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ある日、体内の雑菌を駆除していた白血球（好中球）は、 前後さかさまに帽子をかぶった血小板──うしろまえちゃんに出会う。 強い血小板になるため、人知れずトレーニングするうしろまえちゃん。 だが突如、地鳴りと共に、体内世界に激しい揺れが襲いかかり── 舞台はあなたの体の中。 体内細胞擬人化アニメ、待望の第二期、開幕！

外界からの使者、世界の終わり――。 記憶細胞が見た夢をなぞるように、正体不明の敵が体内に現れる！ 記憶細胞は過去の記憶のみならず、ついに未来を予知できる能力までも……!? はたして記憶細胞の予知通りに、この世界は破滅に向かうのか!?

表皮付近で有害物質の反応あり！ マニュアル通りにしっかり仕事をこなすマスト細胞だが、 迷惑をこうむった細胞たちからはクレームの嵐。 自暴自棄になって荒れるマスト細胞……。 そんな中、血管を突き破ってきた何かに 血球たちが吸い込まれる事件が発生して……！

体内で事件発生！ 免疫細胞が駆けつけて、ウイルス感染細胞をやっつける！ そんないつもどおりの光景を、一般細胞は退屈そうに眺めていた。 （俺も、一度でいいから誰かをカッコよく助けて、 「助けてくれてありがとう」──なんて言われたりしてーよ） そんな一般細胞の目の前に、突如、謎の細菌が現れて……!?

乳酸菌を仲間のもとに届けるため、 白血球（好中球）とともに腸に向かう一般細胞だが、 その途中、一体の乳酸菌と離れ離れになってしまう。 必死に乳酸菌を探す一般細胞…… だがそこに、新たなるウイルス感染細胞が襲いかかる!!

ある細胞の抗原情報が流出した。 NK細胞の言葉に、白血球（好中球）の表情が変わる。　 乳酸菌を仲間のもとに届ける旅は、やがて大腸にたどり着いた。 悪玉菌の出す有毒ガスにより、荒れた腸内にて、一同はキラーＴ改め、メモリーＴ細胞に出会う。

最強の敵、再び──。遂に復活したがん細胞、そして悪玉菌に荒らされる腸内環境。体内を襲うかつてない危機。この体を守るため、白血球（好中球）たちは、世界の命運をかけた大血戦に臨む。

「やめるんだ、がん細胞──ッ!!!」世界を守るため、白血球（好中球）たちはがん細胞に立ち向かう。だが、がん細胞と戦う彼らの前に立ちはだかったのは、制御性Ｔ細胞だった！？その頃、決死の覚悟で乳酸菌を救った一般細胞にも悪玉菌の魔の手が迫り――！！果たして、この世界、そして細胞たちを待ち受ける運命は──！？