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黄金郷を求めて旅する決死隊「ガンジャ」。隊の一員・ヴエコが持つ「星の羅針盤」を頼りに未開の地の航海を続けていた。ある日、激しい嵐がガンジャ隊の船団を襲う。次々に他の船が波にのまれていく中、羅針盤が屹立していることに気づいたヴエコ。隊のリーダーであるワズキャンにすぐさま知らせたその時、嵐の向こうに島が現れる。ようやく辿り着いたその島で、ガンジャ隊は見渡す限りの巨大な大穴を見つける。

ボンドルドとの壮絶な戦いを終え、リコ・レグ・ナナチは二度と帰ってはこられないという「絶界行（ラストダイブ）」の末、ついに深界六層へと辿り着く。見たことのない建造物や生物を興味津々で観察するリコ。再び孤児院の仲間たちに手紙を書いて伝報船を飛ばすが、目の前で巨大な原生生物に邪魔されてしまうのであった。そんな中、探窟を続けるリコたちの背後に怪しい影が忍び寄る。

何者かに奪われたプルシュカ（白笛）を探すうちに、知性を持った「成れ果て」たちが棲む不思議な村に辿り着いたリコ・レグ・ナナチ。戸惑う3人は、住人の一人・マジカジャから「村の案内をする」と声を掛けられる。警戒しつつも、白笛の在りかを知っている様子のマジカジャの後をついて行くと、村の工房で成れ果てが白笛を削って加工していた。レグは慌てて止めようとするが、リコはプルシュカが嫌がっていないと感じ取る。

レグの前に、成れ果ての姫と呼ばれるファプタと謎めいた人形・ガブールンが姿を現す。ファプタはレグのことを知っている様子だが、レグは記憶が曖昧ではっきりと思い出すことができない。一方ナナチは、お腹を壊したリコのために、村の市場で水と果物を探す。マジカジャから村での取引には「価値」が必要だと教えられ、自分にとっての「価値」とは何かを考えるうちに「ミーティ」のことを思い出すが…。

マジカジャから「ミーティは三賢のべラフが使っている」と教えられたナナチ。べラフの部屋へ向かうと、そこにはお別れをしたはずのミーティの姿が…。取り乱すナナチに、べラフは「何を欲してここに来た？」と問いかける。一方ファプタと別れ、村へ戻ろうとするも道に迷ってしまったレグ。原生生物のリュウサザイに執拗な攻撃を受け、苦戦を強いられていたところをガブールンに助けられる。

自分自身を「価値」として売ってしまったナナチを取り戻そうとするリコ。「両目か、両足か、臓腑の半分か」とベラフに対価を迫られる。悩みながらも意を決するリコであったが、マジカジャが「何とられてもおわり」と寸前のところで止めに入る。さらにナナチも「ほっといてくれ」とミーティから離れようとしないため、マジカジャはリコを外へ無理矢理連れていくのであった。その矢先、原生生物のオオガスミが突如、村に襲い掛かる。

決死隊「ガンジャ」の生き残りだと明かしたヴエコは、「成れ果て村」の忌むべき成り立ちについてリコたちに語り始める。かつて「還らずの都」へと辿り着いたワズキャン率いるガンジャ隊。黄金郷を見つけたという喜びもつかの間、昇降による異形の呪いのせいで地上に戻ることができないことに気づく。隊員たちは「黄金郷で最初の民として生きていこう」と決意するが、食糧と水場の確保に難航する。

「水もどき」に侵され、次々と倒れていくガンジャ隊の面々。ついにヴエコも発症するが、ワズキャンから与えられた“香ばしいもの”を食べて回復する。同様にベラフも回復していたが、“香ばしいもの”を食べてしまったことを深く後悔し、精神を壊していた。動揺するヴエコを、ワズキャンは落ち着いた様子でイルミューイの元へ連れていく。そこでヴエコが目の当たりにしたのは…。

ナナチをベラフから取り戻すため、レグはファプタに「一部が欲しい」と話をする。すると“ある約束”を果たすことを条件に、ファプタは迷いなく自らの体の一部を引きちぎり差し出す。心配するレグをよそに、“不滅”であるファプタは平気な様子だが、血の匂いにけものたちが狂い出してしまう。レグは急いで「成れ果て村」に体の一部を持ち帰るが、どうしてもファプタとの“ある約束”を果たすべきかどうか答えを出せず…。

レグの火葬砲で「成れ果て村」へと入れるようになったファプタが、復讐を誓い乗り込んでくる。村が破壊されていくなか、眠っていたナナチが目覚める。ベラフは自らの価値と記憶を託してナナチを解放するが、境界線を越えると「ミーティは消える」と告げる。ミーティと再び別れてリコとレグのところへ向かうか、留まってミーティと一緒に留まり続けるか、ナナチは選択を迫られる。

ファプタの笑顔や泣き顔など、記憶の断片が蘇りつつも、依然はっきりと過去を思い出すことができないレグ。暴れ続けるファプタを止められないまま、攻撃を受けて気を失ってしまう。レグとの戦闘を終えたファプタはさらに怒りの矛先をリコに向けて襲い掛かるが、ガブールンが身を挺して止めに入るのであった。ショックを受けたファプタは、怒りが収まらず再びリコを襲おうとするが、そこへ現れたのは…。

崩壊していく「成れ果て村」の中を、マジカジャ達と一緒に避難するリコ・レグ・ナナチ。その道中で倒れて動けなくなったワズキャンと対峙する。「ここに来れてよかったかい？」とリコに問うワズキャン。そして自身が成し遂げたかったこととは何かを語り始める。一方、新たな記憶や価値に触れたファプタは、自らの役目を果たすため、村を襲う原生生物たちに再び戦いを挑む。