性豊かなドールたち。なし崩しに真紅のしもべとなったジュンは、ローゼンメイデンの命とも言える《ローザミスティカ》を奪い合うアリスゲームに巻き込まれる。

《まかないこと》を選択したジュンは、真紅と出会うことなく成長し大学生となっていた。ひきこもりを克服したものの、大学やバイト先の書店では自分の居場所を見つけられず鬱屈とした日々を過ごしていたジュン。ある日、バイト先で「週刊 少女のつくり方」という雑誌を見つける。それは毎号の付録を組み立てることで幻のアンティークドール・ローゼンメイデンが完成するというものだった。

「週刊 少女のつくり方」が休刊することを知り途方にくれるジュン。そんな中、ふたたび《まいた世界のジュン》から携帯にメールが届く。メールには、訳あって身動きが取れない自分の代わりに真紅を完成させてほしいと書いてあった。にわかには信じがたい状況ながら、別の世界の自分の話を無視できず、ジュンはまいた世界のジュンの指示のもと真紅の制作を再開する。

夢の中で《ｎのフィールド》に導かれたジュンは、真紅とつかの間の邂逅を果たす。目覚めたジュンを待っていたのは、眠る前とは明らかに変化している真紅のボディだった。そして真紅の人工精霊・ホーリエの導きのもと、真紅を目覚めさせることに成功する。目覚めた真紅は、《まいた世界》に戻る手段がないと悟ると、ジュンを仮しもべにすることを高らかに宣言する。真紅の有無を言わさぬ態度に辟易しながらも、ジュンは彼女との共同生活をスタートさせる。

ジュンの部屋に「新・少女のつくり方」が届けられた。真紅は雪華綺晶の罠を警戒して、それを決して開けてはならないと忠告する。 その後、バイトに出勤したジュンは、同僚の女性である斉藤から、演劇の公演用衣装についてアドバイスしてほしいと頼まれる。何かが変わる気がする――そんな予感を覚えながら帰宅したジュンを待っていたのは、部屋の中で盛大に喧嘩する真紅と第１のドール・水銀燈の姿だった。

斉藤に誘われて劇団の練習が行われている公民館にやってきたジュン。そこで大道具係をやっているという斉藤の兄を紹介され、彼とともになぜか大道具作りを手伝うことに。一方、ジュンの部屋では犬猿の仲である真紅と水銀燈が火花を散らしていた。第４ドール・蒼星石のローザミスティカを奪い、アリスになることに執着する水銀燈に対して、真紅はみずからの罪を独白する。

日課である朝のティータイムを楽しんでいた真紅のもとに、水銀燈の人工精霊のメイメイとレンピカが現われた。何やら水銀燈が倒れてしまったらしく、真紅に助けを求めてきたのだった。一方、バイト先で斉藤と話をしていたジュンは、店長の口から放たれた悪意に満ちた言葉が脳裏から離れずにいた。そんな中、ジュンの周りに次々と出現する「新・少女のつくり方」。それはまるでジュンに早く人形を完成させろと急かしているようで――。

本格的に劇団の裏方作業を手伝いはじめたジュン。公演に向けて斉藤や他の劇団員たちと作業をしていく中で、彼は今までにない充実した日々を過ごす。そんな中、あと少しでバイトの上がり時間を迎えようとしていたジュンに災難が降りかかる。在庫の数が合わないことを知った店長が、犯人を斉藤だと決め付け、その後始末を斉藤とジュンに押し付けようとして――。

斉藤たちの劇団による舞台がついに開演の時を迎える。やるべきことはすべて終えたジュンは、斉藤たちにすべてを任せ客席で見守ることに。そんな中、舞台を観ながらこれまでのことを感慨深げに振り返っていたジュンの隣に、なぜか水銀燈が現われる。一方、小道具として舞台に出ることになった真紅もまた不吉な予感を得ていた。そんな２体のローゼンメイデンの予想通り、ついに雪華綺晶が現実世界に実体化を果たす――。

雪華綺晶の依り代となった蒼星石のボディを守ろうとして、真紅と水銀燈の前に立ちふさがる第３ドールの翠星石。一方、雪華綺晶の実体化を図らずも手助けしてしまい、後悔の念にかられるジュンは、真紅に自分から契約を願いでる。しかし真紅は、これ以上ジュンを巻き込むことに躊躇していた。そんな中、雪華綺晶、翠星石、そして水銀燈までもがジュンと契約しようと割り込む予想外の展開を迎える――。

雪華綺晶の世界に侵入した《まいた世界のジュン》は、道中でラプラスの魔と遭遇する。傍観者を気取るラプラスを適当にあしらいつつ先を急いでいたジュンは、真っ暗な谷底の奥で、ある物を見つける。一方、２つの世界を元に戻すための鍵を見つけた真紅たち。翠星石は鍵を作動させるには自分と蒼星石２人が揃わないといけないと語る。しかし、蒼星石を目覚めさせるためには、水銀燈が持つ蒼星石のローザミスティカが必要だった――。

蒼星石と翠星石の力によって時間が止められた世界は動き出したものの、タイムリミットを迎えた真紅のボディは砕け散ってしまう。みずからの選択が招いた事態に絶望しかけたジュンだったが、そこに《まいた世界のジュン》と第２ドールの金糸雀が駆けつける。《まいた世界のジュン》は本物の真紅のボディをジュンに託し、真紅を復活させろと告げる。一方、水銀燈は、第６ドールである雛苺がみずからローザミスティカを真紅に差し出したと知って衝撃を受ける。

真紅たちと別れてジュンは元の世界へと戻ってきた。斉藤達の公演も無事に終わり、真紅たちと過ごした時間が本当は夢だったのではないかと思うほどに、ジュンはあっさりと元の生活に戻る。あいかわらず店長にはいびられるものの、少し親密になった斉藤との関係を含めジュンは希望めいた感情を覚える。そんなある日、本社の部長がバイト先に訪れたことをキッカケにジュンに転機が訪れる――。