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主人公・片切友一は両親のいない貧乏学生で新聞配達や内職をしながら高校生活を送っていた。そんな彼には何よりも大切で信頼できる友達がいる。 正義感の強い副委員長の沢良宜志法、学年トップの天才美笠天智、お調子者で金持ちの四部誠、アニメ好きで心優しい心木ゆとり。友一はそんな彼らとこれからもずっと、すっと友達でいられると思っていた。あんな事が起こるまでは……。 クラス全員分の修学旅行費200万円を誰かに盗まれた事がきっかけで友一達は何者かに拉致されてしまった。気がついた友一達の目の前にはマンガのキャラクターに扮したマナブが立っていた。そして、マナブは五人の中に借金2000万円を背負っている者がいて、その借金を返済する為にトモダチゲームの参加料200万円を支払った者がいると告げた。200万円……、つまり友達の中に修学旅行費を盗んだ人間がいたのだった。

友達の借金2000万円を返済する為にトモダチゲームに参加することになった友一達。第一ゲームの『コックリさんゲーム』は全部で５問。１問でも正解すればゲームクリアという条件だった。この『コックリさんゲーム』最大の特徴は　少人数の方に10円玉が動くこと。そして、問題を出す時以外、喋ってはいけないというルールが課せられていた。そんな中、最初の出題者に選ばれた四部は出題カードを手に取り、「日本で一番高い山は富士山である」と問題を読み上げる。（問題が簡単すぎる……！）と驚く友一。誰もが瞬時に正解にたどり着ける、間違えようのない問題だった。答えは「はい」。 五人はコインに指を置き、マナブの合図と共にコインを動かす。しかし、コインは友一の予想とは異なり「いいえ」に動く。（何が起こったんだ……！）と戸惑う友一だった。

問題用紙に『いいえ』を選びワザと不正解にする事で自分だけの借金が半額になるという減額ルールが書かれていた事で、1問目から3問目まで簡単な問題ばかりが出題されたにも関わらずクリアすることが出来なかった理由に気づいた友一。信頼する友達を疑い、自分の借金を半額にしたいという誘惑に負けそうになったが友達を作るきっかけをくれた5問目の出題者沢良宜を救うべく『はい』を選んでゲームを終わらせようとした。ゲームクリアを確信する友一。 しかし、友一の決断をあざ笑うかのように、コインは「いいえ」に動く。（誰かが「いいえ」に投票したんだ……！）その瞬間、友一は気づく。裏切り者は最初から、誰かに借金を背負わせるつもりで動いていたのだと――。

第一ゲームの『コックリさんゲーム』は友一の機転により最終問題でギリギリクリアすることが出来た。しかし、それは同時に友達の中に裏切り者がいるという疑心のタネを蒔いてしまった。 トモダチゲーム会場から解放された友一達は気がつくと学校近くの河川敷にいた。裏切り者の目的は5問目の出題者（沢良宜）に借金を背負わせる事。 その事に気づいた友一は天智、四部、ゆとりの中の誰かが犯人だと推測する。 しかし、友一はある事を思い出す。『トモダチゲーム』に何故か積極的に参加しようとしたのは沢良宜だと言う事を。（狙われていると思って見過ごしていたが……）沢良宜にも疑惑の目を向ける友一。 マナブが言ったトモダチゲームの攻略法は『友達を疑わない事』。 しかし、友一は友達を疑っていた。大切な友達を……。友一の心はみんなを疑う気持ちで黒く染まっていた……。