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警察庁警備局長の鍛治（長塚京三）によって組織された特捜班が、国家の危機に立ち向かう姿を描く。稲見（小栗旬）ら特捜班のメンバーたちは、岡本文科大臣（窪園純一）の命を狙うテロ犯を秘密裏に処理するという初任務を終える。しかし、間もなくして新たな事件が発生。特捜班が現場に駆け付けると、そこには首に爆弾を巻かれた宇田川外務大臣の息子・圭介（白洲迅）の姿が。犯人は、圭介の悪事を外務大臣が謝罪することを要求。特捜班は、遠隔操作で爆発する爆弾に手を焼きながら、犯人の特定も急ぐ。

田丸（西島秀俊）の元に、昔から知るジャーナリストの男性から「国家の危機について相談したい」と電話が入る。しかし、男性は目の前で殺されてしまう。田丸は、男性が残した一軒家の画像と「アリス」という言葉を手掛かりに、「国家の危機」について調べることに。そんな中、田丸も何者かに襲われてしまう。

贈収賄疑惑の渦中にいる大物政治家が、白昼堂々3人の男たちに殺される事件が発生。さらにその直後、与党の公式サイトがテロリスト集団に乗っ取られ、犯行声明が掲載される。殺人事件の犯行映像を見た稲見（小栗旬）は拳銃に特徴があることに気付き、田丸（西島秀俊）と共に裏社会のブローカーに会いに行く。

特捜班メンバーは、新たな特命としてミサイル研究を行う東京工業科学大学の教授・有馬（小市慢太郎）の警護を命ぜられる。吉永（田中哲司）らは、有馬が日本を出国するまで交代で見張りを行うことに。そんな中、任務に就いていた稲見（小栗旬）と樫井（野間口徹）が、有馬の研究室に仕掛けられた爆弾に気付く。

特捜班は、政治家を恐喝している暴力団排除の特命を受ける。潜入捜査を行うことになった稲見（小栗旬）は、拘置所の中で暴力団組員の沢田（杉本哲太）に接触。保釈後に再会し、沢田が所属する暴力団事務所へ向かう。沢田らの目を盗んで吉永（田中哲司）ら特捜班に経過報告をする稲見は、ある違和感について打ち明ける。

11年前に発生した地下鉄爆破テロ事件の容疑者の男が見つかり、特捜班に男の確保が命ぜられる。地下鉄の各駅で厳戒体制が敷かれ緊張感が漂う中、田丸（西島秀俊）は稲見（小栗旬）をテロが起きた駅に誘い、当時を振り返ることに。その頃、大山（新木優子）は男を誘導するためのわなを仕掛けていた。

日本経済連盟の公式サイトがテロリスト集団「平成維新軍」によってハッキングされる。特捜班には実行犯の特定が命じられたが、大山（新木優子）は昔のハッカー仲間・坂本（今井悠貴）が怪しいと、吉永（田中哲司）らに報告する。稲見（小栗旬）と田丸（西島秀俊）は大山の情報を基に捜索し、坂本の居場所を突き止める。

田丸（西島秀俊）は、千種（石田ゆり子）から新興宗教団体に潜入中の林（眞島秀和）が、あるテロ計画の情報を入手したと聞く。さらに、落ち合った林からは、「情報を提供する代わりにスパイをやめたい」と交渉を持ち掛けられる。稲見（小栗旬）ら特捜班は、林の案件を一人で背負おうとする田丸を気に掛ける。

ある日、鍛治（長塚京三）から呼び出しを受けた稲見（小栗旬）は、「自衛隊時代の同期である結城（金子ノブアキ）が突然行方不明になった」と告げられる。自衛隊員として優秀だった結城がなぜ失踪したのかと気に掛ける稲見の前に、突然結城が姿を見せる。一方、田丸（西島秀俊）にも不穏な影が忍び寄る。

稲見（小栗旬）と田丸（西島秀俊）は、結城（金子ノブアキ）が特捜班のオフィスに仕掛けた爆弾の解除を試みるも間に合わず、爆発を許してしまう。結城の行き過ぎた行動を機に、稲見は特捜班に過去の秘密を明かす。その後、特捜班は結城が総理大臣・岸部（竜雷太）をテロの標的にしているのではないかと警戒を強める。