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風魔忍群は、国防省局長の娘を誘拐しその命と引き換えに武器弾薬の引渡しを迫る。日本征服を企む風魔烈風の考えに反発した出雲大介は、抜け忍となり刺客に命を狙われたところを天堂無人に救われ、正義の忍群「忍者キャプター」のリーダーとなる。と

日本征服をたくらむ風魔烈風は、ロケット工学で有名な霧島博士の研究を狙うべく怪忍者・コロシコマを博士誘拐に差し向けるのだった。博士のロケットが風魔の手に入ったら・・・。

コロシコマは滅びた。だが風魔忍者の次の魔の手はすでに伸びている。風魔が新たに放つ十三忍者の一人・カゲなし。壁から現われては壁へと消える恐るべき忍法「カゲなし」。さあ！戦え忍者キャプター！！

カゲなしは自爆した。だが、風魔忍者の次の魔の手はすでに伸びている。風魔が新たに放つ十三人の一人・人ダコ。空高く忍びダコを操る上空からの攻撃！さあ！戦え忍者キャプター！！

日本征服を企む風魔党は、すでに四人の怪忍者をキャプターに倒された。そこで五番目の怪忍者が派遣される。その名は風魔火とん。負けるな忍者キャプター！戦えキャプターセブン！！

日本征服をたくらむ五番目の怪忍者・火とんも倒された。そこで烈風は少年忍者を育成しキャプターと戦わせることを考え、その指導に風魔分身をあたらせた。戦え！キャプターセブン！！

風魔十三人の一人・顔なしとは・・・！？おのれの顔を持たず、変幻自在誰の顔にでも化ける術を持つ。我らがキャプターが次々と二人になる！さて、どちらが本物か！？

風魔十三人の一人水ぐもとは、水を武器とする忍者。人間の細胞を破壊するビールスを奪い、貯水池に走る！東京都民の命が危ない・・・！！

日本征服をたくらむ風魔烈風は、今度は原子力研究所を破壊すべく、その任を風魔九番目の怪忍者・くノ一に命ずるのだった。戦えキャプターセブン！負けるな忍者キャプター！！

鉄の掟を守る風魔烈風は、自らの手でくノ一を葬りさった。そして風魔の資金獲得のため、世界一のダイヤを狙うべく風魔十番目の怪忍者・あやつりを呼び出すのだった。戦え!キャプターセブン！！

日本征服をたくらむ風魔烈風は、日本中を毒ガスによって混乱に陥れようと計画。その任を風魔十一番目の怪忍者・死なずに命ずるのだった。戦えキャプターセブン！負けるな忍者キャプター！！

日本征服をたくらむ風魔烈風は、資金獲得をはかるため十二番目の怪忍者・三つ目に慈善家の娘を誘拐することを命ずるのだった。戦えキャプターセブン！負けるな忍者キャプター！！

財宝の在り処を秘めた二つの鏡を狙って風魔が繰り出した天･地･人の三兄弟。恐るべきその迫力に、危うし忍者キャプター！

火忍キャプターが崖から転落した。動揺した他のキャプターたちの乱れに乗じて、遂に二つの鏡は風魔の手に。巻き返しなるか、忍者キャプター！？

風魔十三忍者を倒された烈風は、またまた新たな怪忍者を呼び寄せ日本征服を企むのだった。その名は、風魔鬼四天王。負けるなキャプター７！戦え、忍者キャプター！

風魔鬼四天王の一人･シニガミが倒れた。だが、恐るべき怪忍者はまだ残っている。残る怪忍者の次なる挑戦とは何か！？負けるなキャプター７！戦え、忍者キャプター！

ニセ札を大量にばら撒いて、大混乱を引き起こそうという風魔の企み。そこで風魔鬼四天王の一人･ハンニャは、ニセ札作りの名人に目を付けた。

子供たちはもらったカブト虫に大喜び。ところがそれは、風魔の作り出したあやつりカブト虫。子供たちを皆、風魔の言いなりにしようというのだ。

風魔鬼四天王は倒された。だが、烈風の日本征服の企みはまだ続く。そこで呼び寄せられた怪忍者は、あやかし三行者の一人･どくろ行者だ。

あやかし三行者の一人･どくろ行者は倒れた。そして二番目の怪忍者は乙姫。乙姫の現われるところ不気味なメロディが･･･。このメロディを聴いた人間の心はすべて悪魔の心に変化してしまうのだ。

墓の中から生き返った鏡行者。だが、その謎を知ってしまった風忍は、鏡行者の術にかかり、仲間のキャプターたちに襲いかかった！

遊園地に本物のお化けが出現した。からかさ道人は、子供たちを人間爆弾に仕立てて送り出した。さて、キャプターたちの活躍は！？

娘を人質に捕られた怪力ニュードオは、怒り狂ってキャプターたちを相手に大暴れ。それが、風魔の企みを知り、烈風を相手に戦いを挑んだ！

数百年前から伝わる地獄笛。その笛の音を聴いた者は、悪魔の心になるという。これを手に入れようと企む烈風と怪忍者･葉がくれ。負けるなキャプター７！戦え、忍者キャプター！

風魔烈風は25番目の怪忍者であり弟でもあるかまいたちを呼び、大反撃を開始した。そして風忍の術にかかった雷忍、花忍が捕えられてしまった。負けるなキャプター７！

毒に犯された敬太の命は！？そして、捕えられた雷忍と花忍の運命は！？出雲大介と風魔烈風の宿命の対決が始まろうとしている。

新たに出現した忍将軍こと暗闇忍堂は、日本征服を企み、全国の忍者軍団を呼び集めた。忍者キャプターとの激しい戦いが幕を切って落とされる。

未来の忍者キャプターを目指して訓練に励む少年たち。その誘拐を企む忍将軍。迎え撃つキャプターの防衛作戦とは！？

純真なる子供たちを巧みなトランプで術にかけていく甲賀忍者。怒りに燃える敬太だが、逆に手品使いの虜になってしまった。

日本征服を企む暗闇忍堂は、甲賀蜘蛛彦を使って、東京中のガスタンクに毒を入れようと計画する。それを阻止すべく立ち上がるキャプターだが、蜘蛛彦の秘術・蜘蛛縛りの前に・・・。負けるなキャプター！！

細菌学者･矢部博士を暗闇忍堂率いる甲賀蟇十郎が狙っていることを知った忍者キャプターは、博士を守るべく伊東へと向かった。だが、伊東ではキャプターを倒すための甲賀の罠が張られていた。

伊豆の大室山で、罠に落ちた忍者キャプター。そして暗闇忍堂に捕えられた天堂無人と昇。果たして東京は、忍将軍のものになってしまうのか！？負けるな火忍キャプター！恩師を、仲間を助けるために立ち上がれ！

暗闇忍堂配下･甲賀鉄猿によってバスが乗っ取られ、人体実験が行われている甲賀の廃人工場へ送られようとしていた。その中には、敬太のクラスメートの律子がいた・・・。

東京制覇の野望に燃える暗闇忍堂が送り込んだ甲賀のイタチ丸。その恐るべき作戦の目標は、中央電話局だった。そこに勤めている昇の兄弟や友だちが人質となってしまった。

真冬の空に舞う一匹の美しい蝶。美しい羽根を広げた蝶が撒き散らす怪しい燐粉によって東京は死の町に！これこそ暗闇忍堂が育て上げた甲賀忍者･鬼蝶丸であった。

日本中の交通機関がパニックに陥った。自動車が、電車が、次々に事故を起こして大混乱を巻き起こす。これこそ日本を征服しようとする暗闇忍堂と甲賀死神の悪企みであった。

日本征服を企む暗闇忍堂は、忍者キャプターを倒すべく、罠をかけて花忍を捕えた。そして、孫を助けるべく単身立ち向かう天堂無人は、甲賀かげさそりの毒牙にかかってしまった・・・。

天堂無人を倒した暗闇忍堂は、無人亡き後の忍者キャプターを束ねる戸隠白雲を倒すべく、その暗殺計画を甲賀あか天狗に命じた。戦え！忍者キャプター！！

甲賀の超能力忍者･念力は、日本中から選ばれた超能力の子供たちを誘拐し、その力を集中させて忍者キャプターを倒し、日本を甲賀の天下にしようと謀る。

不思議な羽子板を使う怪忍者･羽衣が、正月の街に現れた。そして敬太と三郎兵衛もその術にはまり捕えられてしまう。果たして羽衣の目的とは？敬太と三郎兵衛の運命は？

世界的な物理学者・レスター博士は、ついに新しい核エネルギーを完成させた。その研究を手に入れようとした忍堂は、人形使いの名手・甲賀魔利緒を差し向ける。

甲賀忍者・やみがらすが小学校に現れた。子供たちは次々とカラス天狗に変身させられて、やみがらすの命令どおり悪事を働いていく。行け、忍者キャプター！子供たちを救え！！

この老人、かつては甲賀の狼丸と怖れられた忍者だった。忍堂は最後の甲賀忍者として甲賀金狼を己の手中に収めんと、老人の孫娘･カスミを人質に取った。