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人が巨大な虫になる奇病"カガステル"によって人類の2/3が減少した世界。駆除屋のキドウは、商人の護衛で訪れた荒野でカガステルに襲われている車を発見する。車にいた瀕死の男・グリフィスから、娘であるイリを託されてしまう。

キドウの下宿先であるガーデンマリオのオーナー・マリオにお使いを頼まれて一人で街へ出かけることになったイリだが、その道中サイフを盗まれてしまう。たまたま居合わせたナジの案内で盗人のアジトへと向かうイリ。彼女を待ち受けていた不敵に笑う人物とは…。

マリオから預かった財布を盗んだ“赤ネズミ団”を名乗る子どもたちと、その団長リジーを相手にイリはサイフをかけた鬼ごっこに受けて立つ。一方、E-05で駆除屋ばかりを狙う残忍な連続殺人事件が発生。調査を依頼されていたキドウは一つの疑問を抱く。犯人は虫なのか人なのか…。

E-05を守る東方連合軍のカシムは、5年前のことをずっと悔み、償うように西ゲートの子どもたちのことを気にかけていた。そんな中、砂地を徘徊するカガステルが発見される。カシムはそのカガステルを捕まえるための囮役を買って出た。

今より少し前の話。カガステルに蹂躙された地と、人の世を分ける"カラクルム"。人類の極東と呼ばれるそこで、キドウは駆除屋の祖ラザロに拾われ育てられた。ラザロは駆除屋を組織し、カガステルを発症した者たちを葬り続けていた。キドウはその背中をずっと追い続けていたのだが。

少しずつ距離を縮めるキドウとイリ。ある日、ガーデンマリオにイリの父親を名乗る男が突如現れ、イリを連れ去ろうとする。逃げるキドウとイリだったが、その行く手を半身がカガステル化した駆除屋殺しのアハトに阻まれる。

E-05を包囲していたサリフ率いるE-01の軍人が、遂に管制塔を奪うための砲撃を開始する。銃声が鳴り響く中、ジンは亡きグリフィスが所持していた書物よりメモリーチップを発見。そこには、イリがA区で暮らしていた本当の理由がグリフィスによって語られていた。

E-01軍と街の人たちとの激しい交戦が続いていた。商人、市民、E-05の軍人がお互いに連携を深め、それぞれの役目を担いサリフたちに戦いを挑む。最中、ナジやリジーたちからイリの無事を託されたキドウは、イリが連れていかれたE-07へと向かう決意をする。

虫籠と化したE-07へ単身乗り込んだキドウは、イリを見つけるべく研究所構内を彷徨う。一方、イリは自分が生まれた理由、この虫籠での役目、すべてを思い出した。そして自分の存在を責め続けていた。

再会したキドウとイリだったが、その行く手をアドハムに阻まれる。キドウは深い傷を負いつつもイリを守りながら戦い続けたが、限界が近づいていた。キドウは離れることを決意。涙するイリ。それでも二人は再会を約束し、イリはタニアを救うべく玉座のある最上階へ、キドウは敵を食い止めるために剣を抜く。

タニアの元に辿り着いたイリは、フランツにこの虫籠の最後を託される。その頃、E-05でのサリフたちとの戦いも佳境を迎へ。民間人を守るために戦っていたE-05の軍人たちや、応戦していたマリオたちの武器も尽きてしまった。あの世で自慢しようと告げて覚悟を決めるマリオだったが。

化け物でありたいと叫ぶアハト。駆除屋として剣になるキドウ。再会した母から意思を受け取るイリ。命を懸けて街を守ろうとした人たち。友達の無事を祈る子供たち。それぞれが見出した真実が導く未来とは…。