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2年生へと進級した綾小路たちは再びDクラスからのスタートとなった。 新年度を迎え、学校には全生徒に数値化した能力が見られるOAAというアプリが導入。 そして2年生になって最初の特別試験は、OAAを参考に1年生と2年生がパートナーを組んで行う 筆記試験であることが発表される。

七瀬と宝泉が去ったあと、綾小路たちに謝罪したのは1年Bクラスの八神だった。八神は櫛田と同じ中学出身のため、信頼できる櫛田にパートナーを組んでほしいと申し出る。一方の堀北たちは、Dクラスのパートナーを探して1年生に声をかけていくのだが……。

特別試験に向けて宝泉と交渉をしようとする堀北だが、会って話すことは拒否されてしまう。なんとしても1年Dクラスと対等な協力関係を結びたいと奔走する堀北に対し、七瀬が水面下での交渉を申し出る。

ついに始まった堀北と宝泉の交渉。プライベートポイントを出すことを協力の条件とする宝泉に対し、堀北は対等な関係を譲らない。交渉決裂の予感を察し、七瀬は綾小路から教わった情報を伝えて宝泉とさらなる交渉をしようとする。しかし、宝泉の強気な態度は変わらず――。

退学のかかった新1年生からの仕掛けを回避した綾小路。 しかし綾小路の特別試験の結果に2年Dクラスは騒然となり、不正まで疑い始めてしまう。 綾小路はクラスメイトから追及を受けることになり……。

今年の無人島サバイバル試験の開催が告知された。 期間は2週間で、さらに無人島は昨年よりも大きくなり、全学年で競い合うことになる。 その前に4週間、グループ作りのための期間が与えられ、全クラスを巻き込んだ人材獲得合戦が始まる。

年生たちがクラス間で無人島サバイバル試験に向けたグループ作りを進める中、 1年生たちも各クラスの代表者が話し合いのために集まっていた。 グループ参加を拒み続け、ポイントでの取引にしか応じないと 一点張りの宝泉に宇都宮が対抗し、その場が一触即発の状況になる。

無人島サバイバル試験のグループ作りの期限まで、あと1週間となった。 生徒会副会長の桐山に呼び出された綾小路は、次の特別試験で 南雲に挑もうとしていること、その邪魔をしないでほしいことを言い渡される。 そこへ、3年Bクラスの鬼龍院が声をかけてきて……。

全学年で得点を競い合う無人島サバイバル試験がついに始まった。 生徒たちは常時モニタリングされる腕時計をつけ、島の基本移動か、 無人島の各所に設置された課題をこなすことでグループごとに高得点を目指す。 月城理事長代理は生徒同士の小競り合いについて、ある程度認める方針だというが……。

無人島サバイバル試験2日目。 七瀬からの同行の申し出を受けた綾小路は七瀬と共に試験に臨んでいた。 七瀬があくまで綾小路の行動を最優先という中、次のキャンプ地に決めた場所が、 須藤たちのグループの指定エリアだとわかる。 綾小路たちは須藤から誘われて、彼らと合流することに。

薄暗い森の中、綾小路たちが緊急アラートの発生源を探すと 小宮と木下が意識を失って倒れていた。 目を覚ました小宮の話では、移動中に用を足しに離れた篠原を待つ間、 木下と話をしていると、突如、ふくらはぎに衝撃が走って斜面から落ちてしまったというのだが……。

無人島サバイバル試験7日目、綾小路たちの指定エリアの最短ルートは山越えだった。 雨が降り出しそうなこともあり、危険を伴うため迂回を提案した綾小路だが、 七瀬のたっての希望により山越えを試みる。 山頂までたどり着いたところで、七瀬は綾小路にある話を打ち明ける。

協力体制を敷いた綾小路と七瀬の前に天沢が姿を現す。 小宮と木下が転落させられた際、森の中でパーカー姿の特徴的な髪をした人物を 追いかけた七瀬はそれが天沢だと確信。 彼女に小宮たちを傷つけた犯人なのかを問う。

無人島サバイバル試験は10日目を迎え、総合得点で1位を走る南雲グループに2位の高円寺が僅差で詰め寄っていた。 高円寺を潰したほうがいいと判断した桐山は、3年生の6グループを総動員して、高円寺を封じ込めようとする。 しかし、高円寺は全く気にする素振りすら見せず――。

ついに動き出した1年生グループの綾小路包囲網。 椿の指示の下、綾小路の想定以上の規模で迫っていた。 綾小路に迂回をさせ続け、指定エリアを連続でスルーさせることで、ペナルティを発生させる作戦だ。 しかし、突如1年生グループの動きが止まってしまう。

一之瀬や南雲と別れた綾小路をI2で待っていたのは、月城理事長代理と司馬だった。 学校を去るつもりがない綾小路に対し、月城は司馬と二人がかりで綾小路を制圧しようとする。 その頃、綾小路退学を示唆するメモを手にした堀北は、記載のあったI2に向かうが……。