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中学生の頃、凶悪犯罪組織「ナイン」によるテロ事件に巻き込まれた七月清司は、一人の警官に命を救われる。事件から9年が経ち、命の恩人である警官に憧れ、自らも警官となった。 ある非番の日に、銀行強盗の現場に居合わせた七月は、そこで同じく警官だと言う一ノ瀬栞に出会う。 この日を境に、七月の人生は大きく変わることになるのだった――。

銀行強盗事件の一件で、「特殊凶悪犯対策室 第七課―通称トクナナ」に突如配属されることになった七月。 そこは凶悪犯罪組織・ナインに対抗する為の部署で、卓越した能力をもった個性の強い警察官6人が所属しており、 その中に一ノ瀬もいた。 そして赴任早々、七月は一ノ瀬と共に政治家殺害事件の現場に向かうことになる。 しかし捜査をしていく中で、ほぼ同時刻・同様の殺害方法で他の3人の政治家も殺されていることが判明し…。

情報屋から二条のもとに、連続爆弾魔Ｂがオフィスビルに爆弾を仕掛けたとのタレコミが入る。 ナイン関係者と言われるＢの爆弾には、ドラゴンの遺産である”魔術”の技術が使われていた。 現場に急行したトクナナは3棟のビルに仕掛けられた4つの時限爆弾を発見するも、爆発物処理班が何者かに 襲撃を受けて到着できない緊急事態となる。 やむなく自分たちで解体を進めるが、爆弾のカウントダウンが急速に速まり…!?

とある交通事故を捜査するトクナナ一同。 自動車が発火するなど、不審な点が多くみられ、ナインが関わっている可能性があるためだった。 運転手の江口晋太郎は軽傷だが息子は意識不明の重体。 しかも息子にはなんと1億もの保険金がかかっているという。 今回ある事情で二条と捜査を進めることになった七月。 しかし一ノ瀬以上に何を考えているのか分からない二条と、果たして上手く捜査を進められるのか…。

先日のオフィスビル爆破事件と近似した魔術反応があったというショッピングモールへ、捜査に向かった七月たち。 七月と一ノ瀬は各階のフロアを見回るも、特に不審なものは見られない。 すると突如、モールの入り口が爆破され銃声が鳴り響く。 客に紛れて侵入したナインを自称するテロ集団が現れ、「儀式を行う」と宣言しモール内はパニック状態に…！ 一方、二条は単独で地下フロアに向かうが、そこで彼が遭遇した人物とは…!?

桐生院の命令により四季彩たちが駆け付けるが、妨害電波のせいで地下にいる二条とは連絡がとれない。一刻を争うため、一ノ瀬はこのメンバーでの人質救出を判断する。圧倒的に不利な状況ではあるが、一ノ瀬はテロリストのほとんどが一般人に近い素人同然の者たちの集まりであることに気づき、ある作戦を立てる。それは意外性があるものの、かなりエキセントリックなもので…。七月たちは人質を無事救出できるのか…!?

ショッピングモール事件から数日。休日となったトクナナ部署だったが、七月は間違えて出社してしまう。そんな七月に桐生院はせっかくだからとデートに行こうと誘い出す。桐生院が向かった先は、元トクナナメンバー・三潴ルカにまつわる場所だった。七月が三潴について尋ねているところに偶然、一ノ瀬がやって来て…。一方で四季彩・遠藤・ベルメールが各々休日を過ごす中、二条は情報屋・黒真珠から衝撃の事実を告げられる。

ある日ベルメールは、ミニドラゴン型ドローンを通して桐生院と話しながら買い物に出かけていた。しかし店を出たところで突如知らない男に車に連れ込まれ、誘拐されてしまう！すぐに異変に気づいたトクナナメンバーは、手分けしてベルメールを探すために動くが、手掛かりが少なく中々居場所を突き止められない。一方、ベルメールと桐生院は監禁された部屋で “あるモノ”を見つけてしまい…。

エアポート・テロ事件の実行犯であり、ナインの元構成員・枇杷島を護送するトクナナ。 だが、枇杷島は反省した様子が全く無く、不遜な態度をとり続ける。怒りを抑えきれない一ノ瀬と戸惑いを隠せない七月、そして不自然に沈黙を保つ二条。それぞれの思惑が交差する中、ついに9年前の事件の真相が明かされていく…。そして、枇杷島の護送中、突如ナイン構成員に銃撃を受ける七月たち。絶体絶命の状況を切り抜けられるのか…！？

エアポート・テロ事件の裁判が開廷し、ナインの首謀者ウォーロックの判決が下される日がきた。厳戒態勢の中、他の警官と共に警備に駆り出されるトクナナ。だが、二条はある決意から、桐生院のもとを訪れていた…。そして、裁判が始まるが、ウォーロックの弁護人は「彼の無実を証明しよう！」と突如叫びだし！？ 混乱する法廷。ついに全貌を現したナイン。そして、七月の隠された秘密が明かされる！！

七月は三潴ルカが壊れたのは自分を助けたせいだと、自身を責めていた。そんな七月に一ノ瀬は、三潴の相棒として”警官の正義” を伝えるが…？七月の出した答えとは！？一方、公安によりトクナナの拘束命令が出ている中、桐生院から明かされるドラゴンの秘密。ウォーロックの強大すぎる力の前にどう立ち向かうのか、決断を迫られるトクナナ。そしてトクナナを離れた二条はひとり、兄である三潴と対峙する！！

激戦を繰り広げるトクナナとウォーロック。ウォーロックは圧倒的なドラゴンの力を誇り、まったく攻撃が通じない。同じドラゴンの力を持つ七月が奮戦する中、弱点をさがす一ノ瀬の元に、かかってきたのは一本の電話。意外な相手から提示された作戦に、一ノ瀬は唯一の望みをかける！果たして、七月は自分の正義を見つけられるのか。一ノ瀬・二条は過去から抜け出せるのか、トクナナVSウォーロックの戦い、ついに決着！？