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『遊びの神』と呼ばれる少年、未門友牙は親友の加古川ランマと一緒に『RanGaちゃんねる』を運営する友チューバーだ。そんな友牙がバディファイトを始めることに！初めて選んだパックから現れたのは『闘いの神』の異名をほこるガルガンチュア・ドラゴン！さらにそこへバディポリスの長官をつとめる龍炎寺タスクまでもがやって来た！

友牙のバディとなったガルガが未門家で暮らし始めた。初めて食べたタコ焼きに心を奪われたり、お風呂でノンビリしたりと人間世界の生活を楽しむガルガ。いっぽう友牙はバディのいないランマのことを気にかける。そんな最中にランマが「ファイトしようぜィ！」と言い出した。かくして相棒学園の昼休みに二人のファイトが始まる！

隣のクラスの星詠スバルは『勉強の神』と呼ばれる天才少年。スバルが実はバディファイターだと知った友牙＆ランマは、さっそくファイトしようと考える。スバルは他人をまったく寄せつけないタイプだったが、なぜか友牙にだけは心を開きファイトを了承。こうして『遊びの神』と『勉強の神』の対決がスタートする！

相棒学園に転校生がやって来た。その名は陸王マサト。抜群の運動神経を誇る万能アスリートで面倒見のいい『スポーツの神』である。バディファイターとしてもスゴ腕だというマサトにファイトを持ちかける友牙＆ランマ。しかしマサトは二人を見るなり大激怒！なぜかマサトは友牙たちを悪の友チューバーだと思い込んでいたのだ。一体なぜ――？

相棒学園の恒例行事『ABCカップ』がついに開幕！その最中、マサトに上級生が因縁をつけてくる。地球最強のファイターをめざす鬼塚バンジョウという札付きのワルだ。そんな二人が『ABCカップ』で激突！バンジョウは得意の『強奪』でマサトを苦しめる。しかしマサトにはとっておきの切り札があった――！！

『ABCカップ』一回戦第2試合は友牙とランマの親友対決！ファイトのセンスに長けた友牙に対して、先輩ファイターであるランマは負けるものかと闘志を燃やす。友牙のことを知り尽くしたランマは友牙にとって強敵だ。そして始まるファイト！意地とプライドをかけたランマの猛攻に苦戦をしいられた友牙は――！？

むかしむかしあるところに、妄想するのが得意な、夢語（ゆめがたり）メルという子がおりました。メルは赤ずきんエマという可愛いモンスターをバディに持つダンジョンワールド使いのバディファイターで、しかもスバルにひそかな想いを寄せています。そんな彼女が『ABCカップ』でスバルと闘うことになったから、さあ大変！

『ABCカップ』の休日。友牙たちは『喫茶みこの』でファイトの疲れをいやす。店の看板娘である神子野ミコはファイターであったが、ランマと同じくバディがいない。パックを入手しに行った一同は、悪の友チューバー、ダ★ダーンに遭遇。ミコがピンチに陥ったその時、彼女の持っていたパックがまばゆい光を放った――！！

違法モンスターの脅威から人々を守る謎のヒーロー、銀河超人コスモマン！その正体はヒーローワールドを使うバディファイター、世界マモルであった。その秘密を知ったマサトに、マモルは正体を隠したままで「自分を鍛えてほしい」と言い出した。かくして『ABCカップ』で対決を控えた二人のトレーニングがスタートする！

『ABCカップ』準決勝第二試合は友牙とスバルの対決だ！ファイトに先立ち結果を占うクロス。いっぽう友牙＆ガルガはオモシロ動画を撮ったり、テレビの取材を受けたりしながらも、一度負けた経験のあるスバルとのファイトを強く意識していた。いっぽうクロスはスバルに問いただされて、占いの答えをスバルに伝える。その驚きの内容とは―――？

友牙との決勝戦にそなえてトレーニングをおこなうマサト。そこへ友牙＆ランマがやって来た。マサトの協力を得て『RanGaちゃんねる』でおこなわれる応援投票。しかし悪の友チューバー、ダ★ダーンの妨害にあってしまう。力をあわせてダ★ダーンをこらしめた友牙とマサトは、さらにたがいの絆を深めて『ABCカップ』の決勝戦にのぞむのだった！

ついにクライマックスを迎えた『ABCカップ』の決勝戦！友牙もマサトも持てる力のすべてを注いでの大激突！　そのいっぽうでランマに静かなる異変が起きていることに誰も気づかない。そしておこなわれる『喫茶みこの』での祝賀会。『ABCカップ』に出場したみんなが盛り上がる中、そこにやって来たランマは……！！

夏休みも終わりが近づき、宿題をする友牙であったが、ランマの豹変が気になって仕方がない。そんな友牙のもとへ驚くべきニュースが！ランマが引っ越しにともない転校するというのだ。ランマとの再会を果たす友牙。ランマは別れる前にファイトがしたいと言い出す。それは悪夢のような闘いの序章であった――！！

ランマが欲してやまなかったバディレア。その正体は、太古、ガルガたち神々によって次元の彼方に封印され滅亡した《ロストワールド》でただ一体生き残ったモンスター、凶乱魔竜 ヴァニティ・骸・デストロイヤーであった。デストロイヤーの未知の力によってランマは乱魔に変貌し、さらに友牙に牙をむく！そしてついに《ロストワールド》の本当の力が発動した―――！！

ランマとの友情の絆を失った友牙とガルガは、いまだにそのショックを引きずっている。彼らを心配するマサトやスバル、ミコたち。いっぽうバディポリスではタスク長官たちが、復活をはたした凶乱魔竜 ヴァニティ・骸・デストロイヤーに対する今後の対応策を協議していた。そんな最中、友牙の心に、ある異変が起きる。

カタナワールドに好奇心を刺激された友牙は、ミコとアマテラスの計らいで加持カネサダと鋼殻剣士 KUROGANEと出会う。カネサダはカタナワールドを使うファイターの中でもその人ありといわれる強者（つわもの）だ。おりしも日本一のファイターを決める『神バディファイター決定戦』がスタートする。その一次ショップ予選で、友牙とカネサダが激突する！

天才チェスプレイヤー、騎道セイジ。頭脳明晰な彼はスバルの友だちであった。勉強でもチェスでもスバルに勝てないセイジは複雑な思いをかかえていた。スバルに友情を感じながらも、同時に敵対心もいだいていたのだ。そんなセイジに乱魔が忍び寄る。「オレといっしょにスバルを倒そうぜィ」乱魔はそう言うと、不思議なパワーが秘められたカードを手にした―――