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パラレルワールドのアメリカでは、テロ組織から身を守るために警官がマスクで身元を隠している。タルサ警察のアンジェラ・エイバーは、友人であり警察長官のジャッド・クロフォードの指導の下、銃撃戦で病院送りとなった同僚の殺人未遂事件を捜査する。彼女はルッキングラスと共にアジトが牧場であることを突き止めた。一方、かつてヒーローだった実業家のエイドリアン･ヴェイトは忠実な使用人と共に「記念日」を祝っていた。

アンジェラはクリスマスイブの襲撃事件で、家族が襲われた時のことを思い出していた。そんな中、彼女は謎の男ウィルを拘束する。彼は自分を、最近牧場で起きた殺人事件の犯人だと主張していた。一方、仲間の警官たちは第７機兵隊と呼ばれる白人至上主義団体と緊張を高めていた。同じ頃どこかの田舎では、領主のエイドリアンがオリジナルの戯曲を執筆し、使用人たちは彼だけのために戯曲を演じていた。

オクラホマ州で覆面警察法を起草した、元ヒーローでFBI捜査官のローリー・ブレイクは、殺人事件の捜査を引き継ぐためにタルサに向かう。タルサではジャッドの葬儀が行われており、キーン議員が第７機兵隊の人質になり、アンジェラが爆撃犯から皆の身を守る。一方、領主のエイドリアンは何者から猟に対する警告と思われる襲撃を受け、警告文を受け取った。彼は使用人に返事を代筆させると、すぐに手紙を送って猟に向かった。

謎めいた孤独の億万長者のレディ･トリューがついに登場する。トリューはオクラホマの農場に住む夫婦に、農場の所有権を譲るように押しかける。ブレイクは隠蔽の真実を調べる中、アンジェラはルッキングラスに助けを求めて、ウィルが残した薬瓶とジャッドのＫＫＫの服を預ける。一方、エイドリアンは湖から胎児を集め、使用人のクローンを全て殺害したあと、新しい使用人クローンを訓練し始めた。

ついにルッキングラスことウェイドの過去が明らかになる。彼は1985年にオジマンディアスによって実行されたイカ型エイリアンによるテロ攻撃の生存者であり、PTSDを患っていた。米国史上最大のでっち上げ事件の真相も明らかになった。ブレイクはウェイドからアンジェラから預かった薬のことを聞き出す。ウェイドの元妻はこの薬の正体をウェイドに話した。はるか彼方では、「世界一賢い男」と言われたエイドリアンが大胆な逃亡を企てる。

謎の薬「ノスタルジア」を服用したアンジェラは、祖父の記憶を追体験し始める。ブレイクは急いでアンジェラを治療しようとしたが、間に合わなかった。ウィルはかつて人種差別が横行する時代に、ニューヨーク市警に加わり、路上で襲われていた若いカップルを守るためにマスクとフードをかぶって敵を倒した。彼はそれ以降ヒーローと呼ばれるようになり、ＫＫＫの陰謀を阻止するために一人で戦っていた。

アンジェラはトリューの治療を受けていた。ノスタルジアはトリューが開発した薬だったのだ。アンジェラに体内に残ったウィルの記憶が消えるまで、彼とは接触すべきでないと忠告する。ブレイクはウィルの正体を知り、クロフォード夫人に真相を明かすが、機兵隊の本部に連行される。ピティーはルッキングラスの家を捜査するが、そこには機兵隊の死体だらけで彼の姿はなかった。一方、エイドリアンは裁判を茶番のように茶化していた。

アンジェラがベトナムで体験した不思議な過去が明らかになった。2009年にアンジェラはDr.マンハッタンと出会う。彼は未来を体験することができ、これからアンジェラは自分と恋に落ちると予告するが、彼女は信じようとしない。しかしアンジェラは機動隊の攻撃からDr.マンハッタンを救いにいき、その瞬間に２人は恋に落ちたのだった。マンハッタンがどのようにカルになり、アンジェラの記憶を消したのかが謎が明らかになる。

シリーズ最終話。機動隊は特殊な装置でマンハッタンを捕らえる。しかし、装置のスイッチを入れようとした瞬間にトリューが現れた。全能の力を手に入れようとするトリューにDr.マンハッタンは殺されそうになるが、隙をみてヴェイド、ブレイク、ウェイドをカルナックへテレポートする。３人は改良版イカ装置でトリューの装置を粉砕しようと試みる。アンジェラは、空からイカが降り注ぐ中、ウィルと子供たちが待っている劇場に避難する。