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謎の女・サラの召集により再びミラーワールドでの戦いに投げ込まれる真司。ミラーワールドから抜け出し、現実世界に戻れるのは、戦いに勝ち残ったただ一人。その期限はわずか七日間…。何故戦い合わなければならないのか？記憶もないまま戦い続けるしかない。裏切り、友情、確執、嫉妬、欲望といった様々な思惑が渦巻く中、それぞれのライダーたちとの過去の関わりが徐々に氷解していく…。一方、現実世界では、アナザー龍騎との戦いに苦しむジオウとゲイツの姿があった…。

同盟を組んでいた手塚／ライアの裏切りによりデッキを奪われ、窮地に追い込まれる真司の危機を救ったのは蓮／ナイト。戦いの場から逃れる真司と蓮は、共鳴する何かを感じるも、その繋がりは不明のままだった。唯一すべての過去を知ると思われる浅倉／王蛇の許に出向く二人であったが、逆に王蛇との戦いに巻き込まれてしまう。

真司がもう一人の裏真司に体を乗っ取られ、リュウガへと変貌し、蓮たちを襲う。落胆する蓮は、この戦いからの逃避を選ぶが、突如真司との過去の記憶が蘇り、再び真司の許へと走る。そんな中、浅倉／王蛇は吾郎／ゾルダの奇襲に遭い、二人は共に倒れる。残るライダーは、あと僅か。そして、リュウガとナイトとの戦いとなる中、真司の記憶が蘇り、リュウガからの呪縛から脱する。