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ある美術館から名画が盗まれる! 犯行現場にはルパン三世からのメッセージが! だが銭形 (鈴木亮平) は、この事件の犯人がルパンではないと断言! 警視庁捜査一課の夏希 (前田敦子)、国木田 (三浦貴大) と共に独自の捜査を開始する! そんな中、ミスタークエスチョンと名乗る人物から連絡が入る。「警察と知恵比べがしたい」と言い、クイズを出題される。そのクイズの答え通りに、爆発事件が発生! 銭形たちは、出題されるクイズに従って東京のあちこちに仕掛けられた爆弾の爆発阻止に奔走する!

民家で強盗殺人事件が発生。両親を射殺された娘の沙羅 (住田萌乃) だけが生き残り、捜査一課の桜庭(前田敦子)に保護される。定期健診で病院を訪れていた銭形 (鈴木亮平)は沙羅と出会うが、彼女は心因性のショックによる失語状態になっていた。桜庭が捜査を続ける中、沙羅の両親を殺した男･加賀見 (要潤) が彼女の命を狙い病院に潜入していた……。銭形は、残忍な強盗犯から少女を守ることができるのか……！？

銭形 (鈴木亮平) と夏希 (前田敦子) はある日、黒いバンから重傷を負った男が転がり落ちてくるのを目撃する。翌朝、「ドクロマニョン･ファイブ」と名乗る覆面男5人組が動画投稿サイトに、暴行の様子をアップした! 彼らは半年間に同様の動画を10件以上も公開。被害者はいずれも重傷を負っていた…。激しい怒りを覚えた銭形は、夏希とともに捜査を開始。そのころ、「ドクロマニョン･ファイブ」のリーダー･赤井利樹 (大野拓朗) は新たな餌食を求め、暗躍していた。その毒牙はついに夏希にまでおよび…。

銭形 (鈴木亮平) が参加していた金融基礎セミナーの会場へ、体中に爆弾を巻きつけた男が乱入! 銭形らセミナー参加者を人質に立てこもる。城ケ崎 (渡辺いっけい) を筆頭に、夏希 (前田敦子) らは捜査本部を設置。犯行現場となった証券会社の副社長･岸秀一 (羽場裕一) の証言で、犯人は同社の顧客･里見孝弘 (神保悟志) だと判明する。里見は証券会社のせいで多額の損失を出したといい、社長の土下座を要求するが、銭形は里見の様子がおかしいことを察知。ただの立てこもり事件ではないと直感するが…!?

大学病院の外科医･白石利晶 (福士誠治) が、院内で何者かに殺された。第一発見者は同僚の外科医の秋川遥 (マイコ)。銭形 (鈴木亮平) がかつて交際していた女性だった。久しぶりの再会に戸惑いながらも、銭形は夏希 (前田敦子) とともに捜査を開始する。事件当日、白石は遥に「間違いを犯してしまった」と伝えていた。銭形と夏希は、白石に付きまとっていた男の存在を突き止めるが、一方で白石と遥の不仲説も浮上。銭形は白石の過去1カ月の動きに事件解決の糸口を見出すが、その最中に遥が行方不明になる―。

銭形 (鈴木亮平) の大学時代の先輩で科学者の倉科 (浜田学)が殺害された。銭形は管理官の城ヶ崎 (渡辺いっけい) に捜査への参加を懇願し、国木田 (三浦貴大) と捜査を始める。同じ頃、公安部の阿部 (渡部篤郎) も事件を内偵捜査していた。程なく、倉科の恋人･未季 (芦名星) に付きまとっていた男が容疑者として浮上、しかし男は車にはねられ死亡する。納得できない銭形は捜査資料から一つの矛盾にたどりつき、ある行動に出る…。

阿部に連行された銭形は、倉科の研究データを狙う組織の黒幕が瀬戸 (原田泰造) だと知らされる。瀬戸は銭形に恨みを持っていた。研究データのロックを解除するパスワードがまだ瀬戸に渡っていないと知った銭形は、倉科宅に向かうが、すでに瀬戸たちに部屋を荒らされた後だった。そこに瀬戸から動画が送られてくる。それには拉致された倉科の妹 (太田莉菜) が写っていた。倉科の研究データと妹を守るため銭形は命懸けで奔走する…。

次期総理と噂される民自党の大物議員 (山田明郷) が飛行機内のトイレで死亡しているのが発見される。偶然、同じ機に乗りあわせていた銭形と国木田は現場の状況と残された凶器から殺人事件とにらみ捜査を開始する。議員秘書の森本 (堀部圭亮) と久田 (髙橋洋)、CAの田村 (関めぐみ) や吉本 (河井青葉) たちへの聞き込みをしていくうちに議員とつながりのあったある男が浮上。その矢先、機内で新たな殺人事件が発生する。

護送車が事故で横転し、服役囚の中河原 (高杉亘) が脱走した。さらに中河原はすでに出所しているかつての共犯者を殺害して逃走を図る。捜査一課と銭形は中河原たちの起こした過去の事件を洗い直すことに。当時の捜査資料から殺された者以外に残る共犯者は2人だった。すると資料に載っていた共犯者の1人は銭形の通う定食屋の主人 (安田顕) にそっくりな男だった。そしてその男は3年前にすでに死亡した事になっていた…。