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蓬はバイトの後にクラスメイトの南夢芽と会う約束をする。しかし、約束の時間になってそこに現れたのは前日に出会った怪獣使いを名乗る謎の男ガウマだった。

蓬と夢芽は怪獣と戦った街へ訪れ、その惨状を目の当たりにする。蓬たちはダイナゼノンの操縦訓練を開始するが時を待たずしてまたもや怪獣が現れてしまう。

"怪獣優生思想の一人、ジュウガから、かつてガウマに裏切られたという話を聞かされる蓬。ガウマに不信感を抱く蓬たちだが心揺らぐままに怪獣との戦いに臨むことになってしまう。心を一つにしなければダイナゼノンは真の力を引き出せない。

風邪をひいて寝込んでしまう蓬。ガウマは夢芽に見舞いに行くように唆す。突然の夢芽の来訪に戸惑う蓬だが二人の関係は少しずつ打ち解けてゆく。怪獣が出たと聞いて風邪の蓬を置いて戦いに向かうがー

ちせの提案で大型屋外プールに行くことなる蓬たちだがそこには意外な同行者がいた。ガウマはとある作戦のため蓬と夢芽に恋人のフリをするように命じる。

生前、香乃の所属していた合唱部のOBに香乃の死にまつわる噂を聞いてしまう夢芽。一方、二日酔いから目覚めた暦はダイナストライカーを失くしていることに気付く。ガウマに責められる暦は昨晩ある人物と会っていたことを思い出す

怪獣に敗北を喫してしまうダイナゼノン。そこに現れる謎の巨人。戸惑いながらも、オニジャとムジナは巨人と戦い始める。ガウマたちに傷を負ったダイナゼノンを直す手立は無かった。

怪獣によって混乱が広がる街。ガウマは蓬たちを集め、初の怪獣捕獲作戦を試みる。

香乃の死にまつわる話を聞く蓬と夢芽。話を飲み込めないまま、怪獣が現れてしまう。一方、ちせは秘密を抱えて孤立していた。

かつてない強大な力が街を襲っていた。蓬はダイナソルジャーを手にし、その根源に立ち向かう。

蓬たちには日常が戻り始め、怪獣優生思想たちは怪獣を失った世界で行き場も失っていた。

最後の戦いに挑むため、蓬たちは再びダイナゼノンに合体する。