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ハーレイとアイビーはメトロポリスで行われるスーパーマン博物館へ出かける。無機質な風景に警備ロボが多く働く街。スーパーマンは存在意義を見失っていた。アイビーはレナ・ルーサーに緑化計画を依頼される。

大学の植物研究センターを訪れたアイビーは、因縁の相手と再会し、過去の辛い出来事を思い出す。一方ハーレイは、やんちゃなサメキッズたちの面倒をひとりで見ることになり、とある高級クラブに連れていく。

恩師であり交際相手だったジェイソン・ウッドルーに再会したアイビーは、ジェイソンがアイビーを陥れた時と同じ方法でジェイソンを死に至らしめた。だが、死んだはずのジェイソンの声が聞こえ、アイビーは焦燥する。

ブレイニアックは仕事のために宇宙を飛び回っていたが、昇進が決まり、あと1回で出張の日々から解放されることになる。妻と息子に見送られ、最後の出張に旅立つブレイニアック。任務を終えてコルに帰るが...。

ブルースの招待で夕食会が開かれた。部屋が暗転した一瞬の間にアルフレッドが倒れ、ハーレイの手にはナイフがあった。実は殺人事件は狂言だったが、日頃の激務に耐えかねたアルフレッドは怒りを爆発させる。

ブレイニアックに裏切られたと憤るレナは、デイリー・プラネットを訪れる。事の顛末を詳しく語り、報道の力で人々に警告してほしいと訴えるレナ。そこでクレイフェイスたちは、それをミュージカルとして上演する。

ブレイニアックの侵略をテーマにしたミュージカルの途中で何者かに殺されたフランク。しかし、自らとアイビーのDNAを融合させて新たな生命体“フランケット”を生み出し、忘れ形見としてアイビーとハーレイに託す。

レナに助けを求めたことで、ハーレイとアイビーは喧嘩になり、アイビーはひとりでフランケットを取り戻しにレナのもとへ行こうとする。ハーレイには父親から電話があり、「ママが死んだから、家に来い」と言われる。

メトロポリスがボトル詰めにされた。レックスとレナは反発しあっていたが和解し、一緒に宇宙を支配しようと意気投合する。ハーレイたちは閉じ込められてしまう。ロイスはスーパーマンへ信号を送り、助けを求める。

体を小さくされてボトルに閉じ込められたハーレイたちは、レナとレックスが口論している隙に何とか脱出し、ハイパーレイで元の大きさに戻る。しかしレナは、宇宙船が惑星・コルに衝突するよう針路を設定していた...。